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[Gaussian/gview] CBS计算使用opt=Cartesian 依然出现了Error in internal coordinate system

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本帖最后由 SongChao 于 2018-1-14 15:27 编辑

我用DFT方法计算得到了一个四个原子小分子的过渡态,经过IRC检查没问题。想用CBS-QB3方法计算能量。使用的关键词是
  1. # opt=(ts,calcfc,cartesian) cbs-qb3
复制代码


使用opt=Cartesian没能解决。给出的错误是:
  1. Error in internal coordinate system.
复制代码

我尝试过把calcfc改成calcall依然没用。

我想过用加dummy atom的方法解决,稍微差了一下资料,感觉dummy atom是用来解决键角=180度的问题的。
但是我的四个原子是平面结构,优化过程中貌似也没有出现180的键角,请教一下这个问题应该怎样解决呢?


(我上传了出错的输出文件 cbsts3.log (55.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 26) )

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发表于 Post on 2018-1-14 22:30:25 | 只看该作者 Only view this author
先使用与CBS-QB3相同的几何优化级别找到过渡态,用此结构作为初始结构算CBS-QB3再试。
顺带一提,这种电子结构复杂的体系用常规热力学组合方法很危险。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 10:01:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-14 22:30
先使用与CBS-QB3相同的几何优化级别找到过渡态,用此结构作为初始结构算CBS-QB3再试。
顺带一提,这种电子 ...

感谢您的回复,
我之前用b3lyp方法的过渡态出的错误。现在改成了mp2的过渡态进行cbs计算,依然在相同的位置出错。我需要改用更高级的微扰方法优化过渡态结构吗?

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发表于 Post on 2018-1-15 10:16:11 | 只看该作者 Only view this author
SongChao 发表于 2018-1-15 10:01
感谢您的回复,
我之前用b3lyp方法的过渡态出的错误。现在改成了mp2的过渡态进行cbs计算,依然在相同的 ...


见什么错误就按什么方式解决就完了
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
不要用MP2,徒劳无益
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 13:03:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-15 10:16
见什么错误就按什么方式解决就完了
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

抱歉我没表达清楚,我的过渡态优化都没问题,把不同方法几何优化结果做CBS-QB3计算时按照这个帖子的修改方法加上了Opt=Cartesian依然给出内坐标出错的提示
您建议用和CBS相同几何优化级别,我不太清楚哪些方法和CBS-QB3是相同几何级别的,所以想问一下用什么方法优化几何结果进行CBS计算比较好。
另外想问一下“危险”的意思是结果可能不准确吗,还是对计算机的负荷会很大?

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发表于 Post on 2018-1-15 13:14:38 | 只看该作者 Only view this author
SongChao 发表于 2018-1-15 13:03
抱歉我没表达清楚,我的过渡态优化都没问题,把不同方法几何优化结果做CBS-QB3计算时按照这个帖子的修改 ...

你看一下CBS-QB3原文就知道此方法是用什么级别做的几何优化
如果你一开始提供的几何结构本身就已经是在这个级别下优化过的,那么CBS-QB3自动优化也就一两步就收敛了,就干后续的事了,就不至于出现内坐标错误之类问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-15 14:52:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-15 13:14
你看一下CBS-QB3原文就知道此方法是用什么级别做的几何优化
如果你一开始提供的几何结构本身就已经是在 ...

我把出错那部分的方法和基组拿出来单独优化,还是相同的错误。
我换用Gaussian09 D.01版之后正常结束了。
所有计算都不会出现内坐标出错的问题了。
我觉得应该是G09 A.01版的bug

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发表于 Post on 2018-1-15 18:15:24 | 只看该作者 Only view this author
SongChao 发表于 2018-1-15 14:52
我把出错那部分的方法和基组拿出来单独优化,还是相同的错误。
我换用Gaussian09 D.01版之后正常结束了 ...

就是bug
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