关于在gromacs中实现 vibration charge 的方法

ruanyang · 发表于 Post on 2015-2-18 18:36:00

各位老师新年快乐。在这里我想请教一个问题，我最近看到几篇关于 vibration charge的文章。关于这的文章主要是利用gromacs和NAMD实现的。我一开始以为是加电场的情况，后来仔细看了一下，他们是将 E（电场）和周期T，以及振幅A联合起来考虑：E=Acos(ωT+ψ) 进行设置的。在gromacs中有一个 Et的设置（和电场在一起的)但是目前gromacs还不支持，貌似是需要修改一下来实现！我想请教各位老师，这个应该怎样处理谢谢！

附上文献1）Electricity Resonance-Induced Fast Transport of Water through Nanochannels 2014 Nano Letters
2）A vibration-charge-induced unidirectional transport of water molecules in confined nanochannels 2012 Soft Matter
3）Water Transport through Carbon Nanotubes with the Radial Breathing Mode 2013 Physical Review Letters （这个是利用NAMD实现的）
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-18 20:56:31

Gromacs里那个选项只是整体加均匀电场，而前两篇中则是在适当位置放一个震荡的点电荷，这除了改代码来控制点电荷的运动外没有办法

ruanyang · 发表于 Post on 2015-2-18 22:47:50

请问Sob老师这个代码的修改很麻烦吗？？我对gromacs的文件架构不是很了解

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-19 00:12:35

只要摸清楚了代码结构，改起来应该不困难，用不了很多行。就是给指定的离子加上依赖于时间变量的额外受力就行了。
搜搜hacking gromacs能找到一些和程序结构有关的资料。

ruanyang · 发表于 Post on 2015-2-19 09:10:13

谢谢Sob老师的回答，请问一下科音提供这种修改代码的业务吗？？我和文章作者联系过，他是修改gromacs-4.5.5/src/mdlib 下的update.c 的程序，不知道科音做这方面的业务吗？
新年快乐

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-19 21:24:55

可以提供。这个研究着急么？修改代码本身不难但是把代码先读明白需要一定时间，四月初科音预计办量化培训班，需要很多时间准备，所以不敢确定在培训班之前有没有时间能弄完这事。

ruanyang · 发表于 Post on 2015-2-20 08:56:53

不急的，我还在摸索中！Sob老师你先忙量化班的事情吧！我量化班之后再和Sob老师你联系吧！

sobereva · 发表于 Post on 2015-2-20 15:15:16

ruanyang 发表于 2015-2-20 08:56
不急的，我还在摸索中！Sob老师你先忙量化班的事情吧！我量化班之后再和Sob老师你联系吧！

no problem

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