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楼主 Author: sobereva
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[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

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发表于 Post on 2019-9-11 01:42:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-25 02:02
给本文提供的接口做了一个英文页面:http://sobereva.com/soft/gau_xtb
引用的方式也有所改变,请注意本文 ...

老师,在学习操作的时候出现以下错误,检查不出来哪毛病.

TIM图片20190911014026.png (30.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 112)

TIM图片20190911014026.png

TS.out

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 09:18:25 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-9-11 01:42
老师,在学习操作的时候出现以下错误,检查不出来哪毛病.

报错提示在上头
光从这些我没法判断,使用步骤、对xtb程序版本的要求我都已经明确体现在文中了
在联用之前先确保能直接用xtb正常跑当前体系
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发表于 Post on 2019-9-11 14:43:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2019-9-11 15:06 编辑

老师,经我多次尝试,由于用的远程文件传输工具问题,导致接口文件传输过程格式变化,改用另一种传输格式,可以normal termination

TS.gjf

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TS.out

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发表于 Post on 2019-10-6 23:13:53 | 只看该作者 Only view this author
请问老师这种联用如何选择xtb中GFN-xTB理论的版本(0、1、2)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-7 07:10:37 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-10-6 23:13
请问老师这种联用如何选择xtb中GFN-xTB理论的版本(0、1、2)?

修改接口文件里调用GFN-xTB的命令
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-4 16:47:11 | 只看该作者 Only view this author
由于Git-hub上的xtb预编译版的包的内容有变,已更新本文里的xtb的安装过程
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发表于 Post on 2019-11-13 08:37:18 | 只看该作者 Only view this author
非常期待能有个windows编译版的xTB,以及她和高斯的接口。
另请问,那个过渡金属Sc的反应例子,用PM6-D3是否定性正确呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-13 22:05:07 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2019-11-13 08:37
非常期待能有个windows编译版的xTB,以及她和高斯的接口。
另请问,那个过渡金属Sc的反应例子,用PM6-D3是 ...

定性错误,明显结构偏得太厉害
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谢谢。

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发表于 Post on 2019-12-11 19:27:39 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-3-25 17:36
sob老师,您好。我参考本文的做法,尝试用g16进行联用,但是输出报错显示Failed to open output file from  ...

请问一下你这个问题最后解决了吗?我也碰到这个问题,请教一下,谢谢
留给自己点琢磨的时间。

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发表于 Post on 2020-1-8 14:02:46 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-3-25 17:36
sob老师,您好。我参考本文的做法,尝试用g16进行联用,但是输出报错显示Failed to open output file from  ...

这几个脚本都需要给运行的权限

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发表于 Post on 2020-1-13 23:47:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,关键词加上隐式溶剂模型可以吗?诸如#P opt(ts,calcall,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh' scrf=(smd,solvent=dichloromethane)
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欢乐多 发表于 2020-1-13 23:47
老师,关键词加上隐式溶剂模型可以吗?诸如#P opt(ts,calcall,noeigen,nomicro) external='./xtb.sh' scrf= ...

不可
要加也是在调用xtb的命令行里面加
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发表于 Post on 2020-2-10 19:28:58 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-2-12 19:45:40 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,近来碰到其它软件不加ulimit -s unlimited也不能运行,有的软件需要这个有的不需要,请问ulimit -s unlimited的作用是什么?

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