将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-13 17:37:55

dingniu2 发表于 2020-2-12 19:45
请问老师，近来碰到其它软件不加ulimit -s unlimited也不能运行，有的软件需要这个有的不需要，请问ulimit ...

去除堆栈内存使用限制
不同程序对堆栈内存使用不同

dingniu2 · 发表于 Post on 2020-2-14 15:40:31

sobereva 发表于 2020-2-13 17:37
去除堆栈内存使用限制
不同程序对堆栈内存使用不同

谢谢老师！

ttxx · 发表于 Post on 2020-3-4 22:39:27

请问，按照老师上面的一顿操作后，出现下面的错误，该怎么办？

ttxx · 发表于 Post on 2020-3-4 23:35:08

欢乐多发表于 2019-9-11 14:43
老师，经我多次尝试，由于用的远程文件传输工具问题，导致接口文件传输过程格式变化，改用另一种传输格式， ...

请问您后来是怎么传输的呢，也遇到同样的问题，但是怎么传输还是不对。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-5 03:05:07

ttxx 发表于 2020-3-4 22:39
请问，按照老师上面的一顿操作后，出现下面的错误，该怎么办？

确保是最新版本脚本、最新版本xtb

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-3-6 10:10:29

ttxx 发表于 2020-3-4 23:35
请问您后来是怎么传输的呢，也遇到同样的问题，但是怎么传输还是不对。

UTF-8和2进制更换一下试试

ttxx · 发表于 Post on 2020-3-6 10:52:07

本帖最后由 ttxx 于 2020-3-6 10:53 编辑

欢乐多发表于 2020-3-6 10:10
UTF-8和2进制更换一下试试

谢谢您，终于解决啦

ttxx · 发表于 Post on 2020-3-6 10:52:37

sobereva 发表于 2020-3-5 03:05
确保是最新版本脚本、最新版本xtb

谢谢您，解决啦

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-21 18:13:40

在本文安装xtb的地方增加了以下提示

注：根据我的诸多测试，发现xtb（至少对于GFN2-xTB真空下计算而言）做优化、动力学的速度在大约12核的时候就封顶了，用更多的核来并行对速度的提升微乎其微，某些情况下反倒速度还稍微变得更慢。因此，如果你的机子的物理核心数很多，比如三、四十核，那么建议把N设为12，同时跑多个任务来充分利用计算资源。如果你的CPU比如只有6核，那么N就设6核就好了。但是，如果你要做振动分析，那么用几十核还是值得的，比如36核速度可以达到12核的两倍出头（这是由于振动分析是基于有限差分做的，原理上并行效率可以做得较高）。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2020-5-22 20:48:47

在centos中尝试编译了xtb，现在yum install ninja-build之后如果要使用ninja，需要命令ninja-build，而不是ninja；看centos官网上看到有人在一月重新提交了ninja-build，不知道他怎么设置的。

tjuptz · 发表于 Post on 2020-6-20 14:25:23

sobereva 发表于 2020-3-21 18:13
在本文安装xtb的地方增加了以下提示

我最近做MD，发现cpu基本用到16，最终的wall time/cpu time基本也就是16。
另外，请问老师，我在/etc/profile里做的所有程序的环境变量，这个export OMP_NUM_THREADS=N也会对GMX生效，如果改成比较少的会影响其他的程序吧？
之前在.bashrc里的时候好像没对GMX生效来着，但是想着多用户就放在根目录下了。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 02:48:18

tjuptz 发表于 2020-6-20 14:25
我最近做MD，发现cpu基本用到16，最终的wall time/cpu time基本也就是16。
另外，请问老师，我在/etc/pr ...

有的程序有选项直接设置并行核数，此时计算不受OMP_NUM_THREADS影响。

tjuptz · 发表于 Post on 2020-6-21 08:20:32

sobereva 发表于 2020-6-21 02:48
有的程序有选项直接设置并行核数，此时计算不受OMP_NUM_THREADS影响。

谢谢老师提醒

msh_yi · 发表于 Post on 2020-7-7 13:49:50

大家好！想请教一下，如何联用Gaussian与xtb进行ONIOM计算。据我所知，sob老师的脚本主要可以用来搜索过渡态、产生IRC、做振动分析。当我尝试使用该脚本进行ONIOM时，会遇到问题（attempted to read past end of file）。我猜测在ONIOM计算中，*.EOu 文件中可能比Opt计算时须要跟多资料，然而ONIOM启用外来脚本不应就是为了Opt吗？谢谢

CYQ@ · 发表于 Post on 2020-11-17 11:18:30

sob老师，我想请教一下，可以在服务器集群上安装xtb吗？我尝试安装后，它报错内核太老，满足xtb程序所需的内核版本有要求吗？xtb6.3.3可以在linux内核版本为2.6.32上安装吗,或是如何查询xtb所满足的Linux系统版本呢
服务器上报错如下：
FATAL:kernel too old
segmentation fault

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