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楼主 Author: exity
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[Gaussian/gview] 使用WSL(Windows subsystem for linux)在win10系统下用Linux版“搞死”做计算

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发表于 Post on 2020-3-18 18:17:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 pika02 于 2020-3-18 18:20 编辑
snljty 发表于 2020-2-29 14:07
再装个虚拟桌面比如xming,然后.bashrc里面加一句export DISPLAY=:0,之后GaussView,UltraEdit之类的也都 ...
Ubuntu子系统中缺少libGLU.so.1、libfreetype.so.6、libXrender.so.1、libfontconfig.so.1、libSM.so.6,需要安装:

  1. sudo apt install libglu1-mesa libfreetype6 libxrender-dev libfontconfig libsm6
复制代码

来源https://zhuanlan.zhihu.com/p/38170085

我装的是VcXsrv,试了一下,多窗口模式,取消Native opengl,gview跑起来了

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发表于 Post on 2020-4-5 12:39:37 | 只看该作者 Only view this author
您好!请问装完后把gjf放进mywslfiles中,打开Ubuntu输入g09 < a.gjf > a.out总提示 No such file or directory,请问是怎么回事?谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 06:49:03 | 只看该作者 Only view this author
zhoutao2011 发表于 2020-4-5 12:39
您好!请问装完后把gjf放进mywslfiles中,打开Ubuntu输入g09 < a.gjf > a.out总提示 No such file or direc ...

cd到 /mnt/c/mywslfile这个文件夹下了吗?
如果没有就是这个问题,可能需要补充一点最基础的linux知识。

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发表于 Post on 2020-4-6 13:05:30 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2020-4-6 06:49
cd到 /mnt/c/mywslfile这个文件夹下了吗?
如果没有就是这个问题,可能需要补充一点最基础的linux知识。

是的,已经转移到用户目录运行了,谢谢你

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发表于 Post on 2020-8-11 09:31:32 | 只看该作者 Only view this author
请问,直接从microsoft store安装的话,虚拟系统是默认安装在C盘吗?scratch临时文件夹也在C盘吗?如果想用其他的盘,要怎么操作?

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发表于 Post on 2020-8-11 09:35:45 | 只看该作者 Only view this author
comboy2008 发表于 2020-2-29 13:00
用WSL比虚拟机运行linux有优势。我原来在群里发过测试,运行test0397.gjf的测试。wsl没有图像界面,确实比v ...

把图形界面关闭了就得了,
然后都是字符界面,
有什么区别。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-11 09:52:54 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-8-11 09:31
请问,直接从microsoft store安装的话,虚拟系统是默认安装在C盘吗?scratch临时文件夹也在C盘吗?如果想用 ...

WSL挂载都在/mnt下,自己随意喽。

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发表于 Post on 2020-8-11 10:08:21 | 只看该作者 Only view this author
exity 发表于 2020-8-11 09:52
WSL挂载都在/mnt下,自己随意喽。

谢谢解答,如果我想把scratch文件夹放在F盘,是不是直接环境变量设置成:
export GAUSS_SCRDIR=/mnt/f/scratch
就可以了?

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发表于 Post on 2020-8-11 10:14:17 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-8-11 10:08
谢谢解答,如果我想把scratch文件夹放在F盘,是不是直接环境变量设置成:
export GAUSS_SCRDIR=/mnt/f/s ...

对的

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发表于 Post on 2020-8-11 10:53:53 | 只看该作者 Only view this author

明白了,感谢解答。

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发表于 Post on 2020-8-16 16:28:58 | 只看该作者 Only view this author
楼主好,按照您帖子的教程,我配置了WSL,满怀希望地试算了两个体系(一个大体系、一个小体系),并和windows版的做了对比,结果发现WSL比windows版本计算速度还要慢,有点懵,怀疑是自己哪里没搞对。以下是两个测试任务的具体信息:

1. 计算丙烷的单点能(11个原子)。

WSL关键词:
%mem=100GB
%chk=22.chk
%nprocshared=36
#p b3lyp/def2tzvp

所用时间:Elapsed time:       0 days  0 hours  4 minutes 39.9 seconds.

Windows关键词:
%mem=100GB
%chk=D:\WSL\Gaussian\22-1.chk
%nprocshared=36
#p b3lyp def2tzvp

所用时间:Elapsed time:       0 days  0 hours  4 minutes  0.8 seconds.

Windows版本比WSL快了14%左右。

2. 计算一种MOF结构的单点能(182个原子)

WSL关键词:
%mem=100GB
%chk=uio-66.chk
%nprocshared=36
# b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj

所用时间:Elapsed time:       0 days  5 hours 15 minutes 23.7 seconds.

Windows关键词:
%mem=100GB
%chk=D:\WSL\Gaussian\uio-66-1.chk
%nprocshared=36
# b3lyp/genecp empiricaldispersion=gd3bj

所用时间:Elapsed time:       0 days  3 hours 18 minutes 52.8 seconds.

Windows版本比WSL快了35%左右。

不知道发生了什么?求解答。




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发表于 Post on 2020-8-16 16:39:56 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-8-16 16:28
楼主好,按照您帖子的教程,我配置了WSL,满怀希望地试算了两个体系(一个大体系、一个小体系),并和windo ...

你的windows版本高斯和linux版本高斯的版本一致吗?

另外,既然有36核的机器了,不如直接装个真linux,比折腾子系统方便。

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发表于 Post on 2020-8-16 16:50:42 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-8-16 16:39
你的windows版本高斯和linux版本高斯的版本一致吗?

另外,既然有36核的机器了,不如直接装个真linux ...

版本是一样的,Gaussian 16 A.03。
因为Windows中的一些程序也要同时使用,之前是用虚拟机的,看到这个子系统计算效率更高又没有核数限制,就试了一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-16 20:02:13 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-8-16 16:28
楼主好,按照您帖子的教程,我配置了WSL,满怀希望地试算了两个体系(一个大体系、一个小体系),并和windo ...

我没见过64bit的win版高斯,我用的windows版高斯内存只能用到2G,核心数貌似也有限制,但我不是很清楚。
你这个情况我觉得有两种可能性。
1 任务耗时不能一概而论,根据体系不同耗时可能在WIN版和WSL有不同
2 64位的windows版高斯确实很快(但真的很少见)

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发表于 Post on 2020-12-4 09:39:15 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2020-2-16 09:17
补充一下 WSL无法更改权限的解决方案 (某丝就你作,文件夹权限还要750!!):

Step1 创建wsl.conf文件 ...

也可以装个WSL的ssh,然后远程传进去文件和用其他服务器没啥区别,也没有权限问题。
就是传大文件有点蛋疼…………

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