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[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

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发表于 2018-5-29 06:43:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
注:本文的脚本支持的是2019-Feb-14更新的xtb,对更老版本不兼容,对之后的版本可能兼容也可能不兼容,发现不兼容时请自行修改脚本或者用之前的版本。

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

文/Sobereva @北京科音
First release: 2018-May-29  Last update: 2019-Feb-15

0 前言

在《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》(http://sobereva.com/388)一文中笔者曾简单提到GFN-xTB方法,说白了就是类似于DFTB那种半经验意味的DFT,精度不错普适性也好,对与之耗时相仿佛的半经验方法和DFTB带来了极大的冲击。Grimme在其主页上也给出了名为xtb的专门做GFN-xTB计算的程序,目前可按照此网页上的说明申请免费下载:https://www.chemie.uni-bonn.de/pctc/mulliken-center/software/xtb/xtb。xtb程序用过的人都说好,速度很快,普适性挺好,推出不久已经开始有很多人使用了,在《2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计》(http://sobereva.com/420)里已经有一些得票率了,而且一些第三方程序已经支持xtb了,比如Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)可以读取xtb的振动分析的输出来绘制红外光谱、基于xtb产生的波函数做波函数分析和绘制分子轨道,molclus程序可以结合xtb来做团簇构型和分子构象搜索(见http://www.keinsci.com/research/molclus.html)。另外计算化学公社上fhh2626还写了NAMD与xtb结合做QM/MM的界面(http://bbs.keinsci.com/thread-7583-1-1.html)。

xtb程序目前可以做单点、优化、振动分析等任务,但是对于一般计算化学研究者来说,还希望能够找过渡态、产生IRC,并且希望振动分析的结果(特别是虚频模式)可以可视化,但这些xtb程序目前还做不到。好在Gaussian从09开始加入了external关键词,在进行极小点/过渡态优化、IRC、振动分析等任务时,可以从外部文件直接读入能量、受力、Hessian,而外部文件的这些信息可以用任意程序来产生,当然也包括xtb,不过需要自己写个接口才能实现。因此Gaussian可以被当做一个“optimizer”来使用,这种用法似于ASE(atomic simulation environment)程序。

本文的目的就是介绍如何将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC,并且使得xtb振动分析结果能够被gview来可视化,从而弥补xtb的不足、极大地扩展xtb的实用价值。本文Gaussian使用G09 E.01版。

本文涉及的各种文件都可以从这里下载:http://sobereva.com/attach/421/gau_xtb.zip(xtb可执行程序不在里面,需自行申请)。

笔者还另写了一篇文章,《Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/422),将Gaussian和ORCA联用也带来很多好处,有兴趣可以看看。


1 xtb简介

借本文的机会简单介绍一下xtb的相关知识和使用。

1.1 xtb的安装

向Grimme发送邮件申请xtb后,会给你下载链接,只能下载到Linux下的预编译版。

xtb的安装:解压到比如/sob/xtb下。对于Bash shell用户,编辑用户目录下的.bashrc文件,加入此语句:source /sob/xtb/Config_xtb_env.bash。重新进入终端后,通过xtb即可使用。

如果需要并行计算,计算前应运行以下命令,N是机子的CPU物理核心数(建议把以下内容加入到用户目录下的.bashrc,使得每次进入终端时自动生效):
export OMP_NUM_THREADS=N
export MKL_NUM_THREADS=N
export OMP_STACKSIZE=1000m
ulimit -s unlimited

1.2 xtb的基本使用

xtb的输入文件就是一个xyz文件,这是最常用的记录分子结构的格式之一,很多程序都可以产生。用Multiwfn产生也可以,可以把fch、pdb、mol、wfn、wfx、molden等Multiwfn能认的格式载入Multiwfn,然后进入主功能100的子功能2,选择输出xyz文件。由于这个文件格式非常简单,比如自己把Gaussian的.gjf文件编辑一下产生也可以。

xtb的详细使用说明见自带的man目录下的pdf文件,也可以通过xtb -h查看。几个比较常用的选项如下
-c或--chrg:设定体系净电荷
-u或--uhf:设定alpha电子数减beta电子数(相当于自旋多重度减1)
-g或--gbsa:使用隐式溶剂模型。目前支持的溶剂有toluene、thf、methanol、h2o、ether、chcl3、acetonitrile、acetone、cs2
--molden:计算结束后产生molden.input,这是Molden输入文件

常用任务类型:
--sp:计算单点(此为默认,可不写)
--grad:计算梯度
--opt [级别]:几何优化。级别默认为normal,更佳的是tight、verytight、extreme
--hess:计算数值Hessian并做振动分析
--ohess [级别]:优化后自动计算Hessian并做振动分析
--md:基于当前结构做分子动力学(目前xtb还支持metadynamics,详见手册)
--omd:优化后做分子动力学

例如:
对yoshiko.xyz做真空中的单点计算,电荷为1,自旋多重度为2(alpha比beta电子多1个):xtb yoshiko.xyz --chrg 1 --uhf 1 -sp
对yohane.xyz做甲苯溶剂下优化和振动分析。体系是默认的中性单重态:xtb yohane.xyz --ohess --gbsa toluene

xtb运行时一方面会在屏幕上输出信息,同时也会在当前目录下产生一大堆文件。这些文件的含义在自带的文档里有说明。

xtb目前有解析梯度,但只支持数值Hessian。--hess或-ohess任务做完会输出g98.out和g98_canmode.out。前者是模仿高斯freq输出格式来输出频率、红外强度、正则坐标。后者没用。

--opt任务产生的xtbopt.xyz是最后结构的xyz坐标文件,其中第二行是对应的能量。xtbopt.log是含有优化过程每一帧的多帧xyz文件,后缀改为.xyz后就可以拖入VMD查看优化轨迹。

Multiwfn可以载入xtb用--molden产生的molden.input文件做十分丰富的波函数分析,相关知识看《Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途》(http://sobereva.com/184)、《Multiwfn入门tips
》(http://sobereva.com/167)。

Multiwfn载入--hess或--ohess的输出文件后,进主功能11,选择IR或Raman,进入界面后选0就可以绘制出相应的光谱,超级容易。更多信息见《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》(http://sobereva.com/224)。

1.3 xtb的控制文件

xtb运行时还可以载入控制文件(xcontrol),在man目录下的pdf文件中有详细介绍。通过控制文件,可以对xtb的运行细节做更多的控制、实现更多的功能。有些设置(比如设置体系净电荷)既可以通过上述选项来指定,也可以在控制文件里指定,前者的优先级更高。

控制文件的文件名随意,通过-I指定。比如控制文件名字叫inp,那就可以比如这样执行:
xtb rei_ayanami.xyz -I inp --molden --chrg 1

控制文件里可以设置很多字段,每个字段通过$开头,到下一个$结束。例如计算当前体系时alpha电子比beta电子多两个,并且让3,19,20,21,22原子的位置在优化过程中被冻住,则控制文件的内容应当为:
$spin=2
$fix
atoms:3,19-22
force constant=0

如果想通过谐振势限制住这些原子而不是完全冻结住,force constant应设为要用的力常数。

更多xtb细节请看自带的文档,在北京科音(http://www.keinsci.com)的高级量子化学培训班里会对GFN-xTB的原理和xtb的用法做深入全面讲授。


2 Gaussian的external功能简介

关于Gaussian的external功能的使用,详见http://sobereva.com/g09/k_external.htm。简单来说,Gaussian的输入文件里写上比如external='./xtb.sh',在计算时候就会以这样的方式调用当前目录下的xtb.sh脚本:
xtb.sh layer InputFile OutputFile MsgFile FChkFile MatElFile
各个参数的含义可以看手册,后五个是文件名,这里我们主要关心的是其中第二个参数InputFile和第三个参数OutputFile。如果查看Gaussian输出文件,会发现这样的提示
Running external command "./xtb.sh R"
         input file       "/sob/g09/scratch/Gau-28355.EIn"
         output file      "/sob/g09/scratch/Gau-28355.EOu"
         message file     "/sob/g09/scratch/Gau-28355.EMs"
         fchk file        "/sob/g09/scratch/Gau-28355.EFC"
         mat. el file     "/sob/g09/scratch/Gau-28355.EUF"

其中"/sob/g09/scratch/Gau-28355.EIn"和"/sob/g09/scratch/Gau-28355.EOu"正是分别传递给xtb.sh的InputFile和OutputFile的文件名。

InputFile文件是Gaussian产生的,记录了当前步的信息,格式为:
原子数  需要的导数  电荷  自旋多重度
原子1元素序号  X  Y  Z  MM电荷 MM原子类型
原子2元素序号  X  Y  Z  MM电荷 MM原子类型
...
原子N元素序号  X  Y  Z  MM电荷 MM原子类型
如果当前任务只需要能量信息,“需要的导数”为0;如果需要受力,则为1(比如几何优化任务);如果还需要Hessian,则为2(比如freq任务,以及优化或IRC时用了calcfc等情况)。

OutputFile是要在执行xtb.sh时候由这个脚本来生成的,里面记录能量、受力、Hessian等,按照手册的要求格式为:



1.png

其中诸如4D20.12是数据格式,稍微懂点Fortran就能明白。按照这个格式产生好OutputFile文件,则Gaussian就会从中读取当前任务需要的信息开展计算。比如如果当前任务只需要能量,则填上能量和偶极矩那一行即可,而如果比如需要Hessian,则整个文件所有信息都得填上。此文件中的偶极矩、极化率对于本文涉及的优化、走IRC、振动频率计算都是不需要的,可以直接填0(但相应地,涉及到这些信息的Gaussian输出,比如偶极矩、freq任务的红外强度等也将都为0)。

要想将Gaussian和xtb联用,关键就是要恰当编写xtb.sh,使得这个脚本可以基于InputFile里的信息去调用xtb计算出当前结构下的能量、受力、Hessian,并按照Gaussian要求的格式转化出OutputFile文件。下一节就介绍怎么实现。


3 Gaussian与xtb的接口xtb.sh的编写

笔者写好的xtb.sh文件在本文一开始提到的压缩包里有。这是bash shell脚本,本节解释一下脚本内容,需要懂得一些Linux命令和shell编程知识才能完全理解(值得一提的是,写这种脚本并非必须用bash shell,也并非必须是Linux环境才能用external功能。比如在Windows下也完全可以写成.bat脚本,例如Windows版Gaussian调用NBO6就是通过external来调用NBO6的.bat文件实现的)。

xtb.sh文件里$2、$3分别对应于xtb.sh接收到的第2、第3个参数,也即InputFile和OutputFile文件名。脚本首先用
read atoms derivs charge spin < $2
从InputFile中把原子数、需要的导数、电荷、自旋多重度分别读到atoms、derivs、charge、spin四个变量里,然后用以下命令构建一个mol.tmp文件
cat >> mol.tmp <<EOF
$atoms

$(sed -n 2,$(($atoms+1))p < $2 | cut -c 1-72)
EOF
这个mol.tmp文件是xyz文件的雏形,还需要做两个处理才能变成xyz格式文件,一方面是把从InputFile读过来的元素序号转化成元素名,另一方面是把读过来的以Bohr为单位的坐标转化成埃。为此,笔者写了个Fortran小程序genxyz.f90,编译好的可执行文件是压缩包里的genxyz。这个小程序稍微懂点编程的人都能看懂,就不解释了。xtb.sh以下两行就是调用genxyz把当前目录下的mol.tmp转化为mol.xyz
./genxyz
rm -f mol.tmp

之后,脚本根据读入的自旋多重度,将之减1,算出来-uhf后面的参数,然后根据当前任务需要的导数信息,来判断在调用xtb时是用-grad还是用-hess
uhf=`echo "$spin-1" | bc` #nalpha-nbeta
if [ $derivs == "2" ] ; then
echo "Running: xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --hess --grad > xtbout"
xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --hess --grad > xtbout
elif [ $derivs == "1" ] ; then
echo "Running: xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --grad > xtbout"
xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --grad > xtbout
fi

最后,xtb.sh如下调用笔者自编的extderi程序产生OutputFile文件。对应的源代码extderi.f90也很简单,就不解释了
./extderi $3 $atoms $derivs
extderi会读取xtb运行后在当前目录下产生的gradient、hessian文件,分别提取受力、Hessian信息,并且从xtbout文件中读取能量,然后输出到OutputFile中。传递给extderi的三个参数$3、$atoms、$derivs分别告诉这个程序要产生的OutputFile文件的文件名是什么、总共多少原子、要读取/写入哪些导数信息。

xtb.sh中还用了一些rm -f命令,用来删除xtb产生的各种文件,确保Gaussian运算后当前目录不残留多余的文件。


4 Gaussian与xtb联用搜索过渡态、做振动分析、产生IRC应用示例


注:以下数据用的是本文刚发布的时候的xtb程序算出来的,结果和最新版本xtb可能不同。

我们这里将Gaussian与xtb联用,搜索一下下图所示的环丙基卡宾异构化过程的过渡态


2.png


对应的Gaussian输入文件是本文压缩包里的TS.gjf,开头两行如下
%chk=mol.chk
#P opt(ts,calcfc,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh'

可见这里用的是常用的opt=TS方式搜索过渡态,因此输入文件里的结构应当是这个与实际过渡态比较像的过渡态初猜结构。opt里必须写nomicro,否则Gaussian在优化的时候会试图调用分子力学的optimizer去搞,达不到我们的目的。这里我们刻意保留了chk文件,因为这样的话之后做IRC、freq任务就可以直接用geom=allcheck从chk文件中读取已经优化好的过渡态结构来计算了。注意对于当前情况,不能在这里直接写opt freq,必须把opt和freq拆成两步做才行,否则freq任务会出错。另外,由于当前任务的能量、导数都调用xtb来算了,因此理论方法和基组就不需要写了。

我们确保机子里已经装好Gaussian了,xtb也已经配置好了从而可以直接通过xtb命令调用了,然后把TS.gjf、genxyz和extderi都放到当前目录下,运行诸如g09 < TS.gjf |tee TS.out,就开始计算了。

这里特别强调一点,如果你的Gaussian的Default.route里设的默认是并行做Gaussian计算的话,强烈建议改为串行计算(如果不想动这个文件就在.gjf文件里设%nproc=1),否则在Gaussian通过external方式调用外部脚本期间会造成很高无意义的CPU资源消耗,导致总耗时增加。

此任务收敛很顺利,13步就收敛了。找到的过渡态精度如何?下图上半部分是将Gaussian+xtb找到的过渡态(白线)与B3LYP/TZVP下找到的过渡态(红线)放在一起进行对比,已经按照《在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差》(http://sobereva.com/290)文中的做法将两个结构进行了Align使之最大程度匹配。下图下半部分是过渡态结构的球棍图,便于读者看清楚结构。

3.png


从上面的对比来看,GFN-xTB方法当初虽然没有特意考虑过渡态问题,但是优化过渡态的结果和较好精度的B3LYP/TZVP比,误差基本可以接受,至少定性正确。大家可以用Gaussian+xtb尝试用不同初猜搜索过渡态,等搜出来一个看着基本合理的过渡态,再用DFT去进一步优化(当然,Gaussian+xtb不是干这个的唯一选择,笔者也尝试了用PM7半经验方法优化这个过渡态,结果也一样定性正确,至于和Gaussian+xtb给出的结构孰优孰劣,从相对于B3LYP/TZVP结构的RMSD偏差上看半斤八两)

接下来再做一下振动分析,看看虚频情况。虽然xtb直接就能做振动分析给出振动频率,但是不便于观看振动模式,而通过Gaussian+xtb联用,结果就可以直接用gview看了。输入文件是本文文件包里的freq.gjf,内容只有两行,为
%chk=mol.chk
#P freq geom=allcheck external='./xtb.sh'
运行之,结果是压缩包里的freq.out。虚频模式的正则矢量如下
4.png


从振动动画上看,过渡态确实找对了。虚频大小是732cm-1,而B3LYP/TZVP下是686.7cm-1,PM7下是843.1cm-1,可见Gaussian+xtb的结果合理,而且误差比PM7明显更小。

最后,我们再走一下IRC。输入文件是本文文件包里的IRC.gjf,内容为
%oldchk=mol.chk
#P IRC(maxpoints=20,calcfc) geom=allcheck external='./xtb.sh'
这里用%oldchk是避免IRC任务改写之前的chk。用Gaussian执行之。gview看到的IRC如下

5.png

可见IRC曲线很光滑,而且所有点的结构都正常,证明Gaussian和xtb联用很成功。

虽然本文只测试了一个体系,但至少证明Gaussian+xtb用来粗略研究化学反应是充分可行的,值得在实际研究中广泛使用。不过对于普通有机体系,这种做法比起直接用Gaussian自带的PM6/PM7优势不显著。但碰到略诡异体系,预感半经验方法可能连定性正确结果也给不出的时候,则十分建议改用Gaussian+xtb。

最后提醒一下,虽然GFN-xTB往往很不错,但也别以为它的普适性和精度能和一般的DFT计算抗衡。例如优化Li2,M06-2X/def2-TZVP下结果是2.7064埃,实验值是2.6729埃,但xtb优化出来是2.2991埃,误差还是不小的,尽管比PM7优化出来的1.8106埃已经强得多了。

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发表于 2018-5-29 08:48:33 | 显示全部楼层
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2018-5-29 08:53 编辑

社长大作,牛! 越发的期待高级班了。

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发表于 2018-5-29 09:18:06 | 显示全部楼层
社长真是天才,全才!

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那个考了三年没考上的,不知道这次要几年

发表于 2018-5-29 10:06:26 | 显示全部楼层
社长写啥是根据自己兴趣来的,请愿啥的不好使,这几天非常想要一个这样的帖子。然后,这就来了……激动啊
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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发表于 2018-5-29 10:12:48 | 显示全部楼层
卢老师太强大了

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发表于 2018-5-30 22:05:44 | 显示全部楼层
请问opt=calcall或者irc=calcall也可以兼容这种方法吗?

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 楼主| 发表于 2018-5-30 23:17:57 | 显示全部楼层
smutao 发表于 2018-5-30 22:05
请问opt=calcall或者irc=calcall也可以兼容这种方法吗?

可以
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发表于 2018-5-31 00:07:16 | 显示全部楼层
谢谢

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发表于 2018-5-31 03:07:07 | 显示全部楼层
有个专门做几何优化和过渡态搜索的library叫DL-Find,以前做方法开发的时候还折腾过,结果发现效果相当一般,早知道Gaussian这个external功能就好了,毕竟Gaussian的几何优化模块还是很好用的...

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 楼主| 发表于 2018-8-1 05:14:55 | 显示全部楼层
由于Grimme在2018-Jul-13更新了一次xtb,输出的文件名和格式发生了变化,因此笔者对本文的代码和脚本进行了更新以兼容之,同时不再兼容2018-Jul-13以前的xtb版本
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发表于 2018-9-5 00:50:56 | 显示全部楼层
请问xtb支持外加电荷吗?

下面这个帖子问过 没搞懂 谢谢
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 76&fromuid=7918

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 楼主| 发表于 2018-9-5 04:15:33 | 显示全部楼层
pyscf 发表于 2018-9-5 00:50
请问xtb支持外加电荷吗?

下面这个帖子问过 没搞懂 谢谢

你可以试试红字的做法。我没试过

Appenix B: (incomplete) file description list

xtbopt.coord          : optimized coordinates
xtbopt.log            : optimization history (xyz in A)
scoord.<nnn>          : ensemble coordinates in TM format in siman or screen searches
xtbsiman.log          : same but one molden type xyz file
xtbscreen.log         : same but from -screen option      
xtbhess.coord         : optimized coordinates but distorted along imag modes
xtbpath.xyz           : reaction path (xyz in A)
xtb_mode*xyz          : output coords (xyz in A) from modefollowing
xtbrestart            : restart file (remove for clean restart)
wfn.xtb               : WFN file for stda spectra calculation
xtblmoinfo            : file for xTB-IFF intermolecular force-field
g98.out               : normal modes for visualization
hessian               : Hessian for input into TURBOMOLE or read by qmdff
                        if it exists, its read in opt. for ANC generation
                        (remove if unwanted)
xtb_normalmodes       : as the name says ...
xtb_localmodes        : ocalized normal modes
.xtb*ok*              : signal files for parallel runs
pcharge               : file with point charges (first line: # of PC followed by
                        one charge and xyz coordinates in Bohr per line)
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
对本文做了巨大更新,重写了对xtb使用介绍部分,以使内容和目前最新的2019-Feb-14版相符。
对本文的脚本做了更新,兼容了2019-Feb-14发布的xtb。但愿xtb以后别老改来改去了,上次更新就害得我重新更新了一次脚本,没想到刚过一个多月我又被迫重新更新一次本文的脚本。
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