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楼主 Author: lomochon
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[综合交流] 有哪些基本问题量化和分子动力学目前尚无法计算?

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发表于 Post on 2019-5-6 09:50:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-6 09:08
500多兆也没多少嘛

粒子数问题,可以尝试做个结果随数目增加的收敛性测试

写错了。不是MB是500多GB。
既然不能做激发态优化,那么450nm-700nm波段的吸收所对应的两个激发态之间的吸收是不是不能算了。
另外,我已经测试到100个原子了,还没有收敛。100个原子在CAM-B3LYP aug-cc-PVTZ RICOSX水平下光算5个激发态就需要快二十GB了。

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发表于 Post on 2019-5-7 08:21:18 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-5-6 09:50
写错了。不是MB是500多GB。
既然不能做激发态优化,那么450nm-700nm波段的吸收所对应的两个激发态之间的 ...

用个小点的基组,用普通泛函优化这样体系的激发态不成问题(但由于你的体系太过于特殊,这样做是否真的有意义我不好断定)
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发表于 Post on 2019-5-7 16:54:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-1 06:17
是VASP不是VSPA。这个问题也未必非得用第一性原理程序,轨迹跑出来,用Gaussian、ORCA等主流量化程序也都 ...

您的意思是先用考虑周期性边界条件的情况跑MD,然后取相应的团簇在ORCA中做TDDFT计算?我看有篇关于液态水的吸收光谱研究的文章是这么做的。“To generate model structures, we first performed optPBE-vdW classical MD simulations for 20 ps in the NVT ensemble using the Andersen thermostat127 for a cubic
box with 64 water molecules. The final snapshot from the MD trajectory was then used as a starting structure for PIMD, which was run for 5 ps using 32 ring-polymer beads and the normalmode transformation. For XAS calculations, the cluster structures were extracted by randomly sampling both central molecules and ring-polymer replicas from the final 2 ps of the PIMD trajectory.”

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发表于 Post on 2019-5-8 09:46:13 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-5-7 16:54
您的意思是先用考虑周期性边界条件的情况跑MD,然后取相应的团簇在ORCA中做TDDFT计算?我看有篇关于液态 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-15 15:03:55 | 只看该作者 Only view this author

导师说不一定要在考虑周期边界条件的情况下跑MD,直接用ORCA做分子动力学,只要最后的光谱收敛了就可以(大概在120个原子就收敛了)。可是我看相关的文献都是考虑周期性边界条件跑MD的。请问考不考虑周期性边界得到的轨迹做收敛测试,结果会一样么?

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发表于 Post on 2019-5-15 17:06:21 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-5-15 15:03
导师说不一定要在考虑周期边界条件的情况下跑MD,直接用ORCA做分子动力学,只要最后的光谱收敛了就可以( ...

肯定会有所不同,毕竟边界情况不一样
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发表于 Post on 2019-5-16 08:22:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-15 17:06
肯定会有所不同,毕竟边界情况不一样

您之前说需要用考虑周期性条件来算,为什么那样算更加合理?

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发表于 Post on 2019-5-17 01:09:39 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-5-16 08:22
您之前说需要用考虑周期性条件来算,为什么那样算更加合理?

本来这体系实际情况就是无穷延展的,实际中肯定不只是一小团
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发表于 Post on 2019-5-17 08:16:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-5-17 11:14 编辑
sobereva 发表于 2019-5-17 01:09
本来这体系实际情况就是无穷延展的,实际中肯定不只是一小团

1.这种体系跑分子动力学的话用什么软件比较好?我现在在用castep跑。2.我该如何测试盒子大小设置的合理性?
3.一般时间步长取为最小周期的十分之一左右,这种单原子体系的分子动力学时间步长应该如何取值?

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发表于 Post on 2019-5-17 18:20:54 | 只看该作者 Only view this author
huangyoyo 发表于 2019-5-17 08:16
1.这种体系跑分子动力学的话用什么软件比较好?我现在在用castep跑。2.我该如何测试盒子大小设置的合理性 ...

1 VASP、CP2K,速度比CASTEP快得多
2 根据密度设置。如果密度固定,不知道盒子尺寸多大合适,测试收敛性
3 AIMD一般用零点几fs
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