将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

sobereva

CYQ@ 发表于 2020-11-17 11:18
sob老师，我想请教一下，可以在服务器集群上安装xtb吗？我尝试安装后，它报错内核太老，满足xtb程序所需的 ...

xtb有对应old kernel的版本，装那个
要么你在你的服务器上基于源代码编译xtb

CYQ@

sobereva 发表于 2020-11-18 02:36
xtb有对应old kernel的版本，装那个
要么你在你的服务器上基于源代码编译xtb

好的，谢谢sob老师

元直

xtb算200个原子会比高斯快吗？用高斯跑实在太慢了

wzkchem5

元直 发表于 2021-1-7 16:06
xtb算200个原子会比高斯快吗？用高斯跑实在太慢了

不能笼统地这么问，取决于你用高斯跑的是分子力学、半经验还是从头算。
计算时间的顺序是 分子力学<半经验<从头算
精度的顺序也是 分子力学<半经验<从头算
xtb只能跑半经验，高斯三个都能跑。一般大家用高斯主要是跑从头算，这时xtb比高斯快特别多，但结果的可靠程度也低不少。但这么比较没有意义，因为比较的是不同的计算方法。

sobereva

元直 发表于 2021-1-7 16:06
xtb算200个原子会比高斯快吗？用高斯跑实在太慢了

但凡比较计算速度的时候，必须把所有细节都充分交代，一个因素的不同都有可能造成耗时相差几倍甚至一两个数量级
什么程序、什么计算级别、算什么任务、算什么体系，最起码这四点要说清楚

元直

sobereva 发表于 2021-1-7 23:48
但凡比较计算速度的时候，必须把所有细节都充分交代，一个因素的不同都有可能造成耗时相差几倍甚至一两个 ...

好的老师。我会注意。用高斯优化，C96石墨烯界面吸附锂电添加剂团簇，计算级别B3PW91/6-311++G(d,p)。目前耗时三周只出了一个优化结果，后期还要找过渡态。

sobereva

元直 发表于 2021-1-10 11:08
好的老师。我会注意。用高斯优化，C96石墨烯界面吸附锂电添加剂团簇，计算级别B3PW91/6-311++G(d,p)。目 ...

3-zeta基组优化根本没必要带弥散函数，瞎浪费巨额时间，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

B3PW91算这个还不加色散校正容易被吐槽。而且没有理由用B3PW91而不用更流行的B3LYP

CYQ@

sob老师，我想请教一下，xtb跑MD有续跑功能吗？我看了xtb的手册，用restart生成mdrestart文件可以用来重新启动MD模拟。但是生成的mdrestart文件要如何调用它完成续跑呢？

sobereva

CYQ@ 发表于 2021-1-22 10:57
sob老师，我想请教一下，xtb跑MD有续跑功能吗？我看了xtb的手册，用restart生成mdrestart文件可以用来重新 ...

restart=true

CYQ@

sobereva 发表于 2021-1-22 12:21
restart=true

好的，谢谢sob老师

乐平

sobereva 发表于 2020-3-4 21:05
确保是最新版本脚本、最新版本xtb

Sob 老师，我用 Intel 编译器编译了 xTB 6.4.0，然后下载了您的最新的Latest version：1.0.1 (Release date: 2020-Jul-5) gau_xtb 接口， xtb.sh

单独跑 xtb 可以正常运行。
但是按教程与 g16 联用找过渡态时报错

1. [huan@master gauxtb]$ g16 TS.gjf | tee TS.out
   
2. ./xtb.sh: line 11: cut: command not found
   
3. ./xtb.sh: line 11: sed: command not found
   
4. ./xtb.sh: line 11: cat: command not found
   
5. forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file /public2/wanghuan/xtb_tests/gauxtb/mol.tmp
   
6. Image              PC                Routine            Line        Source            
   
7. genxyz             0000000000406A4B  Unknown               Unknown  Unknown
   
8. genxyz             000000000041F4B8  Unknown               Unknown  Unknown
   
9. genxyz             0000000000404182  Unknown               Unknown  Unknown
   
10. genxyz             0000000000404062  Unknown               Unknown  Unknown
    
11. libc-2.17.so       00002B0F77F88C05  __libc_start_main     Unknown  Unknown
    
12. genxyz             0000000000403F69  Unknown               Unknown  Unknown
    
13. ./xtb.sh: line 19: rm: command not found
    
14. ./xtb.sh: line 21: rm: command not found
    
15. ./xtb.sh: line 22: rm: command not found
    
16. ./xtb.sh: line 26: bc: command not found
    
17. ./xtb.sh: line 29: xtb: command not found
    
18. forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit 10, file /public2/wanghuan/xtb_tests/gauxtb/xtbout
    
19. Image              PC                Routine            Line        Source            
    
20. extderi            00000000004075AB  Unknown               Unknown  Unknown
    
21. extderi            000000000042D442  Unknown               Unknown  Unknown
    
22. extderi            000000000040447A  Unknown               Unknown  Unknown
    
23. extderi            00000000004041E2  Unknown               Unknown  Unknown
    
24. libc-2.17.so       00002AE9301E3C05  __libc_start_main     Unknown  Unknown
    
25. extderi            00000000004040E9  Unknown               Unknown  Unknown
    
26. ./xtb.sh: line 39: rm: command not found
    
27. ./xtb.sh: line 40: rm: command not found
    
28. ./xtb.sh: line 41: rm: command not found
    
29. FIO-F-217/formatted read/unit=31/attempt to read past end of file.
    
30. File name = '/tmp//32598/Gau-32602.EOu',    formatted, sequential access   record = 1
    
31. In source file runexo.f, at line number 22
    
32. [huan@master gauxtb]$

复制代码

查看输出文件发现，TS.out, mol.tmp, mol.xyz, xtbout 都是空文件，如下：

1. [huan@master gauxtb]$ la
   
2. total 2.1M
   
3. -rw-rw-r-- 1 huan huan  771 Mar 23 11:34 TS.gjf
   
4. -rwxrw-r-- 1 huan huan 816K Mar 23 11:35 genxyz
   
5. -rwxrw-r-- 1 huan huan 925K Mar 23 11:35 extderi
   
6. -rw-rw-r-- 1 huan huan  0 Mar 23 20:52 mol.tmp
   
7. -rwxrw-r-- 1 huan huan 1.4K Mar 24 20:17 xtb.sh
   
8. -rw-rw-r-- 1 huan huan  0 Mar 24 20:23 TS.out
   
9. -rw-rw-r-- 1 huan huan 512K Mar 24 20:23 mol.chk
   
10. -rw-rw-r-- 1 huan huan  0 Mar 24 20:23 mol.xyz
    
11. -rw-rw-r-- 1 huan huan  0 Mar 24 20:23 xtbout
    
12. -rw-rw-r-- 1 huan huan  17K Mar 24 20:23 TS.gjf.log

复制代码

奇怪的是有另一个 TS.gjf.log 文件，查看最后 20 行内容，如下：

1. [huan@master gauxtb]$ tail -20 TS.gjf.log
   
2. ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000 ScalE2=  1.000000  1.000000
   
3. IRadAn=      5 IRanWt=     -1 IRanGd=            0 ICorTp=0 IEmpDi=  4
   
4. NAtoms=   11 NActive=   11 NUniq=   11 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
   
5. Integral buffers will be    131072 words long.
   
6. Raffenetti 1 integral format.
   
7. Two-electron integral symmetry is turned on.
   
8. Leave Link  301 at Wed Mar 24 20:23:33 2021, MaxMem=  8053063680 cpu:               0.1 elap:               0.1
   
9. (Enter /public1/apps/gs/g16c01/g16/l402.exe)
   
10. External calculation of energy, first and second derivatives.
    
11. Running external command "./xtb.sh R"
    
12.          input file       "/tmp//32598/Gau-32602.EIn"
    
13.          output file      "/tmp//32598/Gau-32602.EOu"
    
14.          message file     "/tmp//32598/Gau-32602.EMs"
    
15.          fchk file        "/tmp//32598/Gau-32602.EFC"
    
16.          mat. el file     "/tmp//32598/Gau-32602.EUF"
    
17. Generating mol.tmp
    
18. Generating mol.xyz via genxyz
    
19. Running: xtb mol.xyz --chrg 0 --uhf  --hess --grad > xtbout
    
20. xtb running finished!
    
21. Extracting data from xtb outputs via extderi
    
22. [huan@master gauxtb]$

复制代码

可以看到，xtb 运行结束，应该是 extderi 抓取数据出现问题。

会不会是这个帖子前面提到的，xtb 的格式又变了导致的接口错误？

sobereva

乐平 发表于 2021-3-24 20:48
Sob 老师，我用 Intel 编译器编译了 xTB 6.4.0，然后下载了您的最新的Latest version：1.0.1 (Release da ...

xtb 6.3能跑么？能的话应该是6.4.0又变了，又得改，麻烦...

星斗如盘

xtb对计算资源的要求较小，感觉完全可以在windows平台下跑，windows平台的gaussian可以调用xtb吗？

sobereva

星斗如盘 发表于 2021-4-26 14:54
xtb对计算资源的要求较小，感觉完全可以在windows平台下跑，windows平台的gaussian可以调用xtb吗？

自己写接口或许可以
没必要如此，用虚拟机也一点都不麻烦

星斗如盘

在linux虚拟机中使用xtb的接口，报错的原因是什么呢？输入文件为里面的示例文件