计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8550|回复 Reply: 25

[辅助/分析程序] SOC计算辅助 for ORCA (更新c++版本)

  [复制链接 Copy URL]

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

发表于 Post on 2025-3-1 21:24:57 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 wal 于 2025-10-12 14:11 编辑

5.13
发出来的时候有一个小问题我没意识到,昨天有小伙伴私我问了,在这里解释一下:
脚本使用的ΔE<0.3eV与socme>0.5cm-1没有出处,是我根据自己研究的体系,总结出的认为值得关注一个阈值;如果您研究的不是有机发光材料,而是重原子体系、金属团簇等,这个阈值可能是不合适的,您可以考虑自行修改脚本



4.7
7.3.1版已更新(见3L)


4.5更新:
修复C++版本无法处理二位数state的问题,本次更新后能处理至多99个态,如果有人算多于100个态的我估计那矩阵图都得成筛子了所以暂时就这样吧。暂时先更新gcc11.4.0版,7.3.1版等回学校了连上集群更新(见3L)
PS: 试了下python版也有一样的问题hhh,但是由于UI问题估计屏幕也显示不下那么大,就暂时不修py版了

4.4更新:
更新了备用提取逻辑,适应ORCA5.0.4的输出文件
修改了SOC矩阵提取逻辑,明确终止提取条件
soc.py (20.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 110)

评分 Rate

参与人数
Participants 23
威望 +1 eV +88 收起 理由
Reason
zuowang + 3 牛!
玉米猫 + 5 好物!
SkyHou + 4 好物!
zyq-ynu + 5
SharkYYX2025 + 3 好物!
IFYM + 3 牛!
相斌 + 5 好物!
lushiyue + 5 好物!
FRRMM + 1
RTChou + 5 好物!
limalvis + 3 好物!
ZinHo + 3 牛!
hebrewsnabla + 3 GJ!
QuantumicGuy + 5 好物!
wzkchem5 + 5
Stardust0831 + 4 GJ!
反氯化苯 + 5
cyykt + 3 谢谢
于铮 + 5 GJ!
丁越 + 5 赞!

查看全部评分 View all ratings

某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-24 10:12:44 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wal 于 2026-7-4 13:53 编辑

- 25.8.12 update-
可以使用yaml格式配置文件控制一些参数
soc (2.67 MB, 下载次数 Times of downloads: 34)

评分 Rate

参与人数
Participants 4
eV +16 收起 理由
Reason
lushiyue + 5 牛!
FRRMM + 1
陈AG + 5 谢谢
Stardust0831 + 5 宝宝好棒!

查看全部评分 View all ratings

某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

42

帖子

0

威望

349

eV
积分
391

Level 3 能力者

发表于 Post on 2025-3-12 21:25:34 | 显示全部楼层 Show all
非常好用

122

帖子

0

威望

950

eV
积分
1072

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-3-27 08:59:11 | 显示全部楼层 Show all
老师,请问我上传了这个文件,为什么显示找到 0个单重态激发态(S1-S0)和 0个三重态(T1-T0)的
202503270858411251..png

2-PCM-optS0-SOCME.out

182.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 10:16:54 | 显示全部楼层 Show all
陈AG 发表于 2025-3-27 08:59
老师,请问我上传了这个文件,为什么显示找到 0个单重态激发态(S1-S0)和 0个三重态(T1-T0)的

看了一眼输出,不太应该,也许是有bug,我做完实验回工位看看,这会没电脑
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

122

帖子

0

威望

950

eV
积分
1072

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-3-27 10:43:37 | 显示全部楼层 Show all
wal 发表于 2025-3-27 10:16
看了一眼输出,不太应该,也许是有bug,我做完实验回工位看看,这会没电脑

谢谢老师

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 13:49:48 | 显示全部楼层 Show all

我拿我的机子算了一下,可以正常读取。可能是ORCA版本的原因,我看到你的输出文件里光谱部分表头跟我的输出文件不一样,所以脚本没有匹配到单重态与三重态能量。我改天更新一下脚本吧,写点可以切换的备用逻辑
1mini.log (152.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

8

帖子

0

威望

1291

eV
积分
1299

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-3-31 17:14:10 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 lushiyue 于 2025-3-31 17:16 编辑
wal 发表于 2025-3-24 10:12
最近有大批soc任务,准备自动化soc计算流程,于是写了个C++版本的纯命令行运行,完成后打印文本结果,并尝 ...

老师您好,我使用这个C++版本的能够正常提取soc,但每次只能提取9个S和9个T态,实际上S和T是各算了20个态,请问是啥原因呢?输出的矩阵图能够看到20个态,但只处理了10×10的数据。ORCA用的是6.0.1版本

2025-03-31 17-10-35.png
2025-03-31 17-12-18.png

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
FRRMM + 1

查看全部评分 View all ratings

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-31 19:02:15 | 显示全部楼层 Show all
lushiyue 发表于 2025-3-31 17:14
老师您好,我使用这个C++版本的能够正常提取soc,但每次只能提取9个S和9个T态,实际上S和T是各算了20个态 ...

我平常没算过那么多态,可能处理太多行有点问题,下次更新一并改一下逻辑吧
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

8

帖子

0

威望

1291

eV
积分
1299

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-3-31 20:00:16 | 显示全部楼层 Show all
wal 发表于 2025-3-31 19:02
我平常没算过那么多态,可能处理太多行有点问题,下次更新一并改一下逻辑吧

谢谢老师,期待下次的更新

5

帖子

0

威望

637

eV
积分
642

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-4-1 17:27:27 | 显示全部楼层 Show all
wal 发表于 2025-3-27 13:49
我拿我的机子算了一下,可以正常读取。可能是ORCA版本的原因,我看到你的输出文件里光谱部分表头跟我的输 ...

老师,请问这个soc.py脚本跟新了嘛,我也是这个问题

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-1 17:38:28 | 显示全部楼层 Show all
swagger 发表于 2025-4-1 17:27
老师,请问这个soc.py脚本跟新了嘛,我也是这个问题

最近在赶课题,忙做实验,可能要稍等几天
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

5

帖子

0

威望

637

eV
积分
642

Level 4 (黑子)

发表于 Post on 2025-4-1 17:52:23 | 显示全部楼层 Show all
wal 发表于 2025-4-1 17:38
最近在赶课题,忙做实验,可能要稍等几天

好的,谢谢老师,祝您课题顺利

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-4 01:22:53 | 显示全部楼层 Show all

已更新,可以从TDDFT输出里提取能量了
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

885

帖子

15

威望

4044

eV
积分
5229

Level 6 (一方通行)

鸩羽

 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-5 01:02:26 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wal 于 2025-4-5 18:07 编辑
swagger 发表于 2025-4-1 17:52
好的,谢谢老师,祝您课题顺利
我看错了,还以为你问的是C++,python脚本昨天也更新过了


20states.png
已更新,gcc11.4.0版的已可以画至多99个态(但太多的话估计图片尺寸要手动调gnuplot脚本)
7.3.1的等回工位了去编译
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-8-17 15:19 , Processed in 0.252254 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list