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[综合交流] 大分子sobMECP计算请教

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老师好,
我想计算大分子(130左右个原子数)的MECP应该具体怎么实施呢?我有看到博文http://sobereva.com/286,尝试例子后发现程序适合在主节点上交作业,适合算较小的体系,我如果要算大的体系的话,应该用大核数,怎样更改程序中的设置,实现队列作业呢?

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发表于 Post on 2017-12-6 13:19:02 | 只看该作者 Only view this author
sobMECP本身用不着做什么修改,只是根据实际情况,在提交方式上做恰当考虑就够了

本身sobMECP对于体系大小没有任何限制。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-6 15:21:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-6 13:19
sobMECP本身用不着做什么修改,只是根据实际情况,在提交方式上做恰当考虑就够了

本身sobMECP对于体系大 ...

嗯,是的,这就是我想表达的问题,可是不知道怎么实现这种提交方式?sob大人可不可以举个例子呢

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发表于 Post on 2017-12-6 17:43:35 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2017-12-6 15:21
嗯,是的,这就是我想表达的问题,可是不知道怎么实现这种提交方式?sob大人可不可以举个例子呢

我对提交相关的事不清楚,我跑计算的机子都是我自己的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-12-7 23:20:24 | 只看该作者 Only view this author
主节点一般是不提交计算任务的,有些系统设置会自动杀死在主节点运行超过几分钟的任务。我如果是你们机器的系统管理员,发现后就封你一个月不能用机器。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-8 14:58:47 | 只看该作者 Only view this author
wolfbing 发表于 2017-12-7 23:20
主节点一般是不提交计算任务的,有些系统设置会自动杀死在主节点运行超过几分钟的任务。我如果是你们机器的 ...

是啊,只敢算特别小的分子,这种大分子的只能交队列作业,所以发愁怎样改sobMECP这种程序设置成队列作业

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发表于 Post on 2019-8-18 01:14:53 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2017-12-8 14:58
是啊,只敢算特别小的分子,这种大分子的只能交队列作业,所以发愁怎样改sobMECP这种程序设置成队列作业

请问如何解决的?

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发表于 Post on 2019-8-18 09:38:41 | 只看该作者 Only view this author
三迩- 发表于 2019-8-18 01:14
请问如何解决的?

我觉得这个不难吧,你用你的脚本提交上去不就行了?知识运行fortran程序,
比如你把你提交高斯的脚本,改为相应sobmecp的执行的指令,就行吧,我就是这么干的
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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发表于 Post on 2019-8-26 15:34:12 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2019-8-18 09:38
我觉得这个不难吧,你用你的脚本提交上去不就行了?知识运行fortran程序,
比如你把你提交高斯的脚本, ...

你好,能详细举例说明一下么?你是怎么改提交高斯的脚本的?我学习一下,谢谢了!

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发表于 Post on 2022-11-24 17:24:08 | 只看该作者 Only view this author
wang7344412 发表于 2019-8-26 15:34
你好,能详细举例说明一下么?你是怎么改提交高斯的脚本的?我学习一下,谢谢了!

你好,你的问题解决了吗

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