请问在gromacs中如何实现平底位置限制势能呢？

jase20 · 发表于 Post on 2017-7-26 16:14:54

本帖最后由 jase20 于 2017-7-26 16:17 编辑

关于平底位置限制势能具体请参见手册4.3.2.（如下图）
在该节的描述中提到了GROMACS是支持这样的势能的，可是该如何实现这个势能呢？在mdp控制选项里我似乎没有找到这一项。还是说需要在其他地方设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-7-27 09:48:36

moleculetype里设定

jase20 · 发表于 Post on 2017-7-27 15:36:25

sobereva 发表于 2017-7-27 09:48
moleculetype里设定

谢谢sob老师解答，请问格式该如何写呢？

比如说这是我之前的posre.itp，就直接按照那样的格式改写成如下的格式吗（以一个原子为例）？

（按照手册选g为2是圆柱的意思吗？）
atom type g r(nm) k
1 2 2 3 1000
如果是这样的话，我能不能自定义圆柱的轴心呢？ gmx有没有自带的工具可以生成这样的格式呢？

ruanyang · 发表于 Post on 2017-7-27 21:08:49

http://www.mpibpc.mpg.de/grubmueller/rotation

如果你的目标是做旋转的话可以试试这个

jase20 · 发表于 Post on 2017-7-28 13:19:34

ruanyang 发表于 2017-7-27 21:08
http://www.mpibpc.mpg.de/grubmueller/rotation

如果你的目标是做旋转的话可以试试这个

谢谢啦，虽然我不是想做旋转，但是这篇文章的确挺有意思的。就是公式都好复杂呀……看不懂…问一下，各位师兄师姐平时会推导这种复杂的公式吗…我感觉好多我都看不明白……

mol · 发表于 Post on 2018-1-8 20:31:48

jase20 发表于 2017-7-27 15:36
谢谢sob老师解答，请问格式该如何写呢？

比如说这是我之前的posre.itp，就直接按照那样的格式改写成如 ...

不知道你搞定没有，最近我也在做类似的东西，想让分子在管内指定位置沿着管子走

1900 · 发表于 Post on 2021-1-7 14:48:47

请问你解决了么？可以自动实现立场的修改么？

1900 · 发表于 Post on 2021-1-7 15:01:08

怎么指定轴的位置呀？？

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-5-10 11:16:12

sobereva 发表于 2017-7-27 09:48
moleculetype里设定

sob老师您好，我想请教一下您，关于这个平底势限制，我选择了在z轴方向上进行限制，这个r设置为0.5nm，在周期性边界条件存在的情况下是不是意味着在-0.5nm到0.5nm进行限制，如果我想将原子限制在0-0.5nm范围内是否需要关闭z轴方向上的周期性边界条件

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[GROMACS] 请问在gromacs中如何实现平底位置限制势能呢？