|
|
本帖最后由 funok 于 2023-4-15 20:26 编辑
ReaxFF的GPU加速需要使用kokkos包
参考链接：
http://bbs.keinsci.com/thread-27603-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 25516&fromuid=21856
https://github.com/Roy-Kid/lammpscn/issues/10
https://docs.lammps.org/Build_extras.html#kokkoshttps://blog.csdn.net/hdpai2018/article/details/106719860
系统:Win11 WSL2使用Ubuntu18.04.5
1.windows下安装显卡驱动
2.打开WSL,VM,Hyper-V
参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/536771749
3.配置环境
sudo apt-get install gcc;
sudo apt-get install g++；
sudo apt-get install gfortran；
sudo apt-get install libfftw3*
sudo apt-get install mpi-default-*
4.手动安装cmake-3.21.5
参考链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/519732843
https://cmake.org/files/v3.21/
sudo apt-get -y install libssl-dev
解压源代码，./configure
make
make install
安装到默认位置/usr/local
5.安装cuda-toolkit
参考链接：https://developer.nvidia.com/cud ... rget_type=deb_local
wget https://developer.download.nvidi ... cuda-wsl-ubuntu.pin
sudo mv cuda-wsl-ubuntu.pin /etc/apt/preferences.d/cuda-repository-pin-600
wget https://developer.download.nvidi ... _12.1.0-1_amd64.deb
sudo dpkg -i cuda-repo-wsl-ubuntu-12-1-local_12.1.0-1_amd64.deb
sudo cp /var/cuda-repo-wsl-ubuntu-12-1-local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda
添加环境变量
####cuda
export PATH=$PATH:/usr/local/cuda-12.0/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda-12.0/lib64
(安装之后，最后会输出有关optix以及libcuda.so.1 is not a symbolic link的报错，可直接忽略，使用自带RDX例子测试未发现存在影响)
6.安装lammps
wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz
mkdir build-kokkos-cuda
cd build-kokkos-cuda
cmake -C ../cmake/presets/basic.cmake -C ../cmake/presets/kokkos-cuda.cmake ../cmake
(修改kokkos-cuda.cmake文件，把‘set(Kokkos_ARCH_MAXWELL50 on CACHE BOOL "" FORCE)’中的MAXWELL50根据manual (https://lammps.sandia.gov/doc/Build_extras.html#kokkos) 的说明改为自己显卡对应的Arch-ID)
cmake -D BUILD_MPI=yes -D PKG_ASPHERE=on -D PKG_BOCS=on -D PKG_BODY=on -D PKG_BROWNIAN=on -D PKG_CG-SDK=on -D PKG_CLASS2=on -D PKG_COLLOID=on -D PKG_CORESHELL=on -D PKG_DIELECTRIC=on -D PKG_DIFFRACTION=on -D PKG_DIPOLE=on -D PKG_DPD-BASIC=on -D PKG_DPD-MESO=on -D PKG_DPD-REACT=on -D PKG_DPD-SMOOTH=on -D PKG_DRUDE=on -D PKG_EFF=on -D PKG_EXTRA-COMPUTE=on -D PKG_EXTRA-DUMP=on -D PKG_EXTRA-FIX=on -D PKG_EXTRA-MOLECULE=on -D PKG_EXTRA-PAIR=on -D PKG_FEP=on -D PKG_GRANULAR=on -D PKG_KSPACE=on -D PKG_MANIFOLD=on -D PKG_MANYBODY=on -D PKG_MC=on -D PKG_MEAM=on -D PKG_MGPT=on -D PKG_MISC=on -D PKG_ML-IAP=on -D PKG_ML-SNAP=on -D PKG_MOFFF=on -D PKG_MOLECULE=on -D PKG_OPENMP=on -D PKG_OPT=on -D PKG_ORIENT=on -D PKG_PERI=on -D PKG_PHONON=on -D PKG_PLUGIN=on -D PKG_PTM=on -D PKG_QEQ=on -D PKG_QTB=on -D PKG_REACTION=on -D PKG_REAXFF=on -D PKG_REPLICA=on -D PKG_RIGID=on -D PKG_SHOCK=on -D PKG_SMTBQ=on -D PKG_SPH=on -D PKG_SPIN=on -D PKG_SRD=on -D PKG_TALLY=on -D PKG_UEF=on -D PKG_YAFF=on -D PKG_GPU=on -D GPU_API=cuda -D GPU_ARCH=sm_75 ../cmake
make -j 24
编译之后可获得lmp可执行文件，将其加入环境变量
运行
lmp -in in.RDX -k on g 1 -sf kk -pk kokkos neigh half newton on
|
评分 Rate
-
查看全部评分 View all ratings
|
发表于 Post on 2023-4-15 20:02:49
|
只看该作者 Only view this author
|只看大图 View big picture
|倒序浏览 Reverse view
|阅读模式 Reading model
收藏 Add to favorites
，好教程。 
