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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-3 11:09:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-6-3 11:23 编辑

各位老师好!

请问在G16中,对有机小分子使用:
  1. TD(nstates=10,root=1)  prop=(fitcharge,field) iop(6/22=-4,6/29=1,6/30=0,6/17=2)……
复制代码
  1. TD(nstates=10,root=1,NAC)……
复制代码
所计算的NACME有什么不同吗?以上计算均based on S1 极小点几何结构。

谢谢各位老师

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发表于 Post on 2024-6-3 13:57:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-2 09:27
wB97XD

不过水分子这么小,不建议用TDDFT,明显可以用好得多且被支持广泛的精度高得多的EOM-CCSD,甚 ...

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-4 00:01:32 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-3 11:09
各位老师好!

请问在G16中,对有机小分子使用: 和 所计算的NACME有什么不同吗?以上计算均based on S1  ...

TD里写NAC是正统做法
没见过第一种写法,而且里面肯定有一关键词都是多余的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2024-6-4 10:45:26 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
Are there any methods to directly export the interaction energy between 2 (or 3) fragments in gaussian without calculating the energy of dimer (or trimer) and each component?
Thank you

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-4 13:33:41 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-6-4 10:45
Hi everyone,
Are there any methods to directly export the interaction energy between 2 (or 3) fragm ...

Gaussian itself doesn't have this capability
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-6 09:27:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师,我想请教一下您关于计算分子内氢键键能的几种方法(http://sobereva.com/522)里面基于键临界点的电子密度估计内氢键键能里面有一句话
“代入到上面的公式里,氢键键能为-223.08*0.015357+0.7423=-2.68 kcal/mol。按照前述JCC文章里的分类标准,这属于较弱氢键范畴,静电吸引作用占主要因素,而色散作用也不可忽略。”
按照JCC里面的分类标准氢键强度应该属于weak~medium,那么就符合“静电吸引作用占主要因素”,但是关于“色散作用也不可忽略”这句话,是因为氢键键能-2.68 kcal/mol,其绝对值很靠近2.5 kcal/mol,所以色散作用不可忽略吗?那如果氢键键能的绝对值靠近14kcal/mol,色散作用还是不可忽略吗?

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发表于 Post on 2024-6-6 16:44:11 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-6 02:27
sobereva老师,我想请教一下您关于计算分子内氢键键能的几种方法(http://sobereva.com/522)里面基于键临 ...

不能脱离语境讲能不能忽略。如果你要求的精度很高,那么色散作用即使很弱也不能忽略;如果你只关心氢键作用的大概量级,那么色散作用可能只需要比静电作用小就可以忽略了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-6 16:48:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2024-6-6 09:52 编辑
cokie 发表于 2024-6-3 04:09
各位老师好!

请问在G16中,对有机小分子使用: 和 所计算的NACME有什么不同吗?以上计算均based on S1  ...

第一种做法是Hellmann-Feynman NACME,精度低;第二种做法是考虑了Pople项的NACME,精度高,且耗时增加得不多。
高斯支持第一种做法比较早,支持第二种做法比较晚。所以在支持第二种做法之前撰写的程序手册、教程会推荐第一种做法,例如据我所知某些版本的MOMAP手册是写的第一种做法。但是如果你用的高斯版本已经支持第二种做法了,那么应当用第二种做法。不过第一种做法里面,高斯输出的其实是跃迁密度在各个核处的电场强度,需要乘以核电荷再除以激发能以后才是NACME,后两步是在MOMAP里做的,也可以手算。所以第一种做法和第二种做法的高斯输出结果不能直接混用,必须进行换算。
关于两种做法在原理上有什么不同,参见https://doi.org/10.1021/acs.accounts.1c00312以及https://en.wikipedia.org/wiki/Vibronic_coupling

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cokie + 5 不愧是NAC方向的大佬

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-6-6 17:25:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-6 16:48
第一种做法是Hellmann-Feynman NACME,精度低;第二种做法是考虑了Pople项的NACME,精度高,且耗时增加得 ...

谢谢王老师的解答!还想向您请教一个问题:

文件准备:我计算S1 --> S0过程的IC rate使用的是FCclasses3.0.3,按程序的要求,我提供了优化并进行过频率分析的s0以及s1的state file,NACfile我是基于S0的极小点结构,用TD(NAC)算的(除了IC rate的计算,所有其他计算都使用的是G16),分子是酞菁锌配合物,对于IC过程,初末态分子几何结构变化很小。

IC Rate计算:在FCclasses中,我选用AH模型进行IC计算,但是我发现选择Coords选择Cartesian或者Internal,得到的IC rate差别极大,cartesian得到的结果在10E+6 s-1左右,而Internal得到的结果达到10E+10 s-1,此外我查到钛菁锌分子有人实验测出的IC过程为38 ns左右,和Cartesian坐标计算的结果相近。

问题:请问老师为何用内坐标和用笛卡尔坐标得到的IC rate为何会有这么大差距呢?(P.S.,很抱歉就着前一个问题在简单答疑帖写了这么多内容)

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发表于 Post on 2024-6-6 17:48:05 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-6 10:25
谢谢王老师的解答!还想向您请教一个问题:

文件准备:我计算S1 --> S0过程的IC rate使用的是FCclasse ...

看一下有没有哪个internal coordinate在基态和激发态结构里差别特别大
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-6-7 09:20:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-6 16:44
不能脱离语境讲能不能忽略。如果你要求的精度很高,那么色散作用即使很弱也不能忽略;如果你只关心氢键作 ...

感谢老师的解答,我是想了解体系中弱相互作用的组成,但是由于目前周期性体系无法做能量分解,所以我想通过“基于临界点的电子密度估计氢键键能”来了解能量的组成,所以比较疑惑当氢键键能为-2.68 kcal/mol,是否需要考虑其色散作用

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发表于 Post on 2024-6-7 16:02:17 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-7 02:20
感谢老师的解答,我是想了解体系中弱相互作用的组成,但是由于目前周期性体系无法做能量分解,所以我想通 ...

我已经说了,单知道氢键键能无法判断是否可以忽略色散作用,必须知道你需要达到的精度才能判断
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-6-7 17:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-2 09:27
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不过水分子这么小,不建议用TDDFT,明显可以用好得多且被支持广泛的精度高得多的EOM-CCSD,甚 ...

请问sob老师 我最近在计算ALO2 使用mrci方法 能量会不连续 请问如何解决这个问题?

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发表于 Post on 2024-6-7 19:22:26 | 只看该作者 Only view this author
2313150935 发表于 2024-6-7 10:44
请问sob老师 我最近在计算ALO2 使用mrci方法 能量会不连续 请问如何解决这个问题?

你选的活性空间多大?活性轨道是否合理?
平均了多少个态?平均的态数是怎么确定的?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-6-7 20:18:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-7 19:22
你选的活性空间多大?活性轨道是否合理?
平均了多少个态?平均的态数是怎么确定的?

mrci 15电子12轨道,冻结了AL的1s2s2p,O的1s,至于态只计算了cs对称性下的2个A‘和1个A’‘,请问wzkchem5老师,一般怎么确定平均的态数?

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