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[Gaussian/gview] 16核128G内存一周能进行频率分析的上限是多少原子?

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各位老师,想请教一下16个核,128G的内存,一周内能进行频率分析的上限是多少原子?

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发表于 Post on 2017-12-13 11:11:50 | 只看该作者 Only view this author
要看方法和基组啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 11:13:35 | 只看该作者 Only view this author
xujian 发表于 2017-12-13 11:11
要看方法和基组啊

您好,就用B3LYP/6-31G*这种常见基组

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发表于 Post on 2017-12-13 11:21:19 | 只看该作者 Only view this author
两年前用B3LYP/6-31G**算过300原子体系的振动频率,都是C,O,N,S,Na,H等轻元素,16核用了大约一个月

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发表于 Post on 2017-12-13 13:52:52 | 只看该作者 Only view this author
跟具体CPU型号有很大关系。
B3LYP/6-31G*下建议不超过200原子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 14:52:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 13:52
跟具体CPU型号有很大关系。
B3LYP/6-31G*下建议不超过200原子

老师您好,审稿人让我根据玻尔兹曼分布计算不同吸附构型下的概率分布,看了您的帖子,说必须要准确计算吉布斯自由能才可以,我这个表面吸附的体系有将近220个原子(四十多个Ti原子),我可不可以直接和审稿人说明这种情况下计算频率分析不可能,因而无法准确计算吉布斯自由能以及概率分布呢?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2017-12-13 16:53:31 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-12-13 14:52
老师您好,审稿人让我根据玻尔兹曼分布计算不同吸附构型下的概率分布,看了您的帖子,说必须要准确计算吉 ...


能算的话还是尽量算一下,就算不准,也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布计算(横向对比时,自由能因素的影响很大程度抵消了)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 17:04:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 16:53
能算的话还是尽量算一下,就算不准,也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布 ...

好的,那我算一下,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 20:05:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 16:53
能算的话还是尽量算一下,就算不准,也比没有好。或者你就用电子能量近似作为自由能来做个玻尔兹曼分布 ...

老师,我查了一些文献,发现在使用玻尔兹曼计算概率分布的时候,基本都是小分子,是不是也是因为大体系能量计算不准确,因此很少从这个方面考虑的原因?

对于比较大的吸附体系(TiO2表面吸附有机分子,大概220个原子左右),电子能量相差5kcal/mol是不是可以认为相差很小了?

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发表于 Post on 2017-12-13 20:14:26 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-12-13 20:05
老师,我查了一些文献,发现在使用玻尔兹曼计算概率分布的时候,基本都是小分子,是不是也是因为大体系能 ...


1 一定程度是因为如此

2 5kcal/mol可不算小。按照波尔兹曼分布来看,这样的差异影响已经巨大了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 20:33:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 20:14
1 一定程度是因为如此

2 5kcal/mol可不算小。按照波尔兹曼分布来看,这样的差异影响已经巨大了。

是的老师,之前我一直以为电子能量差在几个kcal/mol是很小的,可以几乎认为相等,但是在使用玻尔兹曼公式的时候,零点几个kcal/mol的影响都很大
而我在计算不同吸附构型下的结合能时,大家就只相差1kcal/mol而已(电子能量相差5kcal/mol,在计算结合能的时候没有考虑形变能),根据结合能的大小来讲他们应该具有相似的稳定性,所以这样看我使用电子能量来计算概率分布是不合理的(5kcal/mol的差异概率分布几乎100%了),老师我这样理解是合理的吗?

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发表于 Post on 2017-12-13 20:48:28 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-12-13 20:33
是的老师,之前我一直以为电子能量差在几个kcal/mol是很小的,可以几乎认为相等,但是在使用玻尔兹曼公式 ...

你就用无限分离的表面团簇和分子作为参考,直接用整个结合过程的电子能量变化(体现了变形能在内)按照波尔兹曼分布来计算就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-12-13 20:54:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-13 20:48
你就用无限分离的表面团簇和分子作为参考,直接用整个结合过程的电子能量变化(体现了变形能在内)按照波 ...

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2018-1-1 10:38:03 | 只看该作者 Only view this author
sofia 发表于 2017-12-13 11:13
您好,就用B3LYP/6-31G*这种常见基组

常见也就是几十个原子吧,超过一百个估计你要等的焦心!

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发表于 Post on 2018-1-1 11:06:41 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2018-1-1 10:38
常见也就是几十个原子吧,超过一百个估计你要等的焦心!

最近用2*2696v3的36核机子,M062X/6-31G*算177个原子的体系的freq,G16 A.03 AVX2,花了5个半小时,供参考。
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