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[ORCA] ORCA中双杂化泛函对几何的影响的测试

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发表于 2017-5-1 19:19:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 我本是个娃娃 于 2017-5-31 20:47 编辑

摘要:计算ORCA中部分双杂化泛函对于甲烷分子的几何优化,并使之与普通DFT方法计算的结果进行对比,并简要地测试了对称性收敛阈对于几何结构的影响。

PS:
1, C 的 Hirshfeld 电荷在-0.12 左右, 这明显不符合化学常识, 而 ADCH 电荷很好地符合了这一点, 间接说明, 偶极矩校正方法对 Hirshfeld 电荷的校正是成功的。
2, ORCA 4.0.0 软件得到的 molden 文件仍然是有问题的, 需要用 Zork 编写的 Molden2AIM 软件进行修改, 得到新的 molden 文件通过了 Multiwfn 的两种办法的测试。 以 M06-2X 为例:
A. 电子密度的实空间函数, 修改前为 10.0126534007, 修改后为 9.9999976255。
B. 全部轨道的归一化条件, 修改前为 7.9663606459, 修改后为 0.0000000090。

但得妖娆能举动-娶回长乐侍君王.pdf (175.01 KB, 下载次数: 12)

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发表于 2017-5-2 04:38:27 | 显示全部楼层
怎么没有PWPB95?这是ORCA支持的双杂化里最好的
至于ORCA支持的双杂化泛函秒杀高斯,对于g09没错,对于g16就算不上了,ORCA 4.0居然没加入DSD-PBEP86,就像高斯不加入lanl2TZ一样莫名其妙。

文中说的结果好坏、键长低估高估之类,是以什么为参照来说的?

Gaussian输入文件里可以用@来引入文件,不过xyz文件开头有原子名和注释,如果引入的话必须把xyz文件中这两行删掉。
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 楼主| 发表于 2017-5-2 07:55:49 | 显示全部楼层
dada747 发表于 2017-5-1 22:49
目前没有发现高斯有这个功能,只能暂时把.xyz文件坐标部分粘到高斯输入文件了。

大博士说可以,我会尝试一下
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 楼主| 发表于 2017-5-2 07:57:39 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2017-5-2 04:38
怎么没有PWPB95?这是ORCA支持的双杂化里最好的
至于ORCA支持的双杂化泛函秒杀高斯,对于g09没错,对于g16 ...

PWPB95我之前看ORCA说明书的时候没有看到,我会尝试一下做个补充

好坏,高估低估之类是双杂化泛函包括B3LYP这样的泛函的计算结果与M06-2X做的比较得出的结果

大博士说的方法我会尝试
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发表于 2017-5-2 10:28:26 | 显示全部楼层
有机书上写的实验测定的甲烷键长是108.7pm

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 楼主| 发表于 2017-5-2 10:58:13 | 显示全部楼层
lzy0702 发表于 2017-5-2 10:28
有机书上写的实验测定的甲烷键长是108.7pm

你是对的,键长是108.7埃,键角是109.5度。我对行文做了修改
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发表于 2017-5-2 12:33:34 | 显示全部楼层
我本是个娃娃 发表于 2017-5-2 10:58
你是对的,键长是108.7埃,键角是109.5度。我对行文做了修改

单位是pm(皮米,10^-12 m)不是埃

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 楼主| 发表于 2017-5-2 12:39:49 | 显示全部楼层
lzy0702 发表于 2017-5-2 12:33
单位是pm(皮米,10^-12 m)不是埃

写错了,抱歉,是1.087埃
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发表于 2017-5-2 14:28:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 冰释之川 于 2017-5-2 14:34 编辑

由于双杂化泛函包含MP2相关,不知道如果在高斯里用双杂化算ADCH电荷,fchk文件是否应该保存post-HF密度?即需不需要加“density”关键词产生当前级别的密度?确切的说是fchk保存当前级别的自然轨道给Multiwfn处理?因为Multiwfn是基于轨道分析,而不是密度矩阵。另外,ORCA里的molden文件保存的轨道是不是也是区分为保存DFT/HF和post-HF两类?
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 楼主| 发表于 2017-5-2 14:51:13 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2017-5-2 14:28
由于双杂化泛函包含MP2相关,不知道如果在高斯里用双杂化算ADCH电荷,fchk文件是否应该保存post-HF密度?即 ...

嗯嗯,的确没有考虑这个,下一个修正版考虑一下这个
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发表于 2017-5-2 18:55:08 | 显示全部楼层
冰释之川 发表于 2017-5-2 14:28
由于双杂化泛函包含MP2相关,不知道如果在高斯里用双杂化算ADCH电荷,fchk文件是否应该保存post-HF密度?即 ...

双杂化的密度应当没有什么意义。如果不用density关键词,给出的是常规杂化部分那部分的密度
ORCA产生molden文件的时候也可以选择把自然轨道输出到molden文件里
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本帖最后由 冰释之川 于 2017-5-2 19:01 编辑
sobereva 发表于 2017-5-2 18:55
双杂化的密度应当没有什么意义。如果不用density关键词,给出的是常规杂化部分那部分的密度
ORCA产生mol ...

个人觉得算ADCH电荷用双杂化泛函是不是有点“大材小用了”,双杂化一般不是算精确能量用的么?。。一般的常规泛函诸如B3LYP就能做波函数分析了。。
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冰释之川 发表于 2017-5-2 19:00
个人觉得算ADCH电荷用双杂化泛函是不是有点“大材小用了”,双杂化一般不是算精确能量用的么?。。一般的 ...

原子电荷,特别是ADCH电荷,对计算级别很不敏感,没必要用双杂化,而且也未必比普通DFT泛函结果在这方面更合理(结果差异应该也较小)
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sobereva 发表于 2017-5-2 19:57
原子电荷,特别是ADCH电荷,对计算级别很不敏感,没必要用双杂化,而且也未必比普通DFT泛函结果在这方面 ...

我重新用Multiwfn对原有的ORCA产生的molden文件进行了测试,发现通不过大博士所说的两条测试原则,而Molden2AIM修改后可以通过,这里修改了一下重新发布,免得误人子弟
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