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楼主 Author: sobereva
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[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-14 04:42:59 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-3-13 20:45
同时安装了Multiwfn和XTB,添加了环境变量export OMP_STACKSIZE=1000m后,在运行时出现了如下提示:
OMP_S ...

不是报错,不用管,没事
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发表于 Post on 2019-3-23 03:43:29 | 只看该作者 Only view this author
用GFNx-XTB来做反应 因为参数并没有对反应数据做拟合优化 误差会比较大 可能用来算反应不是很合适
B样条插值
个人专栏https://zhuanlan.zhihu.com/p/21936803

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-23 03:46:47 | 只看该作者 Only view this author
pyscf 发表于 2019-3-23 03:43
用GFNx-XTB来做反应 因为参数并没有对反应数据做拟合优化 误差会比较大 可能用来算反应不是很合适

虽然没有专门对计算势垒做考虑,但是根据GFN2-xTB原文的测试,计算结果比其它半经验方法以及DFTB都好。根据我的测试,优化过渡态结构也比较不错。所以据已知信息来看,算反应没什么大问题
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发表于 Post on 2019-3-25 17:36:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。我参考本文的做法,尝试用g16进行联用,但是输出报错显示Failed to open output file from external program。请问这是怎么回事呢?附件是Gaussian的输出文件。

TS.out

16.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 16

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-25 17:41:29 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-3-25 17:36
sob老师,您好。我参考本文的做法,尝试用g16进行联用,但是输出报错显示Failed to open output file from  ...

确认你用的xtb是目前最新版,而且接口文件也是刚在本文下载的
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发表于 Post on 2019-3-25 17:48:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-25 17:41
确认你用的xtb是目前最新版,而且接口文件也是刚在本文下载的

接口文件是刚刚下载的,xtb是3月4号收到的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-26 06:59:51 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-3-25 17:48
接口文件是刚刚下载的,xtb是3月4号收到的。

测试了,没问题,输出文件见附件。xtb是2019年3月18日的
TS.out (206.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

应该是你没用对,再照着帖子仔细检查下
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发表于 Post on 2019-3-26 16:33:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-26 06:59
测试了,没问题,输出文件见附件。xtb是2019年3月18日的

感谢sob老师,我又检查了一下,xtb和Gaussian单独使用都是正常的,但是联用好像就是一直不行,请问这种情况应该检查哪些文件或者步骤呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 04:34:31 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-3-26 16:33
感谢sob老师,我又检查了一下,xtb和Gaussian单独使用都是正常的,但是联用好像就是一直不行,请问这种情 ...

我能交代的在文中都尽可能交代清楚了,其它情况我也想不出来实在不行你就调试一下脚本,自行检查一下调用期间临时产生的那些文件,看看怎么回事
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发表于 Post on 2019-3-27 15:22:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 04:34
我能交代的在文中都尽可能交代清楚了,其它情况我也想不出来实在不行你就调试一下脚本,自行检查一下调用 ...

好的,谢谢sob老师了

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发表于 Post on 2019-3-28 03:41:25 | 只看该作者 Only view this author
从grimme最近的更新来看 xtb程序的定位好像要偏重构象扫描、NMR计算这种保留完整化学结构的计算
反应建模方面没有着重在弄
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-19 07:18:03 | 只看该作者 Only view this author
xtb今天这回更新居然又把输出格式给改了!
害得我又更新了一次脚本。现在本文的脚本已更新为对应2019-Apr-18的xtb了,不兼容老版本
这么折腾下去我要吐血了,这已经是为了兼容xtb第四次改脚本了!

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发表于 Post on 2019-4-23 11:43:46 | 只看该作者 Only view this author
求助:按照sob老师的教程编辑了用户目录下的.bashrc文件,出现了以下问题,该如何解决:
bash: /yyh/Downloads/xtb-190318/Config_xtb_env.bash: 没有那个文件或目录
专注于面向个人的量化问题解决,LAMMPS ReaxFF力场。一对一提供服务,本人个人电脑提供计算资源,双路8168,128G内存。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-24 02:56:22 | 只看该作者 Only view this author
447951397 发表于 2019-4-23 11:43
求助:按照sob老师的教程编辑了用户目录下的.bashrc文件,出现了以下问题,该如何解决:
bash: /yyh/Downl ...

仔细检查路径
有那个文件存在自然就没有这个报错
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发表于 Post on 2019-4-24 16:59:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-24 02:56
仔细检查路径
有那个文件存在自然就没有这个报错

感谢sob老师,确实是路径出了问题,问题已经解决
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