动力学模拟时拓扑文件不能被读取

chuxuezhe · 发表于 Post on 2018-3-14 11:19:08

各位老师好：
我初学Gromacs，需要研究不同乙醇浓度对蛋白质空间结构的影响。已经完成建模，能量最小化和限制动力学模拟。生成最终tpr文件提交工作之前，想在自己的虚拟机上运行下，
输入： gmx grompp -f md.mdp -c md.gro -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 10
产生：WARNING 1 [file md.mdp]: Removing the rotation around the center of mass in a periodic system
WARNING 2 [file md.mdp]: Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.
生成了tpr文件。
再输入：gmx mdrun -v -deffnm test
系统提示：Error in user input:
Invalid input values
In option s
Required option was not provided, and the default file 'topol' does not exist or is not accessible.
The following extensions were tried to complete the file name: .tpr
但是top文件存在，且能够被正常打开。
不知道那里出错了，请各位老师指导。
谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2018-3-14 12:18:33

gmx mdrun -v -deffnm test意味着mdrun用的输入输出文件的名字都是test，即当前目录下得有test.tpr。这跟拓扑文件没关系

chuxuezhe · 发表于 Post on 2018-3-14 21:41:01

问题已经解决了，我之前的理解mdrun会运行tpr文件，然后将所有生成文件命名为deffnm指定的文件名。
谢谢Sob老师。

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-14 11:12:09

本帖最后由 xxzj 于 2021-7-14 11:13 编辑

sobereva 发表于 2018-3-14 12:18
gmx mdrun -v -deffnm test意味着mdrun用的输入输出文件的名字都是test，即当前目录下得有test.tpr。这跟拓 ...

老师，想请教一个关于动力学模拟后，构型挑选的问题，看文献中的图，从众多堆积的分子中仅选择了一种堆积模式，所以想请问老师这个是如何确定的呢，还是需要继续计算哪些？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-14 16:12:05

xxzj 发表于 2021-7-14 11:12
老师，想请教一个关于动力学模拟后，构型挑选的问题，看文献中的图，从众多堆积的分子中仅选择了一种堆积 ...

当前问题和主贴无关，不要借楼问无关问题

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