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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 00:53:42 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-22 00:43
sob老师,您推荐的那篇利用Multiwfn绘制NBO轨道我看完了。我把刚才那个问题中的U14-O10的两个成键轨道用Mul ...

都是U的d和O的p混合,混合都很弱,尤其是第二个。没法说sigma也没法说pi。
gview打不开看具体情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-2-22 01:30:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 00:53
都是U的d和O的p混合,混合都很弱,尤其是第二个。没法说sigma也没法说pi。
gview打不开看具体情况

咋能看出来是d啊?U的f和p没参与吗?输出文件中的键的成分里写了f和p都有参与的呀?
谢谢老师这么晚还帮我解答。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 01:59:40 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-22 01:30
咋能看出来是d啊?U的f和p没参与吗?输出文件中的键的成分里写了f和p都有参与的呀?
谢谢老师这么晚还帮 ...

第一个是d,因为U上有四个瓣
第二个是f为主,U上有6个瓣,是f轨道之一的特征
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发表于 Post on 2016-2-22 09:19:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-21 13:08
看此贴3L
http://bbs.keinsci.com/thread-1684-1-1.html

好的,谢谢老师
If anything is impossible? It should be done!!

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发表于 Post on 2016-2-22 10:24:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 01:59
第一个是d,因为U上有四个瓣
第二个是f为主,U上有6个瓣,是f轨道之一的特征

谢谢老师,那通过什么能看出来成键很弱呢?占据数吗?

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发表于 Post on 2016-2-22 10:55:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-21 13:08
看此贴3L
http://bbs.keinsci.com/thread-1684-1-1.html

老师,我想咨询一下,我怎样设定溶液浓度呢,我所选取的溶剂是高斯手册中有的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 12:03:32 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-2-22 10:24
谢谢老师,那通过什么能看出来成键很弱呢?占据数吗?

占据数低于2.0很多
从轨道图形上,也看到U和O的重叠不算很充分,轨道偏离键轴不少
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-22 12:05:57 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-2-22 10:55
老师,我想咨询一下,我怎样设定溶液浓度呢,我所选取的溶剂是高斯手册中有的


溶质的浓度在隐式溶剂模型中是没法体现的。
浓度问题需要靠分子模拟才能体现,模拟的盒子中溶质分子数目多设点浓度就高,少点浓度就低。
量化程序计算时都是将被研究的对象作为孤立体系考虑,溶剂是外场。计算热力学数据时也只是将分子按照理想气体的公式计算热力学数据的。
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发表于 Post on 2016-2-22 13:56:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 12:03
占据数低于2.0很多
从轨道图形上,也看到U和O的重叠不算很充分,轨道偏离键轴不少

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-2-22 14:40:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-22 12:05
溶质的浓度在隐式溶剂模型中是没法体现的。
浓度问题需要靠分子模拟才能体现,模拟的盒子中溶质分子数 ...

了解了,谢谢老师
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发表于 Post on 2016-2-24 01:01:48 | 只看该作者 Only view this author
老师~~
在用B3LYP优化 R3N -- AlBr3 配合物时,不同精度下,Br 原子使用什么基组合适(例如分别对应其他原子6-31G(d)或TZVP的精度)?
考虑到Br上可能带部分负电荷,是否需要加弥散?
如果用TZVP+SDD,SDD的弥散函数从什么基组借来比较好?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-24 02:24:58 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-2-24 01:01
老师~~
在用B3LYP优化 R3N -- AlBr3 配合物时,不同精度下,Br 原子使用什么基组合适(例如分别对应其他原 ...

对Br也可以用6-31G*和TZVP。如果非要赝势基组(也推荐这样,能省不少时间),对应6-31G*的话可以用lanl2DZd(EMSL有Lanl2DZdp,p弥散可以不要只要d极化),对应TZVP可以用LANL08(d)
弥散可不带,3-zeta级别的情况对于有机分子带溴的情况已经够用了,如果有Br负离子再加弥散。
SDD对于Br借弥散可以从月份基组借来。

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发表于 Post on 2016-2-24 02:37:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-24 02:24
对Br也可以用6-31G*和TZVP。如果非要赝势基组(也推荐这样,能省不少时间),对应6-31G*的话可以用lanl2D ...

(⊙o⊙)明白了,十分感谢!

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发表于 Post on 2016-2-24 10:12:51 | 只看该作者 Only view this author

关于计算基组的选择?

本帖最后由 icc-jly 于 2016-2-24 10:14 编辑

我做的是糖分子催化转化反应,设计到脱水过程,计算使用DFT,6-311+G(d,p) basic,投稿后,审稿人问为什么选择6-311+G(d,p) basic (?) set.  why was this basis set chosen?
我该怎么回复?@sobereva

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-24 14:32:26 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2016-2-24 10:12
我做的是糖分子催化转化反应,设计到脱水过程,计算使用DFT,6-311+G(d,p) basic,投稿后,审稿人问为什么 ...


审稿人问得很多余。
这种基组对于DFT一般精度计算正合适(但除非算势垒,否则弥散建议略去以大量节省时间),这是众所周知的。可以随便抓几篇文献附上
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