如何通过量化计算来预测分子稳定性？

yaochuang · 发表于 Post on 2015-5-19 10:52:31

请教各位老师：

如何通过量化计算来预测分子稳定性？
具体的问题是：
1、化学稳定性就直接计算键级来衡量，可以吗？
2、对于电场下的稳定性可不可以直接在优化结构的过程中引入电场，然后看分子结构的变化？
3、可不可以预测分子在光照下的稳定性呢？
4、可不可以预测高温下的稳定性呢？

先谢谢了！

lip · 发表于 Post on 2015-5-19 11:08:57

就在论坛里有群主和小卒老师讨论稳定性的经典帖子，你自己找找

lip · 发表于 Post on 2015-5-19 11:10:56

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D3
就是这个帖子

yaochuang · 发表于 Post on 2015-5-19 11:30:11

lip 发表于 2015-5-19 11:10
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600&extra=page%3D3
就是这个帖子

恩，多谢！

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-19 16:03:05

1 不能。化学反应的容易程度不光是化学键强度来决定的。另外键级有十几种不同的定义，但除了Laplacian键级外基本都不能直接反映键的强度。

2 可以，这比较容易实现。

3 可以，但比较复杂困难，得考察激发态势能面、研究势能面交叉、做激发态动力学之类

4 最简单的方法是做从头算动力学，不断升温，看什么时候解离。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-5-19 18:30:26

sobereva 发表于 2015-5-19 16:03
1 不能。化学反应的容易程度不光是化学键强度来决定的。另外键级有十几种不同的定义，但除了Laplacian键级 ...

谢谢sob老师!

我查了一下从头算动力学模拟软件，发现有CPMD和CP2K两款，以前都没有接触过，我想学一学你觉得哪一款会好一些呢？
主要是打算用来做一点儿有机半导体方面的模拟。

sobereva · 发表于 Post on 2015-5-19 19:18:30

能做从头算动力学的程序太多了。
如果你只是对孤立分子做从头算动力学，用高斯是最好最省事的，速度也比较快。用BOMD或ADMP关键词即可。

yaochuang · 发表于 Post on 2015-5-20 08:35:31

sobereva 发表于 2015-5-19 19:18
能做从头算动力学的程序太多了。
如果你只是对孤立分子做从头算动力学，用高斯是最好最省事的，速度也比较 ...

好的，我研究研究~ 谢谢~

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-1 16:18:35

sobereva 发表于 2015-5-19 16:03
1 不能。化学反应的容易程度不光是化学键强度来决定的。另外键级有十几种不同的定义，但除了Laplacian键级 ...

老师我这样写命令不加温度计算是不是错误
#p b3lyp/6-31g* admp=(StepSize=2000,maxpoint=1000,ReadMWVelocity) nosymm
我想模拟一个高分子聚合物热解最低温度，我是不是必须加温度？
“4 最简单的方法是做从头算动力学，不断升温，看什么时候解离”

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-1 16:21:52

sobereva 发表于 2015-5-19 19:18
能做从头算动力学的程序太多了。
如果你只是对孤立分子做从头算动力学，用高斯是最好最省事的，速度也比较 ...

老师我需要研究一个高聚物的热解最低温度，我可以取一个单元计算吗？还有我这样算不算孤立分子？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 08:28:55

liuyjhx 发表于 2019-4-1 16:18
老师我这样写命令不加温度计算是不是错误
#p b3lyp/6-31g* admp=(StepSize=2000,maxpoint=1000,ReadMWVe ...

肯定得设温度
Gaussian里可以设热浴，但是热浴只支持比较差的一种，每一步让速度都正好对应于参考温度。如果你用比如ORCA的BOMD功能，热浴有更多种类，选项更多

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 08:29:38

liuyjhx 发表于 2019-4-1 16:21
老师我需要研究一个高聚物的热解最低温度，我可以取一个单元计算吗？还有我这样算不算孤立分子？

一个单元不够，怎么也得取几个重复单元，然后边缘进行饱和，作为孤立分子模拟

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-2 09:45:52

sobereva 发表于 2019-4-2 08:28
肯定得设温度
Gaussian里可以设热浴，但是热浴只支持比较差的一种，每一步让速度都正好对应于参考温度。 ...

好的，谢谢老师，太感谢了

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-2 09:46:02

sobereva 发表于 2019-4-2 08:29
一个单元不够，怎么也得取几个重复单元，然后边缘进行饱和，作为孤立分子模拟

好的，谢谢老师，太感谢了

xxzj · 发表于 Post on 2023-2-2 09:45:29

sobereva 发表于 2019-4-2 08:29
一个单元不够，怎么也得取几个重复单元，然后边缘进行饱和，作为孤立分子模拟

老师，我看文献光催化方向判断分子稳定性的程序为AIMD动力学，但是我现在会使用Gromacs.所以，想请问老师，我可以应用Gromacs代替AIMD去判断吗？

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