分子中部分原子的质心径向分布函数

yaochuang · 发表于 Post on 2017-10-13 08:53:39

请问各位老师，如何计算分子中部分原子的质心径向分布函数呢？

比如说我有100个分子的MD模拟体系，每一个分子由A和B两个部分组成（A-B），现在我想求解一下A部分质心的径向分布函数不知是否可以？

我做了如下尝试：建立所有分子中A部分的一个索引组文件index.ndx（包含100个分子中所有A部分的编号），然后利用 gmx rdf -s md.tpr -f md.xtc -b 8000 -e 10000 -pbc yes -selrpos mol_com -seltype mol_com -n index.ndx -o rdf-backbone.xvg 运行过程中选择A部分对应的group作为参考和计算组。
但是计算结构很奇怪，在很小的距离里面有非常大的值（0.1 nm左右，具有非常高的峰值），而且我将-selrpos 和-seltype中的参数换了个遍输出都没有变化。

所以我觉得肯定是什么地方出错了，还请各位老师帮助，谢谢大家！

wbn · 发表于 Post on 2017-10-13 10:44:08

本帖最后由 wbn 于 2017-10-13 10:47 编辑

我猜可以这么做（我自己没试过不保证work!)：重新写一个topolgy文件，把里面B部分原子质量定义为0，用原来的mdp和gro进行grompp得到一个tpr文件，再运行你上面的命令(ndx文件就不要了，直接选分子），但是用的是新做的tpr。不知道这样行不行

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-13 15:18:35

你那种写法有问题。
如果你用selection语句模式执行，应当用-ref和-sel设定参考组的定义。给你一些例子，是纯水体系，适当变通后用于你的体系

绘制O-O径向分布函数
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name OW"

绘制O-H径向分布函数
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "name OW" -sel "name HW1 HW2"

绘制水分子质心间的径向分布函数，以下两个等价
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "water" -sel "water" -seltype mol_com
gmx rdf -f prod.xtc -s prod.tpr -ref "res_com of resname SOL" -sel "res_com of resname SOL"

不需要设-selrpos

yaochuang · 发表于 Post on 2017-10-13 18:36:17

wbn 发表于 2017-10-13 10:44
我猜可以这么做（我自己没试过不保证work!)：重新写一个topolgy文件，把里面B部分原子质量定义为0，用原来 ...

谢谢！

yaochuang · 发表于 Post on 2017-10-13 18:36:36

sobereva 发表于 2017-10-13 15:18
你那种写法有问题。
如果你用selection语句模式执行，应当用-ref和-sel设定参考组的定义。给你一些例子， ...

谢谢sob老师！

ChunLinX · 发表于 Post on 2020-5-12 12:10:17

您好！请问您的问题解决了吗？可以请教一下解决方法吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-14 16:42:39

ChunLinX 发表于 2020-5-12 12:10
您好！请问您的问题解决了吗？可以请教一下解决方法吗？

仔细看别人的回帖

HJC · 发表于 Post on 2021-5-24 08:46:07

您好，请问我的体系内如果有两类分子（A和B），我将A分成三部分（A1，A2，A3），同理B也是三部分，怎么算A1-B1间的RDF呢？怎么得到A1，B1的虚拟质心？或者说还是手动找到对应的原子再去算RDF呀？

yaochuang · 发表于 Post on 2021-5-25 13:00:56

HJC 发表于 2021-5-24 08:46
您好，请问我的体系内如果有两类分子（A和B），我将A分成三部分（A1，A2，A3），同理B也是三部分，怎么算A1 ...

定义好分子中resname，按照3楼sob老师给的例子就可以实现。

HJC · 发表于 Post on 2021-5-26 10:06:44

yaochuang 发表于 2021-5-25 13:00
定义好分子中resname，按照3楼sob老师给的例子就可以实现。

感谢您的回答！

JoeyssaWang · 发表于 Post on 2023-8-10 22:26:36

您好，如果是体系内有100个X分子，将X分成三部分（A-D-A，分子内有两个相同的部分），怎么计算A-A间的RDF呢？

赵小壮 · 发表于 Post on 2023-8-11 15:38:02

JoeyssaWang 发表于 2023-8-10 22:26
您好，如果是体系内有100个X分子，将X分成三部分（A-D-A，分子内有两个相同的部分），怎么计算A-A间的RDF呢 ...

这不就跟水的H-H的RDF一模一样，用两重循环就可以了，gr(r) = N*(N-1)/V * <\sum_i \sum_j \delta(r-r_ij)>

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