在计算S0→T1的重组能遇到一些问题

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-27 09:19:39

本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 09:21 编辑

老师，您好，我是一个在量化方面的新手，有一些基础的问题想要咨询您，在之前我看到了您写的关于重组能计算的文章，在第二部分中S0→T1的重组能计算，对E3的计算不是很明白，以下为我的理解，希望老师帮忙指正：
                                                                                    E1的能量为S0结构优化好的计算单点能；
                                                                                    E2的能量为S0结构垂直激发的能量，在E1的输入文件中加入TD（triplet，root=1，nstates=10）输出文件为所得E2；
                                                                                    E4的能量为0 3优化后的T1结构计算单点能；
老师，请问以上我的这个理解对吗？但是E3的输入文件应该怎么写呢？怎么计算这一部分的重组能呢？若说得有不对的地方，请您见谅，谢谢老师。

三石草祭 · 发表于 Post on 2018-4-27 16:05:49

E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-27 17:07:07

本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 17:10 编辑

三石草祭发表于 2018-4-27 16:05
E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

好的，谢谢您。另外，还有一个问题想要请教您，我在老师发过的用DUSHIN进行重组能分解过程中，按照步骤将P改为大写，但是在程序的输出文件显示为空白，而exe程序点开一下就关了，这是为什么呢？是我哪里写错了吗？我应该怎么调整呢？点开以后就是这样的

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-27 17:24:01

三石草祭发表于 2018-4-27 16:05
E1,E2,E4的能量计算个人感觉没有问题，E3的计算可以基于T1的构型，用0 1的方式做一下单点计算。

谢谢您，我想请教一个问题，我在老师发过的一篇文章用DUSHIN分解重组能，按照步骤做的，但是为什么输出结果确实空白的呢？点开dushin.exe就马上自动关掉了，这是为什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-27 17:26:28

E2和E4，计算能量的方式应当一样。不应当E4用UDFT算，而E2用TDDFT算。
当前情况，E2应当在S0结构下取0 3的能量。

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-27 18:05:25

sobereva 发表于 2018-4-27 17:26
E2和E4，计算能量的方式应当一样。不应当E4用UDFT算，而E2用TDDFT算。
当前情况，E2应当在S0结构下取0 3的 ...

好的，老师，我一会把输入文件改一下。还有一个问题想要请教您，按照您文章提到的，我将s0 freq与T1 freq的log文件，将相应的chk文件转化为fchk文件了，并且只改了其文件夹下面的dushin.dat文件里的文件名，但是点开dushin.exe之后就马上自动退出，输出文件也是空白，这是为什么呢？望老师指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2018-4-27 18:30:49

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-27 18:05
好的，老师，我一会把输入文件改一下。还有一个问题想要请教您，按照您文章提到的，我将s0 freq与T1 freq ...

先重复博文里的例子确认步骤正确

先打开命令行再运行dushin，即便出错了也不会自动关闭窗口，便于通过提示了解原因

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-27 20:49:52

本帖最后由胖嘟嘟123 于 2018-4-27 20:52 编辑

sobereva 发表于 2018-4-27 18:30
先重复博文里的例子确认步骤正确

先打开命令行再运行dushin，即便出错了也不会自动关闭窗口，便于通过 ...

老师，不好意思，还得麻烦您给我讲一下，我刚刚重复了博文里的例子，可以正常运行，可是我的分子放进去就不行。您帮我看一下是哪里出了问题呗。C:\Users\lili\Desktop\HGCLPNJ9T8_{NZJB%)`1HHS.jpg这个是dushin运行的输入文件

，我是这么写的。
这个是我的输出文件

C:\Users\lili\Desktop\(0{_}(HEU7FGD14ZT2QJ_8L.png
这个是运算过程的输出

C:\Users\lili\Desktop\CT)M{1PNX8E@L)CJ8MV_@~A.png

三石草祭 · 发表于 Post on 2018-4-28 08:35:06

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-27 20:49
老师，不好意思，还得麻烦您给我讲一下，我刚刚重复了博文里的例子，可以正常运行，可是我的分子放进去 ...

在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-28 12:05:52

三石草祭发表于 2018-4-28 08:35
在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

我的这个有过渡元素，所以是混合基组，用的就是b3lyp的，然后运算出现了这种状况，我就不知道应该怎么解决了

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-28 15:24:04

三石草祭发表于 2018-4-28 08:35
在计算时采用的何种泛函呢，dushin可能不识别某些泛函，因此需要手动把泛函调整下，比如修改成b3lyp

老师，dushin是不支持gaussian16吗？

三石草祭 · 发表于 Post on 2018-4-29 05:41:34

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-28 15:24
老师，dushin是不支持gaussian16吗？

有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-29 14:54:59

三石草祭发表于 2018-4-29 05:41
有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

老师，问题解决啦，谢谢老师

胖嘟嘟123 · 发表于 Post on 2018-4-29 21:44:48

三石草祭发表于 2018-4-29 05:41
有这种可能性，用sed命令把16换成09试一下

老师，还得打扰您一下，请问输出这个是什么原因呢？我的体系之前算的两个都没有这个情况，这个是什么错误呢？
UNMAPPED #2 atom          1       77
TRYING LOCATION ONLY--- READ IN ORDER
forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 5, file /home/rd14/G16-dushin/dushin_v0.2018/bin/dushin.dat
Image             PC             Routine          Line       Source
dushin          0000000000452646  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000475147  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          00000000004733A5  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000430B8B  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          000000000040411D  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          000000000040302E  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003A8381ED1D  Unknown             Unknown  Unknown
dushin          0000000000402F39  Unknown             Unknown  Unknown

三石草祭 · 发表于 Post on 2018-4-30 13:12:51

胖嘟嘟123 发表于 2018-4-29 21:44
老师，还得打扰您一下，请问输出这个是什么原因呢？我的体系之前算的两个都没有这个情况，这个是什么错 ...

这个问题我还真不清楚，你可以把你的输入文件上传下，看看论坛的大牛能不能帮你解决

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