公社群聊Q&A整理：2016.09.13 19 - 2016.09.19 20 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-6-12 19:55:53

本帖由 @978142355 整理

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2016.09.13 18:45:10
Q:
请问，对一个体系的最低三重态计算NICS_ZZ的操作，和对S0计算时一致吧，除了多重度改成三
A:
y
Q:
在分析上也是等价的吧
那就可以比较同一个环的基态和磷光发射态芳香性变化
A:
等价
----------------------------------------------------
2016.09.13 18:46:13
Q:
b3lyp用aug-cc-pvtz算激发态好不好？
我总感觉不搭调
A:
很烂的组合
算价层激发不需要弥散
需要算里德堡激发时B3LYP又没法用
----------------------------------------------------
2016.09.13 18:48:56
Q:
各位大神，单个的碘离子有优化的必要吗
A:
一看就知道都不知道几何优化是真正干嘛的
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2016.09.13 18:49:50
Q:
以下评价是否全面且较准确？也就是说只要计算不存在非共价作用的基态体系，B3LYP其实很优秀？
[图片]
后台运行也不行？
A:
那也不是。里德堡、CT激发不灵，大共轭体系激发也算得不好。静态相关强时也不灵。热力学数据也远不及M06-2X。
Q:
不过此前应用广泛，且计算量小
这两年B3LYP还是不少人用
A:
是的。所以还有存在价值，普适性相对来说最广。有些问题表现尤为突出，诸如振动分析
Q:
主要是波数吗？还是会把明显不稳定的东西给出没有虚频的结果？
A:
算热力学校正量、频率都是所有泛函里几乎最好的（考虑校正因子后）
算非谐振也很好
Q:
哦哦，不好意思
“有些问题表现尤为突出”我把这个理解为负面评价
A:
B3LYP还能再战10年
价层激发就PBE0/TZVP
def2-TZVP更好点，也省得单独再给I搭配赝势
----------------------------------------------------
2016.09.13 18:54:49
Q:
[图片]
老师，这种棒子图怎么画
VMD可以画吗
A:
可以
Q:
我用VMD 的Line Name 做的图分辨率特别差
怎么调节
粗细跟上图一样但是分辨率很低
A:
licorice
Q:
有锯齿
收到
谢谢老师
A:
显卡驱动里开抗锯齿
Q:
我的显卡是gtx770 默认设置里面开了抗锯齿了
收到谢谢
A:
让抗锯齿强行应用到所有程序，否则VMD里还是看不到抗锯齿效果
----------------------------------------------------
2016.09.13 22:03:43
Q:
[图片]还配合def2-tzvp
B3LYP/6-311+G 是你原来的 level？确定不是 B3LYP/6-311+G(d) ?
我觉得B3LYP跑IRC没什么问题，你可以在IRC几个关键态上用高等级算个单点能
A:
B3LYP/6-31G*或更好点6-311G**（TZVP亦可）优化和走IRC，双杂化/cc-pVTZ算单点
----------------------------------------------------
2016.09.13 22:41:40
Q:
老师，如何才能把同一个构型的不同的cube文件合并成一个？
A:
没有办法
除非自己改Multiwfn代码之类
----------------------------------------------------
2016.09.13 22:44:03
Q:
老师，我想问一下，multiwfn在描述RMSD时，是取的基态的.fchk和激发态的.log文件吗？
A:
什么RMSD？哪个功能的？
程序里没有专门的这种分析
如果用某个功能企图做这个分析，要说清楚到底是哪个功能
Q:
轨道离域性分析
A:
手册里都有例子，照着做就完了
Q:
嗯嗯，谢谢老师
之前在公社看到过相关的帖子，RMSD of the hole ,来描述的轨道离域性
A:
这根本就不是体现轨道离域性
完全是误解
这体现的是hole分布的弥散程度
Q:
我是这样想的，分布越弥散，是不是就可以说明HOMO-LUMO的轨道越离域呢
A:
首先electron-hole分布与HOMO、LUMO分布就没直接关系，除非恰好是HOMO-LUMO跃迁主导
----------------------------------------------------
2016.09.13 22:51:22
Q:
[图片]用什么软件弄出来的
A:
VMD
Q:
是计算软件还是画图软件啊
好的谢谢你！
A:
直接把pdb结构在VMD里用quicksurf方式显示就完了
----------------------------------------------------
2016.09.13 22:53:22
Q:
请问老师，(R)CCSD(T)这种方法，R指的是闭壳层吗
A:
一般是
----------------------------------------------------
2016.09.13 23:28:06
Q:
请问怎样将multiwfn中导出的txt文件导入到vmd中？
A:
什么txt文件？
Q:
就是静电势一个面的填色图，导出的txt文件。
[图片]xy平面
A:
这怎么可能导入VMD
Q:
sob老师有什么办法可以转化吗？
A:
干嘛要导入？
有何目的？
根本就没法转化，完全意义不明
Q:
画出仅有红白蓝三种颜色的静电势填色图
A:
VMD又不是干这个的，干这种事你用sigmaplot之类
Q:
估计是重新画 ESP
A:
VMD哪画得了平面图
顶多是载入cube文件后以填色图方式显示个slice
而且slice上的填色效果难看极了
Q:
二维用 origin 试试看
[图片] [图片]
就是把把第一个图修饰成第二个图的效果
A:
你用等值线图多好，看此文的图
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209
Multiwfn直接就做出来了
[图片]
不比文献里那种好多了
Q:
嗯 sob老师这种更加清晰
A:
若非要填色图，嫌multiwfn里的色彩渐变方式不好，导出平面数据到txt文件，放sigmaplot之类的程序里作填色图，允许你调色彩变化方式
Q:
sigmaplot做填色图的色调不能渐变
A:
[图片]
明摆着能调
----------------------------------------------------
2016.09.13 23:43:23
Q:
这个如果可以随意改变成自己想要的颜色就不错了
就是说渐变的颜色范围
A:
找其它程序，总有能调的
----------------------------------------------------
2016.09.14 00:32:13
Q:
[图片]高斯的这个名言，是毛主席说的吧[Emoticon]
A:
对
----------------------------------------------------
2016.09.14 01:27:43
Q:
请问在做振动分辨的电子光谱计算，第二步计算S0的振动基态到S1的各个振动态跃迁时，为什么用了nosymm这个关键词？我看了nosymm关键词使用博文，也没有明白。另外，算了一下"振动分辨的电子光谱的计算"中的采用的两个结构也是不完全一样的（RMSD不为0），那么，这里用了nosymm这个关键词，是计算这个振动分辨光谱的第二步需要的吗？对这个计算的原理不是很明白，谢谢！
A:
写上保险，免得自动调整朝向
----------------------------------------------------
2016.09.14 01:34:55
Q:
[图片] 老师，怎么把这个地方的双键显示出来？
A:
什么程序？
Q:
gview
A:
这种显示方式显示不了双键
Q:
还是得靠VMD
有文献里面双键氢键都显示出来了
用VMD做不出那种效果
试了下gview
A:
你用gv默认的显示方式就完了
----------------------------------------------------
2016.09.14 01:55:43
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/aenm.201600256/abstract帮忙下载一下
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
[表情][表情]我错了
[Emoticon][Emoticon]我错了
sci-hub我打不开才发的哦
A:
以群主的情况为判断依据
[图片]
如果确实sci-hub用法无误还打不开，发个截图来证明，方可不扣分又求到文献
Q:
急用这篇文章，SOB老师就发给我吧
A:
发截图证明已恰当使用了sci-hub但无效，否则绝对不发
能自己很简单解决的就不要求助
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2016.09.14 03:44:46
Q:
请问multwfc画CDC图的时候是从负无穷大到Z进行积分，那么怎么能从Z到负无穷大积分呢？
A:
把local曲线导出来，自行用诸如origin或者自己写程序用梯形法积分就完了。
或者自行把数据变换一下
Q:
大家好请教一个问题我在multiwfn里面先做xy平面内的积分，再沿着z轴积分，其中积分方向是0到z，我现在如果要反方向积分，请问在multiwfn里面怎样实现？急求解决办法
A:
Sobereva(190258442) 19:48:43
把local曲线导出来，自行用诸如origin或者自己写程序用梯形法积分就完了。
或者自行把数据变换一下
感觉最近群里有不少疑似马甲存在
Q:
但是导入的是cube文件，这个再origin里面读出来的数据有四行。
A:
不就是电荷转移曲线功能？积分曲线和局部曲线都能导出来，前者就是后者的积分曲线。你用后者自行做反方向的梯形积分得到积分曲线就完了
Q:
出来的两个txt都是积完分的数据？怎么还用积分后的再做积分
A:
手册写得极其清楚，局部积分曲线只是每个位置只对xy积分，积分曲线才是对它再对z方向积分。怎么不能做
Q:
这个我知道我说locintcurve.txt这个里面的数据做反方向积分，这个可以在multiwfn里面实现吗
A:
这都有了，直接自己在origin里做或写个trivial的小程序不就完了
----------------------------------------------------
2016.09.14 04:00:31
Q:
老师请教一个问题，在分子动力学模拟的时候，如果我对大分子（大分子是纤维素，溶剂是水）施加相对于其初始位置约束的时候，NPT跑多久盒子也不会缩小，且盒子里有不合理的留空。当将约束去掉后NPT跑一会儿，盒子就缩小了，溶液也变得致密了，这是怎么回事？谢谢！
[图片]
A:
用的是谐振势还是单纯的冻结坐标？
Q:
应该是谐振势
Cellulose Fixed
&cntrl
imin=0, irest=1, ntx=7, iwrap=1,
ntb=2, ntp=2, pres0=1.013,
ntt=3, tautp=1.0, gamma_ln=1.0,
temp0=298.15,
cut=12.0,
ntc=2, ntf=2,
nstlim=40000, dt=0.002,
ntpr=500, ntwx=500, ntwr=5000
ntr=1, restraint_wt=10,
restraintmask=':ROH,4GB,0GB',
/
这是amber的输入文件，ntr=0的时候盒子就可以正常收缩，ntr=1的时候盒子不收缩，但是能看到盒子有抖动
A:
盒子变化时，默认设置下程序可能会根据盒子尺寸变化对体系坐标进行scale。但把分子固定住，可能导致scale做不了，从而盒子尺寸也变不了。
也可能是bug
Q:
我用的是Amber15，不知道Amber16修复了这个bug没
A:
查查手册，看如果有盒子变化时可以不scale体系坐标的设置则开启后再试
或者你只给纤维素里中间的一个原子加谐振势，看看如何
----------------------------------------------------
2016.09.14 04:29:04
Q:
请问是什么错误没看出来
A:
提示很明显告诉你内存给的不够
要读英文
Q:
想问一下明年培训大概什么时候？
A:
预计春季
Q:
一年几次啊老师
A:
基础量化一年最多两次
明年还可能开一次量化入门班，定位比基础量化低得多
Q:
感觉如果连基础班都听不懂，就不是去补充量化入门知识的问题了，而是应该好好补充语言能力了
A:
[图片]
以及补脑
Q:
作为本科生……基础班也还好啊
A:
不要低估基础班的知识量
1900页ppt
Q:
是挺大的……
A:
每一页都是浓缩的精华
Q:
基本能听懂咯……
几月呢大概/呲牙
A:
之后会编一套测试题，做题方能检验知识的掌握程度
待定
Q:
嗯
A:
适合参加哪个和智力、悟性、机灵度有很大关系
Q:
[图片]
[图片]
也就是初步预计2次基础班，一次入门班？
A:
大抵吧
明年还有波函数分析班、分子动力学班
----------------------------------------------------
2016.09.14 04:51:42
Q:
我也得去学学在那？
A:
北京
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2016.09.14 05:34:39
Q:
sob老师，跑IRC的时候，其中一个方向跑了两个点就停了
之后尝试用calcall再次优化过渡态，跑IRC的时候依然出现同样问题
我想如果加大IRC步长应该是可以得到完整IRC的
不过已经得到精确的过渡态了，为什么依然出现这样的问题呢？
[图片]
A:
IRC算法不稳键
IRC过程也用calcall再试，或者减小步长
也可以尝试GS2
----------------------------------------------------
2016.09.14 06:36:45
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：写赝势基组没有以0结尾，会影响能量吗？体系中既有金属又有非金属
A:
不会
实际测试一下不就知道了
----------------------------------------------------
2016.09.14 06:57:48
Q:
老师，请问windows下怎么用VMD制作分子旋转的gif图呢？我在论坛里看到的是linux下的方法，@Sobereva
A:
以相同方法把每一帧弄出来对应的图片文件，然后用windows下的视频编辑程序诸如atani合并成gif
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2016.09.14 15:58:26
Q:
各位老师，我有一个问题想请教一下。我计算含氮官能团吸附多个水分子，计算了其单点能EA。我想知道其中每个水分子与其他部分之间的相互作用能。那么我将该水分子去掉（不优化）得到体系B，计算其单点能EB。然后，我计算EA-EB-EH2O作为该水分子与其他部分之间的相互作用能。请问这样算合理吗？如果不合理，有其他方法吗？谢谢各位老师。
A:
合理
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:39:15
Q:
同一个对称矩阵，求解出来的本征矢量居然不同，。。我也是醉了。。
A:
本征矢的符号本来就有任意性
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:45:06
Q:
请问老师，G09不同版本A01、B01、D01等有什么区别吗@Sobereva
A:
逐渐修正bug，增添小功能
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:48:03
Q:
老师怎么计算MoO42-的半径，谢谢
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:49:42
Q:
其中还有一个 G09 A02，那也就是说字母越大，以A, B, C 类推，功能越多？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:53:59
Q:
[图片]请问一下
这里出错的原因是什么？
谢谢
哦哦。那我再截一次
[图片] Free to Score 分享文件 08:56:01
"TPPS3.gjf" 下载
这是我的输入文件，请大家帮我看看。谢谢
我这是要算卟啉分子的荧光光谱，之前进行了结构优化及频率计算
接下来这一步总是出错，请各位老师帮忙解决一下，谢谢
A:
6-31G又来
opt td b3lyp/6-31g*
Q:
[图片]
请问一下，出来这个提醒我该怎么办呢
可是我拿这个文件继续下一步计算时老出错
A:
和这无关
出错看具体提示，甭贴lxxx出错
Q:
恩恩，谢谢
[图片]
请你帮我看一下，这是什么问题
我该怎么解决呢？
A:
提示已经很清楚了
Q:
请指点一下，，这个我不太会
这个意思是你没有下述的检查点文件 TPPS3.chk
[图片]
提示了呀
A:
1 不看手册
2 不google
3 不看英文√
4 不肯尝试√
5 不懂就问√
Q:
恩恩，这个我看懂了，可是我要怎么解决呢
1.确认一下有没有chk文件
A:
就用我给你的关键词就完了
别读check
----------------------------------------------------
2016.09.14 16:59:45
Q:
linux上指令.f90程勋，我以前都是ifort 1.f90。我怎么看有这么弄得：ifort -o 1 1.f90 这两种方式什么区别？谢谢
A:
后者指定了输出的文件名
----------------------------------------------------
2016.09.14 17:08:51
Q:
最近在看些有关金属类芳香性，请问G09中针探原子bq如何去定义，取值我尝试一个苯的例子，使用bq 0.0 0.0 1.0 发现Bq原子在CH原子上或是在CC原子上面，想请教老师如何才能在苯环中心的上方，求解@Sobereva
A:
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ
http://sobereva.com/261
以及《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/176）的3.1节
Q:
老师，这样的话必须使用Multiwfn才能完成吗 @Sobereva
A:
看完博文再问
甭管
----------------------------------------------------
2016.09.14 17:33:00
Q:
请问下sob老师，刚看到上面的问题，我也有类似的疑惑，请问下相互作用能中△E=△E(AB)-△E(A)-△E(B)，其中△E（A）是相互作用后的结构AB,去掉B结构，然后A只算个单点，而不优化的能量吗？还是需A优化算出的单点能呢？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.14 17:33:02
Q:
同样的GJF文件，在一个服务器上G09可以完成计算。但在另一个服务器上会在Petite list used in FoFCou这个地方无错误退出。是不是意味着这个服务器和G09不兼容? 两个服务器都是64位的
实在不知问题出在哪了。请各位赐教[Emoticon]
A:
尝试其它版本
Q:
[图片]
没发现错误信息啊
G09是我们刚买的
A:
[图片]
[图片]
Q:
多谢！貌似只能下个其他版了
两个服务器上装的软件等都是完全一样的
A:
跟CPU和操作系统有关
----------------------------------------------------
2016.09.14 17:43:10
Q:
[图片][图片][图片]老师计算静态第一超极化率出现这样的错误怎么改，谢谢
A:
今天第二次看见6-31G了[图片]
就这还算什么超极化率
反正就记住，用6-31G计算=搞笑
Q:
我只是用这个基组来和文献当中的做个对比然后正式计算的时候要加大基组的
A:
且不说大小，Be那么大其它那么小，连最基本的基组平衡性都不满足
毫无意义的计算
Q:
还不如3-21g
A:
那倒不至于
Q:
好的我现在换了基组 aug-cc-pvtz
文献中是这么干的我想用同样的方法看看我的这个体系算出来比文献中的是否要好
A:
又是：文献中怎么怎么样...
----------------------------------------------------
2016.09.14 17:47:49
Q:
Sob老师，M06L+D3计算SP出现以下错误[图片]同一个作业用PBE+D3，B97D+D3等GGA泛函都没问题，这是什么原因呢？
A:
贴关键词
Q:
[图片][图片]
A:
明尼苏达系列泛函不要用BJ阻尼
Q:
哦，好的，不过这样的话，计算结果可以和其它泛函直接比较吧？
谢谢Sob老师~
A:
其它泛函你说比如B3LYP-D3(BJ)，这个你说M06L-D3，可以比
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:00:33
Q:
Dipole Moment 大于多少算是极性分子？
A:
没有标准，只有大小。随便用高斯算几个你觉得算得上极性分子的小分子就知道了。
Q:
我有两个分子，一个Dipole Moment = 2.8615 Debye
一个 Dipole Moment = 3.4382 Debye
它们的极性相差大吗？
A:
一般
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:05:38
Q:
Sadlej HYPOL这个在gaussian里面怎么写
A:
自行看原文按照高斯格式定义基组
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:06:02
Q:
Sob老师，我用M06L和其它泛函比较的话，其它的泛函+D3计算是加阻尼好呢，还是都不加好一些？~
A:
什么叫加不加阻尼
阻尼必须用，要么零阻尼要么BJ
这里说了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:08:59
Q:
[图片][图片] 老师第一次用超算计算不知道为什么计算进行不下去
A:
先算个最简单的水的B3LYP/6-31G*单点做测试
去掉可耻的scf=这一串
咋不1024、65536...
Q:
嗯谢谢 Sob老师没办法我搞不懂高斯计算一直蒙圈中。。。
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
默认128还嫌少，GAMESS默认才给30
Q:
一般给200。。
maxcyc=200
其实128足够了
A:
其实80就足矣
Q:
我的程序默认的也是128
但是个别110多才收敛，80有时候不太够。
高斯的话让它默认就行
体系大了就多了
A:
高斯里超过80后收敛的可能可忽略不计
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:32:15
Q:
请问sob老师，您审稿哪些杂志的稿件比较多？另外，我想做水滑石（层状双氢氧化物）进入植物细胞的粗粒子模拟，能推荐个可以投稿的杂志吗？谢谢您！
坐等Gromacs培训班，参加完培训班，就开整了。
A:
现在特忙，还害怕有审稿的任务
Q:
哈哈，估计等完稿、送审时，您也就不忙了吧？
A:
没有闲的时候
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:41:28
Q:
（好奇审稿有钱吗）
A:
无
以前国内一些刊物审稿有审稿费
----------------------------------------------------
2016.09.14 18:49:35
Q:
请教Sob 老师，Polyrate算速率常数需要反应物的转动惯量I2, I3,....,Ip(moments of inertia) 我用Multwell的子程序mominert计算内转动的转动惯量，输出的
Ia = 176.2354 Ib = 1285.1677 Ic = 1350.1171 amu*ang^2
就是我想要的值吗？
A:
应该是
Q:
恩恩谢谢SOb 老师
SOB老师今年还有关于速率常数计算的培训吗
A:
没有专门这个的培训，这部分内容是在基础、高级量化班里的一部分
Q:
那什么时候开班呢
A:
高级班后年才会有，基础班明年有
----------------------------------------------------
2016.09.14 19:00:20
Q:
[图片]请问老师，向这样3d、4s、4p轨道的电荷是如何得出的，需要什么关键词呀@Sobereva
A:
用Multiwfn做Mulliken分析，或者NBO做NPA分析得到d轨道占据数和自旋布居数
----------------------------------------------------
2016.09.14 19:21:23
Q:
按照老师的指点使用NPA分析，磁矩信息可得，但电荷信息不太知道如何得出@Sobereva
A:
程序直接就给你了各个原子轨道的布居
----------------------------------------------------
2016.09.14 19:38:10
Q:
[图片]老师们好，请问一下图中的轨道分数是如何计算出来的，还有轨道的表示，我重复了他的实验，结果差异太大，恳请各位老师指点，谢谢！
A:
看文中对细节的描述。没准是计算相应类型NBO在MO中的比例。NBO程序里用NBOMO可以输出NBO组成MO的系数矩阵，系数取平方就是NBO对MO的贡献
Q:
群里应该有。
A:
例子书看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods
我也会写一本充满计算例子的书，比exploring这本更好，明年估计会出版
----------------------------------------------------
2016.09.14 20:44:29
Q:
Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
Accept linear search using points 1 and 2.
Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
Accept linear search using points 2 and 3.
Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
Accept linear search using points 1 and 2.
Minimum is close to point 2 DX= -5.56D-02 DF= -8.79D-07 DXR= 8.62D-02 DFR= 3.11D-03 which will be used.
Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
Accept linear search using points 1 and 2. 高斯软件一直显示这个不知道什么意思有人知道吗
A:
字号小点。
不用管
lapack在linux下编译：
解压后，把make.inc.example改名为make.inc，把FORTRAN、LOADER都改为ifort，把OPTS改成-O3，把BLASLIB改成blas.a的路径。然后make即可。
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2016.09.14 20:50:39
Q:
请问使用chkbasis时，还需要在输入文件后面写上赝势定义吗
A:
不用
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2016.09.14 20:54:44
Q:
高斯自学能学好吗好希望有一本实例的教程各位大侠能否推荐一下
A:
群规里写了，字号不得超过12
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2016.09.14 21:03:36
Q:
请问老师G09里在固定某些原子坐标的时候，还能有opt=cartesian吗？
还能用opt=cartesian吗
A:
能
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2016.09.14 21:06:53
Q:
sob老师预计有几本书发
A:
预告都在www.keinsci.com上
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2016.09.14 22:00:18
Q:
sob老师，我想保存激发态波函数，看了Multiwfn的说明，Guess=(read,Save,Only,NaturalOrbitals) Geom=AllCheck chabasis，请问如果是分开计算，它对上一步的文件有要求吗，为什么，我计算总是报错，
dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles = 1 SizExt = 524288 WInBlk = 512
defal = T LstWrd = 65536 FType=2 FMxFil=10000
Number 0
Base 40448
End 65536
End1 65536
Wr Pntr 40448
Rd Pntr 40448
Length 25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 000000000138af80, rcx ffffffffffffffff
rdx 0000000000006cab, rsp 00007fff28147f38, rbp 00007fff28147f60
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000006cab, r8 00002ad5bc30f540
r9 0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000202
r12 00007fff28148100, r13 00007fff28148108, r14 000000000221b580
r15 00002ad5bd820178
--- traceback not available
我的输入文件route是
#p Guess=(read,Save,Only,NaturalOrbitals) Geom=AllCheck chkbasis nosymm
A:
上一步就是激发态计算，并且用density，以及root指定保存哪个态密度矩阵
guess甭写read，手册里没让你写
Q:
谢谢，我第一步是
#p cam-b3lyp/genecp TD=(NStates=15,singlets,root=1) pop=(full,npa) density scrf=(pcm,solvent=thf) geom=check guess=read nosymm
第二步是#p Guess=(Save,Only,NaturalOrbitals) Geom=AllCheck chkbasis nosymm
有没有read，都报同样的错误
A:
反正我这里没报错
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2016.09.14 22:24:07
Q:
[图片]请问下差分电荷密度图在vesta里面怎样调整才能变成这样？（平时画出来的都是[图片]两种颜色都是混在一起的）
A:
能不用的关键词都去掉，水分子算通再说
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2016.09.14 23:38:20
Q:
各位老师好，最近在做高斯优化时经常出现这样的问题，请问该如何解决，以下是输入文件与输出文件[图片][图片]
A:
去了外电场再试
Q:
去了电场可以优化出来
但是最近所要研究的体系是探究加了外电场后产生的变化
A:
opt报错还是freq报错？
Q:
opt 报错
A:
去掉z-matrix再试
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2016.09.15 00:12:23
Q:
[图片]想请教一下老师，这个数值是从何处得到的？
A:
NBO输出BD信息的时候就告诉你NHO的系数
Q:
[图片]老师是这个数么？
A:
y
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2016.09.15 00:25:16
Q:
[图片]请问一下，大家有谁见过这种EDD图吗？请教做法。
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
谢谢老师我也看了您关于电荷密度差图的做法自己也做出了这样的图。[图片]
好的谢谢您我这就试试看。
A:
做等值面图不就完了，博文里都有例子
Q:
请教一下，怎样得到密度差的cub呢？
[图片]是通过这个方法吗？
[图片]
A:
那个早就过时了，Multiwfn没诞生的时代才需要那种又复杂效果又差的做法
甭看这个
看我的博文和multiwfn手册
Q:
好的我看到您在博文中写到，做COCl2的电子密度的变化的等值面图是在施加了0.03au的均匀电场的情况下得到的。我的理解没有错吧。
A:
y
Q:
可是我不理解的地方是，这个作者在描述他的电子密度差图时是这样写的，[图片]
A:
怎么不理解
Q:
我明白了，十分感谢大家。
那我在用老师的软件画图是，用标明所加的电场值吗？
A:
标啊，要不然别人哪知道这图对应什么
Q:
也就是既要标明所加的电场值，也要标明选用的等势面值，对吗？
我明白了，谢谢。
还有一个问题，在老师的博文中的列子是加了0.03au的电场，那么如果是比较大的体系，也使用这个电场值可以吗？
比如说是金属镶嵌在石墨烯上的这种含有较多原子的体系。
投了个中文期刊的小文，对方要求把公式中的表达矩阵的字母写成黑斜体。在公式编辑器的MathType的：样式-其他菜单下有：Bodoni MT, 还有Bodoni MT Black，还有Bodoni MT Condensed等等各种黑体斜体字。求该用哪种黑体斜体字？
A:
加多大电场根据实际研究目的决定
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2016.09.15 02:35:51
Q:
我是想用这样的EDD图来解释气体分子和石墨烯基地成键的问题，也就是如果电子密度增加，那么就可以证明，分子可以吸附在石墨烯上。而这样的图，可以很直观，形象的来解释这个成建与否的问题。@冰释之川
A:
这跟外电场毫无联系
直接拿整体减片段做密度差图
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2016.09.15 03:22:53
Q:
老师，AdNDP搜索六元环时，三个原子是重合的，可以一次性把这些都提出来吗？
A:
什么叫三个原子重合？
Q:
三个原子是一样的
比如说都是B1,B2,B3,X,X,X
A:
搜六中心怎么会有这种
Q:
就是B40的那个团簇
A:
看程序手册
Q:
老师，问一下，占据数差多少可以认为是简并的？
A:
结合图形考察，不是光看这个
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2016.09.15 03:40:17
Q:
sob老师，Multiwfn能否打印出范德华表面的格点坐标以及表面上的静电势值？
A:
表面静电势分析之后导出vtx.txt就完了
Q:
是这样的，表面静电势分析之后导出的vtx.txt是电子密度为0.001的表面的坐标和静电势，而且不同电荷的电子密度的体积不同，现在我想导出范德华表面（这样带电的和中性的体积相同了），然后就可以比较他们表面上的静电势的不同
A:
中性时候导出vtx.txt，重启Multiwfn载入阴离子状态的波函数，然后用主功能5把所有这些点上的静电势数值再算一遍。然后就能比了
做法看手册这部分
[图片]
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2016.09.15 03:45:40
Q:
老师您有一篇关于轨道贡献的博文是不是NBO分析的链接地址是什么？找了挺长时间也没有找到谢谢老师
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2016.09.15 03:52:28
Q:
请问老师，dimer算法不是用高斯计算吗？在高斯说明书里找不到啊
A:
谁说高斯能用dimer方法
太想当然了
VASP等程序才有dimer
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2016.09.15 05:01:25
Q:
sob老师好，看了您写的《单路计算化学攒机配置推荐》，16年的推荐配置里cpu是4核的，如果CPU想要8核，或者8核*2（均单线程），有没有相应的推荐配置？
A:
买双路机子
Q:
另外帖子里您说AMD的比较弱，如果用AMD16核的当成intel的8核的用，可以吗？毕竟amd的便宜很多啊
A:
不能
还得考虑并行效率
Q:
老师，双路机子是双核的意思吗？
双cpu
那在您推荐的配置单里，采用2个cpu(共8核)，再换个双cpu的主板，其他配置不用更换，这样可以么？
不打算买整机呢师兄
打算1w以下的配置
A:
[图片]
1w以下买双路除非用ES CPU或者买二手
Q:
搜了下ES CPU相当于测试版啊，万一运气不好遇见有bug的。先前搜了一会intel ARK，8核的cpu比4核的翻好几倍，要不再考虑下4核*2吧
[表情]能有1w5也好啦
AMD这么不受待见啊
[Emoticon]既然有前车之鉴，那还是不尝试了
CPU：E3-1230 V5 *2
散热器：九州风神大霜塔普通版
主板： X10DRL-i （C612芯片组，集显）
硬盘：希捷 2TB 64MB
内存：三星DDR4-2133 16GB*2
电源机箱随意配
结合了sob老师的帖子里的cpu和刚发的截图的主板内存，这样可以吗？
cpu是4核*2，内存128会不会太大了？
A:
1230根本就不能双路运行，想得太美了
Q:
这配置要7000多点了
不行啊，二手的，万一用不住呢。ES的怕遇见有问题的，不敢买啊
有报销，就是预算少点
双路是想买2个4核，因为4核的cpu比8核便宜好多
A:
没钱就买双路六核
双路四核还不值得买服务器板子钱
Q:
可以啊，双路六核有主板和cpu的推荐型号吗，sob老师？
A:
主板还是那个
2620v3
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2016.09.15 13:30:28
Q:
各位老师早上好！我现在在做docking，有个问题不太理解，autodock里面计算binding energy的公式里面有一项desolv energy应该是计算去溶剂化能的，我不太明白它为什么要算这一项～感谢各位老师！中秋节快乐～！
A:
溶剂环境下计算结合能显然得考虑溶解自由能。
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2016.09.15 15:16:31
Q:
想做实验了，纯理论计算的道路就像一个人在黑暗中独自爬山
想做计算了，纯理论的道路就像一个人在黑暗中独自爬天坑。。。
A:
一起做
互有促进
Q:
嗯嗯
最近正在做计算
不然，光做理论都不知道是干什么的
在等gromacs培训
A:
对。
容易陷入做了一大堆理论结果没什么实际用处的境地
Q:
是的
A:
做些实际问题才容易感知当下需要做什么样的理论
Q:
所以先应用后理论
它们挨的比较近~
OA:
但是至少培训了编程吧
Q:
做TD做的我是一头雾水。都不知道用来干啥的。。现在正好有个东西要用tddft算
OA:
做理论然后做计算岂不是小菜一碟？
Q:
不过，对于一些化学的知识我几乎一窍不通，仅仅停留在高中阶段。。。这里还需要下点功夫
关键是，你都不知道这个理论用来干什么，，，还是要先做计算
A:
不算点实际问题了解主流趋势，像XCIS、CIS(D)或许花了一阵功夫实现了，但一点价值也没有
Q:
对该方法有个认识以后，就好办了
OA:
对
Q:
做理论的不做计算是不行的
做理论也没啥好的教材
除了国内那三本
OA:
我发现wB97X对CH3I特别合适
wB97DX就差一些
Q:
徐光宪的有许多错误
国内还有哪两本？
OA:
做理论，看文献才是主要的
看书充其量也就做做HF-DFT之类的
双电子积分都做不了很好
A:
陈飞武的书倒是讲了不少双电子积分
国外的，Molecular Electronic-Structure Theory讲了很多双电子积分
Q:
那不是你以前的东家？
嗯嗯
A:
不过国内的书错误太多，式子都不敢用。
Q:
将公式转变为代码，太难了
A:
陈的书里重叠积分的式子都有错，当初怎么写结果也不对，结果推导一遍发现被坑了。后来再也不敢信国内的书的公式
Q:
陈不是你的老师吗？sob/白眼
A:
很多不复杂的问题，国内的书反倒弄复杂了
徐那本书的TDDFT里的介绍大多都是直接抄来的，和好多文献里叙述几乎一样，相当翻译了一遍
Q:
徐光宪那本书过时了
A:
徐的书三册里也就第二册还和实际量化有点关系，第一、三册几乎没用
Q:
第三册很物理
都是李群什么的
A:
花了整整一册书来铺垫，到了第三册就开始天马行空了
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2016.09.15 16:08:29
Q:
[图片]
不知道tddft计算出的这些态有啥用？
[图片]
A:
看了下目录，感觉完全没有买的价值，几乎就是量子物理
Q:
台湾的书
A:
[图片]
Q:
台湾人比较懒？
直接拿量子物理忽悠人
量子物理更难一些吧
我感觉
A:
台湾也有搞量化厉害的，比如wB97XD的作者。不过想不到一本中文的量化书也没有
Q:
嗯嗯
英文的也行
台湾，彭国伦的那本书算是不错的了
A:
对
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2016.09.15 17:44:55
Q:
谢谢老师！那为什么不计算solvation energy 溶剂化能而是计算溶解自由能呢？这两个概念我好像不是很清楚，能麻烦您稍为解释一下吗？谢谢！
A:
溶剂化能既可以是溶剂化焓也可以是溶剂化自由能，后者就是溶解自由能
Q:
那溶剂化自由能和溶解自由能是一个意思吗，分子在gas phase的自由能和在溶剂中的自由能差？
A:
当然是一回事
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2016.09.15 17:47:16
Q:
老师们打扰了，[图片]这个图是用multiwfn做的吗？
不是
VMD
A:
Multiwfn+VMD
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.09.15 17:56:29
Q:
请问如何查看激发态S1的能量?
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2016.09.15 18:16:24
Q:
请教Sob老师及各位
我对体系不同的原子用了不同的基组
如果我按原子顺序定义（1-100）会显示Error termination in NtrErr: NtrErr Called from FileIO
我搜索好像是说高斯的bug 我按图中[图片]顺序，高斯又报错显示不识别****。请问是怎么回事？该怎么解决呢
A:
输入输出文件传上来
Q:
是从qq传给您吗？
A:
传上来（到群共享）!＝私聊发给我
不接受任何私聊，私聊都会被无视
Q:
好的
[图片] 冷月无声⊙﹏⊙ 分享文件 10:28:49
"2.log" 下载
[图片] 冷月无声⊙﹏⊙ 分享文件 10:28:49
"1.com" 下载
老师已经上传了
A:
11 0前面空一行别空两行
----------------------------------------------------
2016.09.15 18:33:59
Q:
@Sobereva：请问multiwfn闪退是什么原因啊？谢谢了！我做了一系列计算，有的没问题，有的闪退。贴图如下[图片]
生成wfn的设置都是一样的，怎么有时候multiwfn就闪退呢？
A:
输入文件有问题，诸如转换得不完整
用multiwfn最新版本，还没法载入就把wfn文件发给我
Q:
我用的是orca3.03，直接在命令行加！aim生成的wfn文件。mutiwfn版本是3.3.8
A:
别用orca直接生成的wfn文件，净是bug
orca的用户用.molden作为输入文件。产生方式在手册第四章开头说明了
有些orca产生的.wfn文件能用，但是很多有bug，即便能算结果也未必对
是否考虑相对论效应和用wfn还是molden根本没关系
gaussian也照样能考虑标量相对论效应啊
----------------------------------------------------
2016.09.15 18:38:36
Q:
[图片]
老师，查看log文件里面最上面的第一个 excited state 1 （查看S1能量）？
A:
那是S0-S1的激发能，不是S1的能量
仔细看我给你的博文，这些都写得很详细
----------------------------------------------------
2016.09.15 18:43:10
Q:
我看过你以前的博文说用.molden，只不过我对wfn熟悉，所以就这样做了，并且的确有些例子multiwfn是可以算的。之所以用orca，是因为我必须用zora考虑相对论效应。是不是做波函数分析就不用考虑相对论效应了？这样的话我就可以用gaussian生成wfn了。
A:
加个int=DKH2就完了
----------------------------------------------------
2016.09.15 18:45:47
Q:
GAMESS计算力常数的时间好像比高斯慢很多
A:
本来GAMESS-US就比高斯慢很多
----------------------------------------------------
2016.09.15 18:58:25
Q:
大家好，请教阿加一个问题，Multiwfn怎么安装啊，网站上说直接解压就能安装，按我解压后，为什么会出现这个界面........
[图片]
A:
windows版根本就不需要安装
仔细读完此文
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
屏幕上都明确提示你接下来要干什么了
----------------------------------------------------
2016.09.15 19:02:41
Q:
请问GAUSS能不能固定蛋白质的大部分结构，只针对小部分结构开展计算研究？
A:
能
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2016.09.15 19:42:41
Q:
请教一下各位，想写一篇综述，不是邀请的，是写中文的好还是英文的好呢？另外，国内投什么杂志合适的。。
请有经验的人给点建议。。
A:
可以考虑化学进展或者物化学报
Q:
物化学报
是
A:
中英文都可以
想写着省事就中文，想有更多读者，有可能被更多地引用就英文
----------------------------------------------------
2016.09.15 19:59:42
Q:
文献求助http://www.nature.com/nmat/journal/v8/n2/full/nmat2372.html
/抱拳
[表情]
[Emoticon]
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
刚才真是太不好意思了，我现在已经认真阅读了群规中关于文献求助方面的内容，非常感谢Sobereva的提醒。
我花了很长时间还是没有能够下载到这篇文献，现在真心希望大家可以帮忙
http://www.nature.com/nmat/journal/v8/n2/full/nmat2372.html
这个是文章的链接
文章的标题是Conjugated dicarboxylate anodes for Li-ion batteries
我用sci-hub的方法还是没有能够下到这篇文献，希望大家谅解，谢谢
网上有专门的文献求助群
这个群真好
求助文献可以去那
反应很快
嗯，我试试
文献已经求到，谢谢
A:
求sci-hub下不了的文献我绝对不扣分
如果按照群规里正确使用了sci-hub，还下不了，截个图证明sci-hub没用错，也不扣分
但凡扣分，我一定亲自用sci-hub试过是能下的
Q:
我试了能下
A:
就是
包括一群也是，明明有人求的文献用sci-hub能下，非说sci-hub下不了
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.15 20:04:27
Q:
scf不收敛，使用qc，一直卡在这里，请问是出了什么问题了吗
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=2.92D-06 Max=1.77D-04
AX will form 1 AO Fock derivatives at one time.
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=2.21D-06 Max=1.31D-04
LinEq1: Iter= 2 NonCon= 1 RMS=1.67D-06 Max=1.06D-04
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=5.73D-07 Max=1.90D-05
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=4.55D-07 Max=1.36D-05
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=4.07D-07 Max=1.54D-05
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=3.82D-07 Max=1.18D-05
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=2.13D-07 Max=7.79D-06
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 RMS=1.54D-07 Max=5.68D-06
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=1.30D-07 Max=4.99D-06
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=9.02D-08 Max=3.60D-06
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=4.26D-08 Max=1.72D-06
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=3.43D-08 Max=1.49D-06
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=3.05D-08 Max=1.28D-06
LinEq1: Iter= 14 NonCon= 1 RMS=1.45D-08 Max=
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=5.73D-07 Max=1.90D-05
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=4.55D-07 Max=1.36D-05
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=4.07D-07 Max=1.54D-05
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=3.82D-07 Max=1.18D-05
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=2.13D-07 Max=7.79D-06
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 RMS=1.54D-07 Max=5.68D-06
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=1.30D-07 Max=4.99D-06
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=9.02D-08 Max=3.60D-06
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=4.26D-08 Max=1.72D-06
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=3.43D-08 Max=1.49D-06
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=3.05D-08 Max=1.28D-06
LinEq1: Iter= 14 NonCon= 1 RMS=1.45D-08 Max=5.23D-07
LinEq1: Iter= 15 NonCon= 1 RMS=1.13D-08 Max=4.68D-07
LinEq1: Iter= 16 NonCon= 1 RMS=7.39D-09 Max=3.12D-07
LinEq1: Iter= 17 NonCon= 1 RMS=3.74D-09 Max=1.41D-07
LinEq1: Iter= 18 NonCon= 1 RMS=2.48D-09 Max=1.01D-07
5.23D-07
LinEq1: Iter= 15 NonCon= 1 RMS=1.13D-08 Max=4.68D-07
LinEq1: Iter= 16 NonCon= 1 RMS=7.39D-09 Max=3.12D-07
LinEq1: Iter= 17 NonCon= 1 RMS=3.74D-09 Max=1.41D-07
LinEq1: Iter= 18 NonCon= 1 RMS=2.48D-09 Max=1.01D-07
LinEq1: Iter= 19 NonCon= 1 RMS=1.92D-09 Max=6.62D-08
LinEq1: Iter= 20 NonCon= 0 RMS=5.27D-10 Max=1.41D-08
Linear equations converged to 2.278D-09 2.278D-08 after 20 iterations.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=5.71D-06 Max=1.61D-04
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=4.05D-06 Max=8.93D-05
LinEq1: Iter= 2 NonCon= 1 RMS=2.65D-06 Max=9.34D-05
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=2.31D-06 Max=9.49D-05
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=1.49D-06 Max=7.67D-05
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=1.12D-06 Max=3.17D-05
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=9.33D-07 Max=4.20D-05
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=7.14D-07 Max=2.46D-05
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 R
MS=5.23D-07 Max=1.37D-05
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=2.66D-07 Max=1.26D-05
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=1.95D-07 Max=7.60D-06
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=1.39D-07 Max=4.47D-06
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=8.05D-08 Max=3.47D-06
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=7.03D-08 Max=2.05D-06
LinEq1: Iter= 14 NonCon= 1 RMS=4.53D-08 Max=1.73D-06
LinEq1: Iter= 15 NonCon= 1 RMS=2.62D-08 Max=1.04D-06
LinEq1: Iter= 16 NonCon= 1 RMS=2.13D-08 Max=8.43D-07
LinEq1: Iter= 17 NonCon= 1 RMS=1.32D-08 Max=6.76D-07
LinEq1: Iter= 18 NonCon= 1 RMS=9.02D-09 Max=3.50D-07
LinEq1: Iter= 19 NonCon= 1 RMS=6.52D-09 Max=2.91D-07
LinEq1: Iter= 20 NonCon
= 1 RMS=3.48D-09 Max=2.28D-07
LinEq1: Iter= 21 NonCon= 0 RMS=2.35D-09 Max=9.55D-08
Linear equations converged to 1.238D-08 1.238D-07 after 21 iterations.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=2.16D-06 Max=8.84D-05
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=1.80D-06 Max=1.19D-04
LinEq1: Iter= 19 NonCon= 1 RMS=1.92D-09 Max=6.62D-08
LinEq1: Iter= 20 NonCon= 0 RMS=5.27D-10 Max=1.41D-08
Linear equations converged to 2.278D-09 2.278D-08 after 20 iterations.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=5.71D-06 Max=1.61D-04
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=4.05D-06 Max=8.93D-05
LinEq1: Iter= 2 NonCon= 1 RMS=2.65D-06 Max=9.34D-05
LinEq1: Iter= 3 NonCon= 1 RMS=2.31D-06 Max=9.49D-05
LinEq1: Iter= 4 NonCon= 1 RMS=1.49D-06 Max=7.67D-05
LinEq1: Iter= 5 NonCon= 1 RMS=1.12D-06 Max=3.17D-05
LinEq1: Iter= 6 NonCon= 1 RMS=9.33D-07 Max=4.20D-05
LinEq1: Iter= 7 NonCon= 1 RMS=7.14D-07 Max=2.46D-05
LinEq1: Iter= 8 NonCon= 1 RMS=5.23D-07 Max=1.37D-05
LinEq1: Iter= 9 NonCon= 1 RMS=2.66D-07 Max=1.26D-05
LinEq1: Iter= 10 NonCon= 1 RMS=1.95D-07 Max=7.60D-06
LinEq1: Iter= 11 NonCon= 1 RMS=1.39D-07 Max=4.47D-06
LinEq1: Iter= 12 NonCon= 1 RMS=8.05D-08 Max=3.47D-06
LinEq1: Iter= 13 NonCon= 1 RMS=7.03D-08 Max=2.05D-06
LinEq1: Iter= 14 NonCon= 1 RMS=4.53D-08 Max=1.73D-06
LinEq1: Iter= 15 NonCon= 1 RMS=2.62D-08 Max=1.04D-06
LinEq1: Iter= 16 NonCon= 1 RMS=2.13D-08 Max=8.43D-07
LinEq1: Iter= 17 NonCon= 1 RMS=1.32D-08 Max=6.76D-07
LinEq1: Iter= 18 NonCon= 1 RMS=9.02D-09 Max=3.50D-07
LinEq1: Iter= 19 NonCon= 1 RMS=6.52D-09 Max=2.91D-07
LinEq1: Iter= 20 NonCon= 1 RMS=3.48D-09 Max=2.28D-07
LinEq1: Iter= 21 NonCon= 0 RMS=2.35D-09 Max=9.55D-08
Linear equations converged to 1.238D-08 1.238D-07 after 21 iterations.
LinEq1: Iter= 0 NonCon= 1 RMS=2.16D-06 Max=8.84D-05
LinEq1: Iter= 1 NonCon= 1 RMS=1.80D-06 Max=1.19D-04
A:
别刷屏
甭用qc就完了
Q:
但不用qc。别的方法都试了，优化的前几步能收敛，后来就不收敛了
A:
总有办法。
用qc不也照样白费功夫
不要以为qc就是最终法宝
Q:
# opt b3lyp/genecp guess=read geom=allcheck int=grid=500590 scf=(noincfock,nodiis,ndamp=50,fermi,novaracc,xqc)
A:
nodiis干啥，大多数情况又没好处
Q:
我已经这么写了，先用小基组收敛，一步一步加，加到6-31G就废了
A:
完全是乱试
其它泛函有的是可用的，def2-svp之类
Q:
我是俺老师博文试的，这样的话，老师有啥建议呢
如果用def2-svp泛函，请问是这么写吗def2-svp/genecp？
A:
B3LYP/def2SVP
不同泛函、不同基组，不同初始结构，都尝试
检验电荷和自旋多重度是否确实合理
----------------------------------------------------
2016.09.15 22:19:50
Q:
老师们，请问uv-vis谱气态的比溶剂化的理论模拟得好，正常吗？（实验是在溶剂条件下做的）为什么？
A:
没正确使用溶剂模型
或者恰好误差抵消得好
----------------------------------------------------
2016.09.15 23:54:54
Q:
老师们打扰了 multiwfn可以做这种图吗[图片]
谢谢老师们。。
我之前只做的那个DOS图，没把那个前线轨道加进去。
A:
ps不就完了
----------------------------------------------------
2016.09.16 00:20:31
A:
[图片]
M062X之后几乎都白搞了
Q:
其实就是懒嘛。
M062X之后除了M06L 都是生面孔啊
A:
基本没什么改进的余地了
Yan Zhao走了之后明尼苏达泛函就是跟大趋势，弄范围分离泛函，然后加入一些固体体系作为训练集而已
了无新意
尤其是M11弄得极为失败
Q:
其实也好，证明了我们常用的m062x不错，常见软件比如高斯和ms也不用更新换代，不然加入方法又要升级版本，又要花钱[emoji][emoji][emoji]
不是不差，我发现还挺好
A:
收敛也没难到那种程度
而且HF成分高，从这点上收敛相对还容易一点点
Q:
除了有些体系光谱不准外，至今没发现有机体系有什么其他缺点
A:
主要就是静态相关强的时候由于HF成份太高，而且训练集没考虑静态相关强的体系（过渡金属等），所以这部分不如纯泛函
另外算非谐振时候很烂
而且耗时比B3LYP高不少
----------------------------------------------------
2016.09.16 00:30:37
Q:
sob老师，求这篇文献
A:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.6b00637
----------------------------------------------------
2016.09.16 02:17:17
Q:
请教一下社长大人...分子动力学中怎么估算扩散系数呢..用爱因斯坦方程吗？
固体中我记得应该是爱因斯坦关系式
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.16 02:35:18
Q:
LC-wPBE 在高斯里默认的w值是0.4吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.16 17:22:11
Q:
[图片]请教各位老师，hirshfeld电荷一般取Q-H 还是 Q-CM5 ？
A:
Q-H
Q-CM5是CM5电荷
----------------------------------------------------
2016.09.16 17:47:03
Q:
请问老师们为什么MP2算出来的一系列NMR和实验对比后发现是如此的糟糕呢？即使在MP2/def2-TZQP下都非常差的太离谱了（CCSD（T）方法测试后发现完全带不动）。请教各路英雄豪杰，有什么破解之法吗？在此先拜谢了~~
原意想算水溶液中的，所以采用了SMD。暂时没有考虑加入显性水分子进入QM部分。如果能呈现一个整体一致的偏差，我也还能接收。但是算出来的这一个系列确是奇奇怪怪的不一致。
A:
构象对NMR影响很大
而且有些在实际环境中等价的原子（诸如甲基的三个氢）注意取平均
用那种基组还不如pcS-2
----------------------------------------------------
2016.09.16 18:21:07
Q:
请教一下大家，计算金原子和一个给电子配体的作用（例如CN-），一般什么基组和方法靠谱？整个体系挺大的，大概有90个原子左右。
这种sapt好像算不起？dispersion重要吗？
A:
SAPT没戏
90个原子化学里有多少Au？
90个原子里有多少Au？
Q:
就一个
A:
其它都是有机结构？
Q:
对，其他的都是c n h，但是配体里有一两个S，P
我就想估计一下不同配体时候的interaction。都是和那个金原子作用。配体有大有小，打的有PPh3这种巨大的，小的就是CN
A:
如果重在分析弱相互作用，有机部分6-31+G*，金用lanl2TZ(f)。好再好点有机部分用6-311+G*
泛函用B3LYP-D3(BJ)
Q:
能量我都算过了，TZVP+SDD（Au），还算得起
都是用的B3LYP
我就用这个基组+BSSE，再加上B3LPY-D3，靠谱吗？
A:
可以
Q:
谢谢！ECP算BSSE有什么特别需要注意的吗？还是高斯都搞定？
A:
没有任何特殊性
----------------------------------------------------
2016.09.16 21:46:02
Q:
老师好，想请教个问题，我做MD要算小分子的resp电荷，我看到好多文献中对于带负电荷的小分子都是用的hf/6-31g(d)算静电势，难道不需要考虑弥散吗？
我用的是 hf/6-31+g(d)，请问哪个最好？
A:
后者
Q:
谢谢老师
麻烦老师了，我再请教一下，我对一个小分子进行了同系物修饰，修饰后的小分子我做了结构优化，然后做了top文件，之前的小分子pdb文件因为是修饰得到的，我对修饰原子的键长做了校正，然后能不能将其于top文件一起用，做动力学模拟，这个配体的pdb文件中可能有些地方结构不太合理，我的理解，这个pdb只是个初始结构，这会在MD过程中根据top中的参数被校正过来，请问老师是这样吗？
A:
看不明白。只要top文件是对应于你当前小分子的，即便小分子初始结构不太好也没关系，优化和MD之后会按照top里定义的力场自发调节
----------------------------------------------------
2016.09.16 22:54:37
Q:
请问老师，我用tpssh/6-311+g** 计算苯的VIP和VEA发现VIP值与文献相同，VEA不同（均不考虑ZPE），是不是意味着VEA要考虑ZPE@Sobereva
G09计算的
A:
否
Q:
那能问一下为什么计算值不对吗
A:
文献值是什么值？怎么来的？没有可比性的情况下不要比
----------------------------------------------------
2016.09.16 23:08:30
Q:
SOB，我优化一过氧化物时发现B3LYP泛函就能保持住，而TPSSTPSS泛函就保持不住。是由于纯泛函较杂化泛函严重的自相互作用导致的吗
[图片]
这个分子
请问一下这个是怎么回事
[图片]
A:
未必。也尝试BLYP、M06L
----------------------------------------------------
2016.09.17 00:35:39
Q:
请问 NMR数据应该怎么分析
C Isotropic = 9.5966 Anisotropy = 125.0129
XX= -58.7751 YX= -33.8915 ZX= 41.2049
XY= -34.0718 YY= 37.8203 ZY= -32.7858
XZ= 45.7139 YZ= -24.1807 ZZ= 49.7447
A:
字号别超过12
这里Isotropic减去相同级别的TMS的碳的，就是化学位移。
Q:
[Emoticon] 具体每个 XX XY 。。。表示什么意思？
[表情] 具体每个 XX XY 。。。表示什么意思？
A:
磁屏蔽张量
衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/176
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.17 00:49:38
Q:
请教一下大家,采用QST3方法搜索过度态的输入文件怎么写?给个模板吧,而且最好是内坐标形式的,谢谢
A:
%chk=C:\QST3.chk
# opt=qst3 b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C -1.12472161 -1.12462521 0.01472215
H -2.05136879 -1.12462521 -0.52027785
N 0.02187839 -1.12462521 0.01472215
1 2 1.0 3 3.0
2
3
Title Card Required
0 1
C 0.00000000 0.00000000 0.74020000
H 0.00000000 -0.40700397 -1.52463422
N 0.00000000 0.00000000 -0.40640000
1 3 3.0
2 3 1.0
3
Title Card Required
0 1
C 0.60674295 0.09774951 0.00000000
H 0.13392220 -0.99847154 0.00000000
N -0.53919713 0.05885350 0.00000000
1 3 3.0
2
3
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:12:26
Q:
[图片]
请教各位这个error 怎么解决？
A:
%mem不够
Q:
这是我PM6优化后的体系计算能量我用了关键字maxdisk=80GB 也是同样的错误
[图片]
A:
%mem又不是maxdisk
DFT计算不用conventional方式根本不占硬盘
Q:
单点是用DFT 6-31+G**计算的
我是看你帖子计算弱相互作用来着
[图片]
A:
说这个干嘛
加大%mem就完了
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:22:56
Q:
请问在WIN10下，Multiwfn的settings.ini中参数ompstacksize设置成400M大小，nthreads为4，那么算起来为1.6G，系统内存为16G，为什么还提示存储不足、程序停止呢？
A:
和这个参数无关，除非报错提示和openmp有关
即便是64bit windows系统，由于Multiwfn的windows版是32bit的，最多也就用3G多一点内存
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:25:50
Q:
为何不用cube和VMD？
A:
不能
用导出的pdb可以用VMD绘制
Q:
哦哦，pdb
抱歉
顺便问一下，范德华半径应该是针对原子的吧？所以同一种元素的原子和阴阳离子的范德华半径一致？那静电势表面的大小也一样？
A:
也是看定义。如果用电子密度等值面来考察就会不同
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:34:16
Q:
sob老师，最新版的lapack3.6.1用ifort编译失败
按照你提供的办法
3.3.0没问题
从3.4开始好像就不认ifort了，不知道是不是我没有设置好
A:
就用老的呗，足够
Q:
嗯嗯
我用的3.3.0
multiwfn里面带的是哪个版本
A:
3.3.0
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:37:11
Q:
换个问题，在《使用Multiwfn+VMD绘制表面静电势图》中
我使用中性分子的表面，而静电势数值使用的是带电分子在此表面的静电势
如果要做静电势，还需surfanalysis.pdb，vtx.pdb和furan.pdb
怎样借助我给的表面及其静电势数值得到这三个数据？
是不是可以手动编写这三个文件？
A:
之前跟你提到过，用中性时产生的vtx.txt，在载入阴离子时候用主功能5计算vtx.txt里每个点的静电势。之后，程序会在此文件里最后一列填上阴离子状态的静电势，你把这些数据拷到中性下的vtx.pdb的B因子那一列作图就完了。
Q:
哦，看来还是只能根据计算的数据手动编写这三个文件了，谢谢sob老师
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:40:38
Q:
不过我的体积明显的大，我用的ifort2015
A:
pop=full
Q:
这个选项能让输出文件变得很大。。。
A:
嫌大就产生.fch文件，载入到Multiwfn，用主功能6的选项5查看指定轨道的展开系数。
----------------------------------------------------
2016.09.17 01:44:43
Q:
明白了，Linux版Multiwfn是64位吧？那我在linux下装个试试。多谢
A:
Linux下通常不会提示内存不够问题
----------------------------------------------------
2016.09.17 04:11:20
Q:
社长，虚拟机占用空间越来越大，但是把里面的文件都清理干净了磁盘占用还是不变，怎么办啊？
A:
删除快照
Q:
我没用快照啊。。
A:
[图片]
虚拟机处于关机状态时实用工具里有个磁盘清理
----------------------------------------------------
2016.09.17 04:23:41
Q:
大老师，CCSD(T)计算第一超极化率如何实现呢？
A:
自行做有限差分
Q:
[表情]能说的具体一点嘛？比如如果用高斯，关键词怎么写呢？
[Emoticon]能说的具体一点嘛？比如如果用高斯，关键词怎么写呢？
A:
根据有限差分公式，自己写个程序产生所有所需结构的能量的高斯输入文件，然后程序读取能量，根据公式算出来beta
----------------------------------------------------
2016.09.17 04:44:21
Q:
请问有没有知道什么是spin density，具体指的是什么？谢谢
A:
看里边介绍
幻灯片：Multiwfn与波函数分析简介
http://sobereva.com/239
----------------------------------------------------
2016.09.17 05:29:26
Q:
各位老师请教个问题，我用forcite做动力学后，怎样计算后面20祯的平均吸附能，我知道用xtd文件计算能量可以把体系的总能量一次全部计算出来，剩下的难道需要一帧一帧的计算吗？
A:
[图片]
Q:
多加一些关键词，…… geom=chk guess=read好像是这样。
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.17 06:33:07
Q:
[图片]
pdb最后一列是什么，pdb格式说是元素名，但我这个分子没有氧元素啊
就是surfanalysis.pdb文件
A:
就是元素名
靠pdb在VMD里显示一个原点总得给它个原子符号啊
Q:
那我随便弄没问题是吧，上面的C是不是也是这样随意指定的？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.17 06:37:23
Q:
sob老师，TDHF里面去激发的系数是不是来自B矩阵？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.17 06:43:13
Q:
sob老师,Linux系统opt续算加上restart关键词后出现segment fault错误
[图片]
[图片]
[图片]
A:
直接拿最后的结构重新保存输入文件继续算
----------------------------------------------------
2016.09.17 15:00:53
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
哪位大神可以告诉我打开高斯view这种情况怎么解决啊
我都重装好几遍了，一直都是这样
A:
全都卸了。先装高斯，后装gview，都装到相同目录，路径别有中文
----------------------------------------------------
2016.09.17 17:05:49
Q:
<S**2>这个怎么算的？
A:
szabo的书里就有式子
Q:
嗯嗯
这个量有什么用？
soga
为0表示没有污染？
闭壳层是不是都为0
A:
[图片]
Q:
[图片]
找到计算公式了
挺麻烦的样子/呲牙
A:
很简单，算个alpha和beta轨道间重叠积分就完了
Q:
嗯嗯~
这个重叠积分需要重算？
理解错了
第一次算的是AO的。。。
需要算MO的
A:
[图片]
Q:
嗯嗯
也就是说对于RHF，可以放心的写0
A:
对
Q:
嗯嗯，cis,tdhf,tddft也是如此吗？
A:
基于闭壳层轨道构建的CSF用这些方法算的单重态激发态就是0，三重态激发态就是2
Q:
还是<sx><sy><sz>好算
ROHF的<S^2>运算是不是只有（Na-Nb）/2*（（Na-Nb）/2+1）
A:
ROHF没自旋污染，<S**2>就是理想值
----------------------------------------------------
2016.09.17 18:02:50
Q:
文献求助一下，谢谢！http://www.nature.com/nchem/journal/vaop/ncurrent/full/nchem.2550.html
文献已求到，谢谢！！
A:
to Score 求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.09.17 18:26:48
Q:
请问在g09可以得到 Transition Moments 麽？
谢谢冰释之川
请问Transition Moments 怎么得到 Oscillator Strengths ？
A:
式子里面都有
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.09.17 20:33:34
Q:
sob老师，cis每个激发态的<S**2>怎么算的
A:
闭壳层时就直接给理想值
基态是开壳层的时候就把<state_i|S^2|state_j>展开成一大堆<i|S^2|j>的权重加和，i、j是行列式。每个<i|S^2|j>就按照定义算，S^2算符的形式szabo书里有
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:00:18
Q:
请问NLMO指的是什么？
A:
自然定域化轨道
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:11:49
Q:
请问，优化到过渡态的原理是什么？
A:
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
Q:
这篇文章我早就看了。我再看一遍。
A:
看了没理解=没看
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:15:31
Q:
请教问题，我看到文献上可以用casscf的方法计算反应热，请问反应物和产物的原子个数不同，肯定要有不同的活化空间，怎么可以比较能量得到反应热？请大神们赐教！
A:
没特殊必要不要用CASSCF算反应热，没考虑动态相关算得不准，而且活性空间选择不好甚至结果定性都有问题
Q:
我算的过渡金属，用DFT反应物都有很严重的自旋污染，TS更是如此，所以想用CASSCF方法。
A:
DFT甭管自旋污染
Q:
文献上也是用casscf方法算的，我就纳闷了怎么用casscf算的反应热，明明产物和反应物的原则个数都变了。
A:
很多人老是瞎夸大自旋污染的危害性
UHF、UKS没自旋污染哪算得了双自由基
切勿盲从文献
过渡金属用B3LYP、BP86都好好的
CASSCF还不如这呢
Q:
但是，确实用DFT能找到高低两个能量的反应物，能量差10几个kJ,构型几乎一样，就是自旋本征函数不同。
A:
要想算准要么升一级到CASPT2、NEVPT2、MRMP2之类，要么老老实实用DFT
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:18:28
Q:
cis里面的f是怎么定义的？
A:
里面有计算f的式子
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
这是啥
A:
算出来跃迁偶极矩结合激发能一换算就完了
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:22:24
Q:
对于找过渡态，就需要初猜点在它附近含有且仅含有一个负本征值的范围内。并且这个范围内不能有其它同类驻点比目标结构距离初猜结构更近。
TS优化时，第一步就是要计算频率？
A:
是计算Hessian，不是算频率
Q:
计算Hessian能知道虚频的方向吗？
A:
能
Q:
嗯，明白了，谢谢老师。
那么，我得到一个过渡态初猜结构，先计算HESSIAN，看看是不是只有我想要的虚频，如果是，我继续TS优化，如果不是，就丢弃，别寻初猜结构。
这样做行吗？
另寻初猜
A:
没必要。
根本就不要求初猜只有一个虚频
你贴的那段话是最原始的牛顿法，现在量化程序找过渡态都是基于RFO之类改良版，没那个要求
这也正体现noeigen关键词的用处
----------------------------------------------------
2016.09.18 00:58:27
Q:
老师，请教个很初级的问题，都说CCSD(T)是金标准，那它跟CASPT2等多参考方法比哪个更准确、更耗时呢？
A:
看具体情况
体系静态特征强弱，以及活性空间大小
Q:
CCSD(T)对静态相关强的体系不是特别好吧，那这样看来多参考方法是不是更最稳健？既适用于动态相关体系又适用于静态相关体系
A:
静态相关中等的时候依然没问题。
很强的时候不理想。
多参考方法稳健是稳健，但静态相关不强的时候很难达到CCSD(T)的精度，而且活性空间选择不好结果烂，用起来很麻烦
还容易碰上不收敛
对很多体系、问题在有限的计算量下从原理上就很难或没法定义合适的活性空间，把价轨道全当活性空间万事大吉，但一般体系根本算不动。
Q:
如果把价轨道全当活性空间这种极限情况下，CCSD(T)和CASSCF比哪个计算量大？后者吗
A:
一般体系这种情况后者根本算都没法算，早就超过CASSCF能搞的上限了
相当于冻核的Full CI+轨道优化，可想而知
Q:
哦，那看来目前只有理论价值，没有实际应用价值。CASPT2比CASSCF计算量还要大许多吧
A:
大，但能接受
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2016.09.18 01:28:27
Q:
量化新手，请老师指点一下迷津：基础知识用哪一本书比较好，关于软件如何学习呢。非常想在本专业继续学习，谢谢各位老师！
A:
[图片]
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2016.09.18 03:20:24
Q:
[图片]请问，高斯可以用TZP这个基组吗？
我在网页上找到的，说是可以，可是我写成PBEPBE/TZV提示错误
我的是G09.D01
我的应该是基组不对
A:
看手册啊
Q:
我看网页说有TZP基组，但是到高斯官网，并没有找到这个基组
ADF里有
A:
没有就是没有，没法直接用，除非去拷定义用gen
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.09.18 03:32:12
Q:
老师，读取CPHF计算的gamma的输出文件时，是读取input orientation还是dipole orientation的分量？
A:
和实验比就后者
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2016.09.18 04:10:04
Q:
急求一本书，Quantum theory of atoms, molecules, and the solid state
A:
公社专用邮箱里就有
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2016.09.18 04:10:04
Q:
我搜过，没有@Sobereva
请问multiwfn有没有linux版本？
A:
为什么不自己进主页自己看
Q:
懒得不行
A:
没错！
Q:
以前印象是没有预先编译啊，现在看了请问这个 Excutable file for Linux: Multiwfn_3.3.8_bin_linux.zip 是什么平台？
A:
[图片]
[图片]
一试不就知道了
Q:
CentOS 6.2 和 7.0 能正常用
试试不会爆炸的。
/流汗
[表情]
[Emoticon]
A:
自测
1 不看手册
2 不google
3 不看英文
4 不肯尝试
5 不懂就问
Q:
不懂就问，是好事，但是前面的需要自己试试，然后再问
请问大家注册Intel学生版的parallel_studio_xe_2017.tgz的一般可以多长时间收到licence
谢谢，奇怪，都超过4小时了没收到，估计我哪里填错了
./Multiwfn
./Multiwfn: error while loading shared libraries: libiomp5.so: cannot open shared object file: No such file or directory
CentOS 6.5 报错，请问是什么原因？
A:
又没看手册，手册里2.1.2节写明了怎么配置linux版，刚才还截图了
Q:
太高深了，对于大部分人还是望而却步
好奇怪，在另一个服务器竟然就行得通了，明白哪里出问题了
A:
对不愿意稍微学习和看手册的人望而却步
Q:
这个CentOS 6.2 和 7.0 能正常用是有前提的
A:
安装系统时候把重要的库都选上，按照手册安装方式配置后立马能用
RHEL6/7、CentOS6/7、Ubuntu 12都很正常
Q:
大部分人遇到困难望而却步没啥不对的，都不却步就谁都能做科研了
看了老师的用Multiwfn画AdNDP的帖子，两天就赶出了所有需要的图，我觉得还是不认真，才做不出来
sob老师的5个不，我好像中了3个[Emoticon]，我应该闭书思过
主要是linux这个系统千差万别，不像windows那么统一，就是一个安装软件的过程都五花八门，令人眼花缭乱，大部分人都不是读计算机出身。因此造成很多问题。
是的，初学者会遇到很多问题
A:
谁都不是天生就会
Q:
linux遇到问题没什么，自己只要有足够的耐心在网上搜搜，多试试，一般都能解决
说实话，咱们这种研究也是一种实验，在计算机上做实验，只要多试试就行，而且这种实验，风险还小
作为开发者应该明白，当一个研究者只是需要里面一点内容，如静电势或者反应速率，却花了几个晚上去折腾安装，就很有挫折感（当然这里还算仔细，把windows版本也做好，但是其它开发者还是没有这样体贴读者）
[图片]
我就不明白了，这难在哪儿。无脑的把报错贴到Google里，无脑的打开第一个网页
[图片]
告诉你要将包含这个文件的目录加到LD_LIBRARY_PATH里，而Multiwfn根目录里自己就给你带了这个文件。
[图片]
这过程那里需要什么高智商操作了？就是懒
[图片]
我就不明白了，这难在哪儿。无脑的把报错贴到Google里，无脑的打开第一个网页
[图片]
告诉你要将包含这个文件的目录加到LD_LIBRARY_PATH里，而Multiwfn根目录里自己就给你带了这个文件。
[图片]
这过程那里需要什么高智商操作了？就是懒
A:
懒人就用windows版
非要用linux就得勤快点
Q:
实验风险包括时间耗费，足够耐心是对全职，如果一边做合成，一边做运算，就有些奢望了
A:
要抱怨就去抱怨开发linux的人
Q:
[图片]请不要黑边做全合成边做计算的
linux有些软件安装确实很麻烦
这一点ubuntu做的很好，能让初学者很快安装并上手
说实话，群里面各种水平的人都有，有些人在入门之前确实是一头雾水，想想自己以前也这样，只是希望希望初学者有足够的耐心，不要失去兴趣，也不要经不起各种打击
很佩服既做实验也做计算的
A:
我正想拿liyuanhe作为“又做实验又做计算的人不在少数”的例子
Q:
其实这个问题不是libiomp5.so，libiomp5.so报错只是表象，真正的原因是集群本身有问题，同样的操作我在单节点服务器就顺利结束。
建议新手搞个linux试验机自己去折腾去
你自己的机子能用只是装系统or其他场合有人帮你做了该做的事情而已
A:
弄个linux虚拟机，装好之后做个镜像，之后随意折腾，入门最快途经，脑子不笨的话照着网上的资料折腾俩礼拜把月就玩得很转了。
Q:
伤心啊！虚拟机上学习组集群，总有各种问题，很烦躁啊！
A:
没什么难弄的啊，比如：
Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
http://sobereva.com/47
Q:
话说咱几个在这说半天也没用，过些日子又会有新手出这种问题，然后大家再吐一通，如何避免这种状况，节省大家时间才是重要的
A:
如今时代和科研大环境所致，轻易改变不了
Q:
像前面这种库文件之类的小问题不应该耽误群主的宝贵时间
A:
大家积极回答就好了
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2016.09.18 04:10:04
Q:
到现在还是不习惯gnome3.0
笔记本上用虚拟机装了
确实坑爹
不过，我用ubuntu好像没事
windows 不是据说集成了Linux
内核
OA:
是的，新版的 Win10 集成了 ubuntu
Q:
把linux用成windows也有意思
OA:
不过只是一个 shell
Q:
娱乐（听歌，上网，看电影，打游戏），科研，办公（看看pdf,写word,做ppt）。完全用linux，
windows对我来说唯一的作用就是上qq
OA:
好奇，你在Linux上玩什么游戏？
Q:
dota
OA:
/偷笑/偷笑/偷笑
[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
Q:
其实我不玩游戏
OA:
有Linux版的了？
Q:
早就有了
支持游戏最好的是steamos
第二是ubuntu
OA:
我喜欢用mint
mint也很好用
Q:
那不行。。战网Linux登录不了
桌面话程度越高的linux我越喜欢
OA:
那你买[emoji]电脑
那你买电脑
Q:
苹果，/吐/吐/吐
别提苹果，我最讨厌了
白给都不要
A:
对
Q:
尤其是iphone，实在不理解喜欢苹果的人的心态
苹果笔记本用得闹心，装linux费劲，而且没有数字键盘
OA:
苹果为什么还要装 Linux ……
Q:
mac系统但是挺好看，但是用起来/吐/吐/吐
mac系统但是挺好看，但是用起来[表情][表情][表情]
mac系统但是挺好看，但是用起来[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
直接可以用的吧
IPhone 的确没什么意思，小米就挺好用的
苹果为啥大家那么喜欢？
OA:
还是华为好
Q:
我觉得7没啥改进
OA:
/调皮
Q:
设计都是炒旧饭
手机支持国产
[emoji]
手机支持国产。电脑支持intel
OA:
道听途说:AMD的存在就是为了防止Intel垄断… 据说每年Intel私下还补贴给AMD一笔钱
Q:
nvidia也给吧
OA:
农区日常翻身360度
农企的CPU太残废
高斯要出GPU版的不？
据说16有
GPU做双电子积分挺蛋疼的
Q:
为啥？GPU感觉很猛的啊
OA:
我是说写。。。不是说用
Q:
哦
OA:
用户当然感觉好，开发者蛋疼
GPU版的高斯还是值得期待一下了
我觉得是时候学学openmp了
Q:
我期望不高。。。。
OA:
为啥？
Q:
因为我用不到。。。
我那些计算量，i7的机子，4G内存，用2个节点，吃顿饭的功夫就算完了
OA:
MD在GPU的使用上走在QM前面了
MD的算法，对于QM。简直就不值一提
/偷笑/偷笑/偷笑
Q:
双电子积分这种恶心的东西，用GPU能把人整死
还有解析导数
尤其是耦合簇的/吐
尤其是耦合簇的[Emoticon]
二阶解析导数更没得说了。。。
之前不是有一个GPU的量化软件吗
不晓得效果如何
sob老师测过
A:
首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试
http://sobereva.com/137
Q:
貌似没有那么神奇
好像后面就没有下文了
A:
数年前热炒过一阵GPU计算，现在普遍清醒了
Q:
我师兄在做GPU，难度和效果他知道的很清楚。。。
gaussian做sp轨道的双电子积分真是快的不得了
sob觉得GPU计算不靠谱？
A:
没这么说过
Q:
还是能有提升，就是做起来真的很难
/偷笑
A:
只是甭指望GPU能用于广泛加速各方面量化计算
Q:
期待编程小书
OA:
以后有钱招人专门写程序/憨笑
Q:
同样期待
OA:
不是美国有个牛人就是专门招人写程序嘛
说实话，我就是觉得编程花费低
[图片]
Q:
不过，貌似sob老师写的我很多都写上了/呲牙，不过肯定有不少补充的地方
[图片]
计算还要好电脑
OA:
哂笑你们
Q:
anton那个机器就是他们好的
OA:
编程就普通电脑就可以了
只要运算结果与商用软件差不多
Q:
编程是花费低，但是，过程有多蛋疼只有自己知道。。。。
OA:
表示程序正确？
Q:
写出来不难，写快就难度大了
OA:
我的程序的结果都能和高斯对上
就是速度慢，占用资源高
优化是个技术活
Q:
优化很麻烦
比作对结果麻烦多了
有无数的坑等着填
OA:
天天填天坑/发呆
Q:
话说，程序员一大把，他们要是写量化程序的话那国产量化程序就有希望了/偷笑
有开始写代码，就有希望
好！威武！有希望了！
OA:
据说国内有在做这个
不知道真的假的
Q:
GPU计算吗
A:
就是PWmat，据说基于pwscf做的，扩展到支持GPU
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2016.09.18 05:31:03
Q:
请问根据配分函数计算反应速率常数，各项配分函数是如何得到的？我看到您之前有帖子说是有些软件可以，但一般都是Gaussian等软件的后处理，像vasp等软件可以算么？
A:
式子在文档里很详细
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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2016.09.18 06:14:13
Q:
请问老师在vmd里画完的分子表面静电势图中怎样仅显示分子结构？
A:
显示方式界面里把对应表面顶点的representation关掉（双击之）
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2016.09.18 17:14:12
Q:
各位老师，分析ELF的时候，有过渡金属，d轨道该如何定义呢？
A:
定义什么？干嘛要定义？
Q:
就是处理wfn文件，如果分析pi，相应的轨道定义为2，sigma定义为0
[图片]就是这个
A:
你就想留着d对ELF的贡献？忽视其它所有GTF？
Q:
不是，是想看sigma和pi的分布情况，可是这次有过渡金属，不知道该怎么办了/冷汗
A:
和过渡金属有什么关系
有没有都一样
只要是纯平面的就都用相同方式来分离
Q:
我觉得有关系，我必须先看CMO对应的是pi还是sigma，然后才能做ELF的输入文件。那d轨道都不属于这两个类型呢
A:
没关系
一看在分子平面有没有节面就完了
d不可能不能这么区分
Q:
您看，是这样，[图片]我有8个轨道，55,56,57为d轨道
[图片]像wfn文件，这个NO是等于2还是0？
A:
很明显55、57是pi轨道，怎么是d轨道
即便有d基函数参与依然是明显的pi特征
Q:
那56号轨道呢？
A:
单中心的，没有任何离域性，考不考虑无所谓。可以sigma和pi都不算
Q:
[图片]文献中就这么认为的，然后我自己做的CMO
我估摸的55,56,57是d轨道
A:
明摆着55、57不是
又不是只由d贡献
Q:
可是文献中就是这样报道的/冷汗
Angew上的
A:
你贴的文献中哪这么写了？
甭盲从文献
否则必掉坑里
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2016.09.18 17:45:33
Q:
我一直没弄明白homo-1.-2这些能看出什么?_?那位讲一下课
A:
没前提的话什么也看不出来
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2016.09.18 17:47:52
Q:
请教一个问题现在在用TDDFT优化S1态的过渡态考虑了溶剂效应现在的问题是吸收的那个地方肯定是用的非平衡化然后S1态构型用的是平衡化溶剂那么优化过渡态应该用什么溶剂化呢然后基态构型下的S1态的吉布斯自由能怎么考虑呢谢谢
A:
用平衡溶剂，而且高斯里优化激发态也只能用平衡溶剂
你在S1结构下做激发态freq就完了
----------------------------------------------------
2016.09.18 17:53:07
Q:
sob，找到这本书了吗，Quantum theory of atoms, molecules, and the solid state，/抓狂/抓狂/抓狂@Sobereva
A:
google、ebookee上搜搜，没有就说明根本没有电子版
Q:
有
[图片]
但是，我没帐号
A:
那是套
交了钱也没有
Q:
谁有ebookee帐号（http://ebookee.org/），可否帮忙下载下Quantum theory of atoms, molecules, and the solid state
[图片]
[图片]，谢谢
A:
都说了，这是假的
----------------------------------------------------
2016.09.18 17:59:39
Q:
谁帮忙看下优化质子的结构总出错
%mem=1000mb
%chk=H-optx
%rwf=H-optx
#p B3LYP/aug-cc-pVDZ Maxdisk=40GB Pseudo=read opt
scf=(direct, tight) scfcyc=300 nosymm
H+
1 1
H 0.000 0.000 0.001
MOs to be used but not provided to CalDFT.
Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l502.exe at Sun Sep 18 09:56:23 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 6.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
单个原子优化个毛
Q:
/抠鼻
A:
最基本的理论知识都不懂
Q:
我想算质子的频率
算他的E啊
A:
原子哪来的频率
好好补点基础知识
Q:
哦
A:
算电子能量算个单点就完了
Q:
什么意思 @Sobereva
A:
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
----------------------------------------------------
2016.09.18 18:21:23
Q:
Sob大侠，请问计算3000K下的反应途径，处理方法、程序等有什么建议吗？
A:
什么体系？
Q:
小的有机分子，热分解
A:
严格点就从头算动力学，也省得找TS、IRC
静态地研究就变分过渡态理论
Q:
嗯，谢谢。请问什么程序比较合适？
A:
前者用高斯就行，后者polyrate
kisthelp易用点，但只支持最低级的变分过渡态理论（CVT）
Q:
好的，非常感谢！/呲牙
A:
另外dmol3跑BOMD很方便，速度快
----------------------------------------------------
2016.09.18 19:03:42
Q:
请教一下，通过分析分子表面静电势的极值，H原子接下来应该往哪走呢，也就是说编号为3的极大值应该跟哪个极小值结合呢[图片]
A:
如果是此分子自己形成二聚体，看哪个表面极小点最负
当前是跟N
Q:
不是形成二聚体，这个分子是个中间体，我是想要证明接下来的过渡态是T2b[图片]可以从哪个角度分析呢
A:
分析静电势没用
Q:
那可以分析什么呢老师/微笑
请问一下，怎么把这个蓝色的圈去掉，只剩下上边那个蓝点呢[图片]
A:
后处理界面有选项可以删极值点
----------------------------------------------------
2016.09.18 19:13:59
Q:
谁有ebookee帐号（http://ebookee.org/），可否帮忙下载下Quantum theory of atoms, molecules, and the solid state
[图片]
[图片]，谢谢
A:
看看和光谱有关的书
Q:
好，谢谢Sob老师！能大体告诉几个关键词吗？
A:
半科普的书《色彩与微观世界》
----------------------------------------------------
2016.09.18 19:44:48
Q:
请问下，我想求数值最大和最小值，不过输出并不是增加的，我应该怎样修改？
[图片]
A:
什么叫不是增加的？
求最大值直接用maxval(ESP)就完了
----------------------------------------------------
2016.09.18 19:44:48
Q:
请问：含CNOH的生物大分子，原子数在40+，用B3LYP优化之后，用MP2/6-311++g** 和ccsd/cc-pVDZ计算的单点能那个更可靠？
A:
都很烂
Q:
6-31++G** cc-pVDZ
538 408
A:
高斯的话，用DSD-PBEP86/def2TZVP或更好的cc-pVTZ
Q:
但是再大了算不动怎么办
A:
本身就算不动还乱加弥散
CCSD用cc-pVDZ就是搞笑
Q:
恩
这个了解
要是加到aug-cc-pVDZ呢
A:
MP2结果多半情况还不如B3LYP
完全划不来
干嘛老加弥散
没事甭加弥散甭加弥散甭加弥散
Q:
记住了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.18 21:10:52
Q:
[图片]基组是 mp2/6-31G(2df)，这个错误我应该怎么解决呢？
A:
用density关键词没有？
Q:
没有我这是算键序
A:
那结果和HF一样，何必用MP2
给重原子加这么多极化，氢原子一点极化没有，很不和谐
如果就要在HF下计算键级，用6-31G**再试
Q:
好的我试试谢谢老师
[图片]老师还是这个错
A:
贴完整关键词
Q:
# HF/6-31G** opt freq pop=nboread iop(5/13=1) scfcyc=300 iop(6/76=8)
A:
去掉 iop(5/13=1) scfcyc=300 iop(6/76=8)再说
Q:
好的
A:
要算键级直接用Multiwfn就完了
Q:
老师我是新手还不会用这个呢/难过
A:
永远都不要用iop(5/13=1) scfcyc=300
仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
Q:
好的谢谢老师
A:
不会就学，谁都不是天生就会，不学永远不会。
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
计算键级的例子手册4.9节有一堆
Q:
[图片]HF/6-31G** opt freq pop=nboread老师还是一样的错误，该怎么办啊？
A:
换NBO5或者6再试
也可能波函数不稳定，用stable关键词测测
Q:
[图片]HF/6-31G** opt freq pop=nboread老师还是一样的错误，该怎么办啊？
A:
Sobereva(190258442) 15:41:23
换NBO5或者6再试
也可能波函数不稳定，用stable关键词测测
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2016.09.18 21:31:10
Q:
@Sobereva老师您好，您好，我想比较下通过理论计算得出的一水草酸钙的热力学数据与用高斯软件得出的热力学数据的误差有多大，但是在理论计算时却造不出一水草酸钙、草酸钙、碳酸钙在298K的G、H、S以及这些物质的热容与温度的关系式，各种热力学手册、NIST都找了没有，您看能麻烦下帮我找下不，万分感谢。
A:
“通过理论计算得出的一水草酸钙的热力学数据与用高斯软件得出的热力学数据的误差”
前者怎么来的？
Q:
理论计算我还没算，我就是想先比较下，结果理论计算的时候却发现有些数找不到
A:
你理论计算不用高斯？高斯计算就是理论计算
理论计算=高斯等量化程序计算
Q:
我是说理论计算是用冶金物理化学上的方法计算热力学数据
A:
那哪叫理论计算
Q:
您等会，我截个图给您看下。
A:
直接用G4等热力学组合方法算就行了，几乎没什么误差
Q:
[图片]
就是这种方法
A:
这只是基于最基本的热力学原理进行计算而已
Q:
我老师让我去比较这2中方法法得到的热力学数据。您觉得那种方法比较准。
A:
你若有现成的精确测定的热力学数据，当然直接按热力学原理得到的准
Q:
我也是这样想的，可是用热力学原理的时候就缺少一些数，这些数在各种热力学手册和NIST上找不到，我想能麻烦下您能帮我找下。
A:
这是自己的事
----------------------------------------------------
2016.09.18 22:01:09
Q:
[图片]老师好，请问这里的excited state 1到6分别指什么
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.09.18 22:15:40
Q:
老师请问优化配合物结构，加入关键词opt=cartesian但是优化了十天了,L502还没结束，怎么办呢[图片]图中为我的输入文件
A:
看优化曲线
到底是SCF都做不动还是几何优化震荡先搞清楚
polar甭和opt freq写在一起，瞎搞
guess=save毫无意义
nosymm也纯属多余
没特殊必要也甭用xqc
----------------------------------------------------
2016.09.18 22:17:28
Q:
麻烦问一个问题 [图片]等式中G是几何优化得到能量，还是先几何优化再能量优化得到的能量啊？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.18 22:22:40
Q:
老师，VDE和VIP两者有什么区别吗？
A:
[图片]
Q:
受教了，VIP老师有相关说明吗？
A:
讲义上不就有
热力学量那部分
----------------------------------------------------
2016.09.18 23:15:29
Q:
咨询一下，我记得群里有个讨论稳定性的帖子来？找了找，没找到。知道的，能否给个链接，谢谢
A:
关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
----------------------------------------------------
2016.09.18 23:34:56
Q:
sob老师您好，我想做一下spin-up和spin-down分析，您有相关博文做具体的介绍吗？
A:
具体分析什么？想具体考察什么？
Q:
在TiO2（101）晶面上在有H的条件下吸附CO分子，发现在有H的条件下吸附增强，想考察一下电荷是如何转移的，曾做过差分电荷分析，知道电荷转移方向，只是还想进一步知道电荷的自旋方向
A:
就做个自旋密度图就完了
----------------------------------------------------
2016.09.18 23:40:13
Q:
我的是SCF做不动，然后加上了scf=qc,
A:
什么叫做不动？用QC时候只会耗时更高
换NBO5或者6再试
也可能波函数不稳定，用stable关键词测测
Q:
就是显示scf不收敛然后怕用scf=qc太浪费时间，所以加了scf=xqc
A:
解决不收敛的方法一大堆，用qc本来就是下策
Q:
加了scf=xqc倒是很快收敛了但是又出现其他问题然后加了opt=cartesian 重新算之后就一直停留在L502
内坐标出现Error in internal coordinate system 然后加了opt=cartesian
A:
怎么会停留在502，#P用了没有，迭代到多少次了？还走不走？
Q:
走了29圈，好多天了，没有变化，感觉不在走了
A:
29圈是SCF迭代圈数？
Q:
迭代29圈后
A:
卡在第29圈不动了？
Q:
恩
A:
重新算呗
Q:
停止后，重新开始？
A:
显然
早就超过一圈SCF时间了，等100年还在那里
Q:
老师，一般不需要nosymm来限制吗
A:
用nosymm想干嘛？
目的何在？限制什么？
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
如果任务自动停了，重算一遍，还不行就换个版本
Q:
老师，在问您一个问题polar甭和opt freq不能写在一起吗?如果是需要优化结果和偶极两个结果呢
A:
优化完了直接就给你最后结构下的偶极矩，polar是算（超）极化率的
----------------------------------------------------
2016.09.19 00:08:15
Q:
说到偶极，正好有一个疑问，在gaussian输出文件里面，偶极到底看哪里？
是看最后这儿这个
[图片]
还是前面偶极，四极八极那里。
[图片]
为什么会不一样……
A:
[图片]
[图片]
Q:
谢谢老师，前面那句话懂了，后面初始朝向下是什么意思？
A:
仔细看我那篇关于nosymm的博文，写了
----------------------------------------------------
2016.09.19 00:45:04
Q:
请问用KisThelp计算a+b=c的反应平衡常数Keq时，能否将低水平的能量值改为高水平的能量值
A:
可
Q:
请问老师是在相应的kinp文件中改就可以吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.19 00:45:36
Q:
sob老师我用gaussview做了一个esp面[图片]这样的显示看到正负电荷分开了是怎么回事呢？
density选择大了吗？
A:
本来就该这样
电荷和静电势是两码事
Q:
哦哦，可是老师我做的是ESP面，我想要这样的[图片]
A:
你就严格按帖子的步骤做啊
明显你用ESP而不是电子密度定义等值面
----------------------------------------------------
2016.09.19 01:15:05
Q:
请问一下各位老师同学，我计算一个有机单自由基在分子骨架上的自旋电子密度，选用基组ub3lyp/6-31++G可以吗？
A:
不可以
Q:
老师，这个基组为什么不可以呢
A:
没极化函数，还算个毛
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2016.09.19 01:20:23
Q:
老师，用prop epr关键词计算出来的结果如何分析啊？ Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System 这些怎么能求出最终的g-tensor？
A:
NMR计算会给出g张量
----------------------------------------------------
2016.09.19 02:08:41
Q:
请教各位大神一个问题，使用不同的方法计算团簇，对它的基态构型影响大吗？不同的方法是不是基态构型也会不同呢？/抠鼻谢谢大家。[emoji][emoji][emoji]
A:
会
大
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2016.09.19 02:21:23
Q:
请问有没有人计算过大分子和二氧化碳分子的相互作用力？该怎么算呢？
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2016.09.19 03:17:37
Q:
请问老师，比较两个基团的吸电子能力大小，采用NBO和计算EA值这两种方法哪一种方法会更好一点@Sobereva
A:
什么叫采用NBO
Q:
分析电荷分布情况
A:
都行
应该叫分析片段电荷，而不是非得用NBO
考察电荷分布用Multiwfn比NBO功能多多了
Q:
进行MO分析时，需不需要在优化的基础上进行NBO计算？
[图片][图片]老师分析这两个基团吸电子能力大小时，两种方法不相同，采用哪种方法更合理点呀
A:
MO和NBO八竿子打不着
干嘛老去往NBO上靠
Q:
那我再通过Multiwfn分析一下电荷分布情况吧
A:
片段电荷
Q:
那老师片段电荷和局部电荷分布相同吗
A:
什么叫局部电荷分布
片段电荷就是把某个区域诸如基团里的原子电荷相加
----------------------------------------------------
2016.09.19 03:24:47
Q:
计算时选择的基组不同，MO分析后的电子云分布差异会很大么？
A:
考察轨道形状用6-31G*、def2-SVP这样的足矣
基组越大，占据轨道形状越好，但超过一定程度时（尤其是加了弥散函数时）空轨道的化学意义会变得更差
----------------------------------------------------
2016.09.19 03:29:22
Q:
做个 NPA，然后用EXCEL 加一下
A:
在Multiwfn里布居分析功能中直接就可以定义片段，算完原子电荷直接就输出片段电荷了
对于形状比较复杂的体系，更可以借助gview方便的范围选择功能在atom selection里直接获取某个区域的编号并粘到Multiwfn里来定义片段
Q:
[图片]当初我都是从*,log 里提取NPA电荷到EXCEL。。没想到 multiwfn有这个功能呢
[图片] sob老师 NPA 电荷好像没有这个选项
A:
[图片]
3.3.9正式版有，这两天会传到主页上
----------------------------------------------------
2016.09.19 04:08:59
Q:
请问电荷密度图画出来显示原子数很少
怎么调参数呀
A:
贴图
Q:
求高手指导
[图片]
SmCo5 的
想得到类似这样的
A:
距离作图平面远的当然显示不出来
想充分显示就恰当定义作图平面
或者用等值面图
----------------------------------------------------
2016.09.19 04:16:15
Q:
谢谢老师期待加入NPA电荷的分析和片段电荷，不然用电子表格略麻烦
[表情]
A:
NPA电荷只能用NBO算
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2016.09.19 04:17:37
Q:
老师，用溶剂模型基于气相下的结构算了下单点，那做波函数分析，讨论诸如RDG、ELF、原子电荷、键级等，是用M05-2X/6-31G* SMD下的波函数文件还是用气相计算M06-2X/6-311G**下的波函数文件呢?
A:
都可以。对这几项用这两种级别结果没多大差异
----------------------------------------------------
2016.09.19 04:19:41
Q:
请问老师，用multiwfn中的mulliken电荷分析，分析TD-DFT的fchk文件吗？TD-DFT计算里已经加了Density
A:
光是TDDFT计算时加density没用，必须按照multiwfn手册第四章开头的说明，把TDDFT激发态自然轨道存到chk里，Multiwfn算出的mulliken电荷才对应于激发态的
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2016.09.19 05:00:02
Q:
[图片]请问下sob老师，反应焓、反应自由能、活化焓、活化自由能这四个名词的区别是什么呢
A:
反应焓：产物的焓减反应物的焓
活化焓：过渡态的焓减反应物的焓
对自由能定义类似
----------------------------------------------------
2016.09.19 05:23:07
Q:
那也就是说溶剂模型对体系电子结构的影响不大，是这样吗？
A:
我说的是两个理论和基组级别，不是用不用溶剂模型
对介电常数大的溶剂，用不用溶剂模型对溶质电子结构影响很大
Q:
水算是介电常数大的溶剂吗？
A:
当然是
Q:
那也就是说M052X/6-31G*级别的计算，加不加SMD（水溶剂情况），单点计算得到的波函数文件差别还是很大的?如果是这样的话，分析水溶液中的情况，更应该甚至必须用加了SMD关键词单点计算的波函数文件吧?@Sobereva
A:
当然
Q:
谢谢老师，溶剂模型是怎么改变体系波函数的呢?是以在哈密顿算符中加入了修正项的方式吗
A:
y
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2016.09.19 06:12:38
Q:
是的，很少数，纯计算其实需要学的基础比实验更多，但发文章却更吃亏
A:
不错
----------------------------------------------------
2016.09.19 06:35:53
Q:
Temperature dependence of pyro-phototronic effect on self-powered ZnO/perovskite heterostructured photodetectors求助文献
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.19 06:40:19
Q:
[图片]
[emoji]农企要翻身了吗
农企要翻身了吗
其实科研是十分奢侈的
到时候你就发一篇Sob的multiwfn那篇地位的文章，将来引用次数以万计的，里程碑文献
想想一个能高薪搞金融的人，就那那么点前搞量化代码，真是奢侈啊
我没那么厉害。。。
A:
脑子聪明搞什么都能风生水起
koopmans还得了1975年诺贝尔经济学奖
Q:
可是不是所有能脑子都聪明啊。。
OA:
勤奋能弥补一部分…
还是搞搞经济，学好数学
Q:
天才是0.99的勤奋，和0.01的智商
/强
OA:
可是没有那0.01，你1.00的努力也等于0
但是0.01的智商比0.99的勤奋重要
Q:
[图片]
[图片]
A:
>50%正确
Q:
不过有悟性的人学东西是快
好像杨振宁说过大陆科研人员的工资按现在的水平翻个八倍十倍左右，科研水平马上就上来。不过这个建议政府没听，但对大型对撞机的建议政府听了
A:
确切来说勤只能补一部分拙
----------------------------------------------------
2016.09.19 16:47:07
Q:
请问下sob老师，在优化异丙醇铝结构，输入关键字为：# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) empiricaldispersion=gd3 错误提示为[图片]这是怎么回事，该如何解决呢？
娃娃老师，在遇到不收敛问题时优先推荐sob老师博文中的哪个方法呢？
[图片]震荡了，且比较有艺术性
异丙醇铝34个原子，优化体系为异丙醇铝
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
末尾写了考虑顺序
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2016.09.19 18:00:46
Q:
[图片]为什么我产生了bond path之后画LAPLACAIN还是没有bond path在图上呢？
A:
先确保主功能2里面已经找出来了键径
如果确实已经找出来了，就是在平面图绘制时候操作有问题，或者键径离绘图平面太远
----------------------------------------------------
2016.09.19 18:06:38
Q:
请问想分析紫外和荧光是由哪个基团产生的，用Multiwfn可以吗？
A:
有主导的轨道对的时候直接看相应两个轨道图形就行，其它情况用multiwfn计算electron和hole分布，看分布在什么区域就知道了。
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2016.09.19 18:46:11
Q:
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
CalDSu: requested number of processors reduced to: 10 ShMem 1 Linda.
EnCoef did 3 forward-backward iterations
Logic error #1 in SortMO
请问各位大侠，这个错误是什么原因造成的？
这个计算已经自动终止，请问您的意思是目前还没有相关的错误解释，是吗？
A:
bug。换版本，或用不同关键词
----------------------------------------------------
2016.09.19 19:12:53
Q:
[图片]
为什么Th轨道贡献两个位置的不一样？
最上面的
分壳层的
A:
前头是Th各个基函数壳层的贡献，后头原子的贡献显然是壳层的加和
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