关于热力学稳定性

chiweijie · 发表于 Post on 2015-6-13 19:54:44

本人想计算一个有机分子（300多个原子）的热力学稳定和对光的稳定性，请问可以从哪些方面入手，请大家给予指点，谢谢各位了！

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-13 20:10:52

热力学稳定性，更具体来说是什么过程的稳定性？如果是看升温后结构是否容易变动，肯定得做动力学来考察。从头算乃至半经验的动力学对这个大小的体系都做不动，得用分子力场。可以用MMFF94这样的精度较高的专门处理小分子的力场。如果说要计算热解，那就很难搞了，分子力学没法描述断键过程（虽然有反应力场，但一般没有恰好合适的）。

光稳定性就更不好考察了，得涉及到激发态的势能面研究，但体系这么大，如果不能简化的话没法直接算。

chiweijie · 发表于 Post on 2015-6-13 21:21:30

谢谢Sob老师的耐心解答，我想考察的就是升温后分子结构的变化，如果做动力学模拟，对于只含有碳氮氢氧的有机分子，什么软件比较适合呢？

至于对光的稳定性而言，是否可以通过判断斯托克斯位移的大小来判断结构的变形程度，定性的讨论一下稳定性呢？

asdf · 发表于 Post on 2015-6-13 21:39:34

chiweijie 发表于 2015-6-13 21:21
谢谢Sob老师的耐心解答，我想考察的就是升温后分子结构的变化，如果做动力学模拟，对于只含有碳氮氢氧的有 ...

碳氮氢氧的话，可以试试reaxff反应立场，lammps程序包中有实现。

chiweijie · 发表于 Post on 2015-6-13 21:42:55

asdf 发表于 2015-6-13 21:39
碳氮氢氧的话，可以试试reaxff反应立场，lammps程序包中有实现。

谢谢你

chiweijie · 发表于 Post on 2015-6-13 21:43:56

sobereva 发表于 2015-6-13 20:10
热力学稳定性，更具体来说是什么过程的稳定性？如果是看升温后结构是否容易变动，肯定得做动力学来考察。从 ...

谢谢Sobl老师的解答，对光的稳定性而言，是否可以通过判断斯托克斯位移的大小来判断结构的变形程度，定性的讨论一下稳定性呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-6-14 03:07:30

chiweijie 发表于 2015-6-13 21:21
谢谢Sob老师的耐心解答，我想考察的就是升温后分子结构的变化，如果做动力学模拟，对于只含有碳氮氢氧的有 ...

支持MMFF94的动力学程序并不多，可以考虑tinker。其实最省事的是用Chem3D来做MMFF94的真空下的动力学，载入结构后点几下鼠标就立马开始跑，特别方便，但可惜可控设定太少，并且不好进一步后处理分析。

变形程度，一方面从斯托克位移上能反映，另一方面也可以计算激发态极小点结构和基态结构间的RMSD值，见此文：《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差》（http://sobereva.com/290）。但变形程度和光稳定性，我觉得虽然一定程度或许有关，但没必然性。

chiweijie · 发表于 Post on 2015-6-14 08:02:51

sobereva 发表于 2015-6-14 03:07
支持MMFF94的动力学程序并不多，可以考虑tinker。其实最省事的是用Chem3D来做MMFF94的真空下的动力学，载 ...

谢谢Sob老师的解答。

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