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[新手求助] 搜索弱相互作用过渡态的问题 |
发表于 Post on 2017-8-14 15:27:27
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北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！ 欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。 思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文） Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序） Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu |
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发表于 Post on 2017-8-14 16:30:59
楼主 Author
我使用genmer寻找二聚体的分子构象。最开始设置生成20个团簇数目，出现isostat-1，然后我把生成的cluster保存成traj.xyz，用molclus调用GAUSS产生isostat2，产生五个构型，如图三，我想找构型一二聚体之间形成的氢键弱相互作用到构型5形成的碳键弱相互作用，寻找不同相互作用之间过渡态。从genmer得到的结果来看，这二者存在过渡态吗？这种想法可行吗？