将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

fallleave · 发表于 Post on 2019-5-23 16:32:36

本帖最后由 fallleave 于 2019-5-23 21:14 编辑

发现只要gaussian输入文件中含Pt原子，一运行gaussian就会报错。

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-24 04:44:41

fallleave 发表于 2019-5-23 16:32
发现只要gaussian输入文件中含Pt原子，一运行gaussian就会报错。

写上UGBS关键词即可。这点我刚刚添加到本文文末了

fallleave · 发表于 Post on 2019-5-24 08:20:36

是在external后面写上UGBS吗？比如这样写：#P opt(ts,calcfc,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh'/UGBS

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-25 03:09:59

fallleave 发表于 2019-5-24 08:20
是在external后面写上UGBS吗？比如这样写：#P opt(ts,calcfc,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh'/UGBS

诸如#P opt(ts,calcfc,noeigen,nomicro) UGBS external='./xtb.sh'

fallleave · 发表于 Post on 2019-5-27 08:23:33

非常感谢sob老师。

lichengqiao · 发表于 Post on 2019-5-29 11:30:39

@Sobereva 卢老师，请教您一个问题，在单独使用xtb计算结合能的时候需不需要考虑bsse？xtb有没有基组的概念呀。谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-30 08:41:32

lichengqiao 发表于 2019-5-29 11:30
@Sobereva 卢老师，请教您一个问题，在单独使用xtb计算结合能的时候需不需要考虑bsse？xtb有没有基组的概念 ...

基组是方法自定义的
不用考虑BSSE

vigaryang · 发表于 Post on 2019-7-19 13:47:09

请教sob老师，我在安装xtb时遇到问题，搜索论坛帖子后未发现相关内容，因而打扰您了。我下载xtb后，按照http://sobereva.com/421的描述，解压到/home/programe/bin/xtb目录，然后到用户目录下vi ./basrc，在末尾加入了“source /home/program/bin/xtb/Config_xtb_env.bash”这句，退出编辑后source ./basrc。然后输入xtb命令，提示“segmentation fault”。我google了一下，得知这是“段错误”，但不知如何解决。尝试用root登录修改/home/programe/bin/xtb目录及其中所有文件的权限，设为777，仍然提示该错误信息。求教问题出在哪里，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-19 23:55:31

vigaryang 发表于 2019-7-19 13:47
请教sob老师，我在安装xtb时遇到问题，搜索论坛帖子后未发现相关内容，因而打扰您了。我下载xtb后，按照htt ...

文中说了，还有其它要做的事，诸如ulimit

vigaryang · 发表于 Post on 2019-7-20 14:36:11

sobereva 发表于 2019-7-19 23:55
文中说了，还有其它要做的事，诸如ulimit

感谢回复。我将文中提到的其它命令添加之后，运行xtb仍然提示segmentation fault。下面是我.bashrc文件中的相关部分：

###for xtb env
source /home/program/bin/xtb/Config_xtb_env.bash
export OMP_NUM_THREADS=8
export MKL_NUM_THREADS=8
export OMP_STACKSIZE=1G
ulimit -s unlimited
#

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-21 01:29:45

vigaryang 发表于 2019-7-20 14:36
感谢回复。我将文中提到的其它命令添加之后，运行xtb仍然提示segmentation fault。下面是我.bashrc文件中 ...

可能和操作系统兼容有问题，没有更多信息说不清楚。换个机子/系统再试

vigaryang · 发表于 Post on 2019-7-31 17:46:39

sobereva 发表于 2019-7-21 01:29
可能和操作系统兼容有问题，没有更多信息说不清楚。换个机子/系统再试

非常感谢sob老师。应该是您所说的原因。我在提问时所用的操作系统是SUSE，一直不能运行。后来改用虚拟机上的CentOS，就可以成功运行了。

dingniu2 · 发表于 Post on 2019-8-12 17:25:08

请问老师，运行中出现了Generating mol.tmp和Generating mol.xyz via genxyz，但之后出现错误“./xtb.sh: line 22: bc: command not found”。用的是xtb-190806版本。

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-13 07:05:10

dingniu2 发表于 2019-8-12 17:25
请问老师，运行中出现了Generating mol.tmp和Generating mol.xyz via genxyz，但之后出现错误“./xtb.sh: l ...

这是你的操作系统的问题，没有bc命令

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-25 02:02:36

给本文提供的接口做了一个英文页面：http://sobereva.com/soft/gau_xtb
引用的方式也有所改变，请注意本文第0节的说明

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