请教分子动力学问题

liy · 发表于 Post on 2017-7-6 20:36:07

我最近用Dmol3跑分子动力学，温度设置为300K，正常能垒在20kcal/mo以内才能自发运动，但是我算的最大能垒在40Kcal/mol左右，请教各位老师怎么会出现这种现象呢？

beyond · 发表于 Post on 2017-7-6 22:34:56

什么动力学？什么体系？什么能垒？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 05:50:45

不明白你的意思。动力学算不了能垒。你当前做动力学，为什么提及能垒？

liy · 发表于 Post on 2017-7-7 09:22:01

我在富勒烯球内放入了一个金属，想看常温下球内金属的运动情况，分子动力学的结果是金属在球内上下摆动，然后我找了一下运动过程的过渡态，做完IRC之后发现能垒在40kcal/mol左右，这么大的能量差在常温下不是不可以自由运动的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-7 12:51:08

liy 发表于 2017-7-7 09:22
我在富勒烯球内放入了一个金属，想看常温下球内金属的运动情况，分子动力学的结果是金属在球内上下摆动，然 ...

把上下摆动过程的能量提出来，绘制成距离-能量的曲线，看看是否真能达到40kcal/mol。可以把势能-动能-总能量曲线绘制出来对比讨论

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2018-1-5 10:29:20

sobereva 发表于 2017-7-7 05:50
不明白你的意思。动力学算不了能垒。你当前做动力学，为什么提及能垒？

老师，我在阅读一篇有关单原子Fe在石墨烯边缘吸附的文献时，作者在研究铁吸附在边缘某位点是否稳定时，疑似采用了动力学方法计算相邻位点之间的迁移能垒，这样是否合理？如果合理的话，是否说明了单原子Fe在armchair型边缘的稳定性？Non-equilibrium energy profile of single Fe atom on zigzag and armchair edges

Figure.S12.The energy profile obtained by reax-ff potentials(semi-classical),the dynamical diffusion barrier of Fe atom on armchair edge(red) is over five times of that on zigzag edge(black)

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-6 07:08:53

刘小英雄steven 发表于 2018-1-5 10:29
老师，我在阅读一篇有关单原子Fe在石墨烯边缘吸附的文献时，作者在研究铁吸附在边缘某位点是否稳定时， ...

这个不是做的动力学，而是做的IRC。然后基于势能曲线，讨论动力学扩散的难易，可以说明动力学稳定性

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