请问有As这个元素的拟合力场参数文件吗？

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-27 23:31:34

我在gmx的力场文件夹下找了amber99和99sbildn的atomtype.atp，发现对As这个元素都没有相应的定义，想请问，有什么办法可以得到As的分子力场参数吗？或者说可以用同族元素的参数做一个近似呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-28 01:18:08

要求不高借个P的，至于更好的处理方式看具体情况。这么重的元素研究有机分子和生物分子的力场很少有定义

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-28 11:11:42

sobereva 发表于 2017-10-28 01:18
要求不高借个P的，至于更好的处理方式看具体情况。这么重的元素研究有机分子和生物分子的力场很少有定义

好的，谢谢sob老师

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-28 11:14:11

sobereva 发表于 2017-10-28 01:18
要求不高借个P的，至于更好的处理方式看具体情况。这么重的元素研究有机分子和生物分子的力场很少有定义

sob老师，请问对于As这个已经在第四周期的元素来说，在量化优化中可以用b3lyp/6-31g*来优化含它的小分子吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-28 12:30:13

jase20 发表于 2017-10-28 11:14
sob老师，请问对于As这个已经在第四周期的元素来说，在量化优化中可以用b3lyp/6-31g*来优化含它的小分子 ...

可以

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-30 13:17:27

sobereva 发表于 2017-10-28 12:30
可以

老师您好，突然想到了一个问题，As的vdw半径应该是比P要大很多的，那我在GMX里面定义的时候是在vdwradii.dat里面直接写As的范德华半径吗？vdw半径的增大会不会对As的LJ参数带来很大的影响呢？另外键结参数的话，也直接采用P的应该也可以吧？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-30 15:23:32

jase20 发表于 2017-10-30 13:17
老师您好，突然想到了一个问题，As的vdw半径应该是比P要大很多的，那我在GMX里面定义的时候是在vdwradii. ...

vdwradii.dat里设的半径和LJ参数是两码事。vdwradii.dat只会在某些gmx命令中被利用。
成键参数可以先套用P的，但如果发现情况不好，可以适当调调。比如平衡位置可以和量化优化过的对比来调整。

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