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[CP2K] CP2K计算的电荷问题请教

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本帖最后由 Jerry_Fan 于 2025-3-31 17:40 编辑

    各位老师好,学生是cp2k初学者,最近在进行硅酸三钙和水界面结构的AIMD模拟,经历了下面几个步骤:
    初始结构是根据实验XRD数据建模的,然后使用dspaw进行了结构优化,之后切面并且在C3S上方添加水分子。
    (1)首先我进行了C3S+H2O结构的AIMD模拟,总共进行了5ps的尝试,inp文件已经上传(附件1-5ps AIMD的inp)。我在单节点128核心的超算上计算了52个小时合理吗(题外话,282原子)?
    (2)使用(1)中输出的最后一步的1-W58-C0-opt-1_10000.restart文件结构作为初始结构,进行单点能计算。因为一直使用OT算法,因此在单点能计算过程中采用社长大大的方法,首先使用OT算法计算一次单点(附件2-OT单点计算inp),并且从aimd输出的1-W58-C0-opt-RESTART.wfn文件中读取波函数进行初始猜想;然后使用了使用相同的设置,采用对角化算法并且从OT输出的1-W58-C0-ener-RESTART.wfn 作为初始波函数猜想再次进行了一次单点计算(附件3-DIAGONAL单点计算inp),一并输出了电子密度.cube和波函数分析.molden文件,设置计算了20个空轨道。
    之后,我查看最后一次单点计算的电荷信息,部分Mulliken和Hirshfeld电荷信息如图1-DIAGONAL单点的部分Mulliken电荷、2-DIAGONAL单点的部分Hirshfeld电荷所示(out文件太大了)。我不是很明白为什么这计算的净电荷是相反的呢?而且他们计算的数值都比我在其他文献中看到的要小(图3-文献中的Bader电荷),比如Ca2+一般在1.5-2左右;
    因此,我按照社长的方法,使用保存的.molden文件进行了盆分析,然后获得了bader电荷(附件4-计算的bader电荷信息),我查看结构似乎最大的积分都达不到8,也就是说Ca的电荷超过2,与文件偏差也有点(这个盆分析花了时间很久,这合理吗?第一次输出时候写了 Integrating basins took up wall clock time -78624 s);
    接着,我又计算了CM5电荷,我把Ca离子部分的电荷截图下来(图4-计算的部分CM5电荷),这个值好像又差别很大。
    我实在是懵了,我认为结构应该是没什么问题的,可能是有细微的差别,但我觉得应该不会影响这么大。请各位大佬棒棒忙,我完全get不到想法,也不知道怎么进行下一步了。



202503311740224510..png (142.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

4-计算的部分CM5电荷

4-计算的部分CM5电荷

202503311605413703..png (78.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

3-文献中的Bader电荷

3-文献中的Bader电荷

202503311602484422..png (33.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2-DIAGONAL单点的部分Hirshfeld电荷

2-DIAGONAL单点的部分Hirshfeld电荷

202503311601213441..png (45.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

1-DIAGONAL单点的部分Mulliken电荷

1-DIAGONAL单点的部分Mulliken电荷

bader.txt

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4-计算的bader电荷信息

1-W58-C0-ener-dos.inp

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3-DIAGONAL单点计算inp

1-W58-C0-ener.inp

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2-OT单点计算inp

1-W58-C0-opt.inp

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1-5ps AIMD的inp

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2#
发表于 Post on 2025-4-1 01:05:23 | 只看该作者 Only view this author
认真把此文看了了解原子电荷的常识以及不同原子电荷的差异性
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html
Hirshfeld和AIM电荷对比毫无意义,前者是数量级几乎最小的原子电荷,而后者是几乎最大的,上文里的对比非常清楚地展现了这一点,下文也提到了
使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷
http://sobereva.com/712http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html

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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-1 21:39:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Jerry_Fan 于 2025-4-1 22:10 编辑
sobereva 发表于 2025-4-1 01:05
认真把此文看了了解原子电荷的常识以及不同原子电荷的差异性
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文 ...

谢谢老师回复,我再了解学习。但是现在我使用.molden在multiwfn中计算的hirshfeld电荷(图2)和cp2k自己输出的hirshfeld电荷(图1)不同是什么原因呢?

202504012208109528..png (47.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

图2-Multiwfn计算的Hirshfeld电荷

图2-Multiwfn计算的Hirshfeld电荷

202504012205521552..png (29.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

图1-CP2K输出的Hirshfeld电荷

图1-CP2K输出的Hirshfeld电荷

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