将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-15 19:06:13

星斗如盘发表于 2021-6-7 12:12
在linux虚拟机中使用xtb的接口，报错的原因是什么呢？输入文件为里面的示例文件

xtb没装好，没法通过xtb命令调用xtb程序

xxzj · 发表于 Post on 2021-10-27 20:13:06

老师，想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗，对大小有要求吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-27 20:30:55

xxzj 发表于 2021-10-27 13:13
老师，想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗，对大小有要求吗？

如果特别小（比如绝对值小于50 cm^-1），可以考虑加大格点之类的确认一下，看看是不是数值误差导致的假虚频。
如果特别大（比如绝对值大于3000 cm^-1），建议检查一下是不是计算有问题，比如没收敛之类的。
除此之外对大小没有要求

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-28 10:47:51

xxzj 发表于 2021-10-27 20:13
老师，想请问过渡态是只要有且只有一个虚频就可以吗，对大小有要求吗？

大小不是判断过渡态合理性的依据
以唯一虚频的振动方向来判断是否是你想要的

xxzj · 发表于 Post on 2021-10-28 21:13:24

sobereva 发表于 2021-10-28 10:47
大小不是判断过渡态合理性的依据
以唯一虚频的振动方向来判断是否是你想要的

收到，谢谢老师

xxzj · 发表于 Post on 2021-10-28 21:13:45

wzkchem5 发表于 2021-10-27 20:30
如果特别小（比如绝对值小于50 cm^-1），可以考虑加大格点之类的确认一下，看看是不是数值误差导致的假虚 ...

好滴，感谢老师

鱿鱼起司 · 发表于 Post on 2021-11-9 16:36:26

本帖最后由鱿鱼起司于 2021-11-9 16:37 编辑

老师，我在联用时出现了l402报错，具体细节如下。
高斯版本为G16 B.01，gau_xtb为在centos系统上直接下载的最新版，xtb分别尝试了6.4.1(最新版）、6.3.1、6.2.3，测试三个版本均可正常跑xtb的opt任务。
在使用例子中TS.gjf进行连用测试时，TS.out文件末尾如图片（与xtb的三个版本联用报错一样，图片为与xtb6.4.1版本联用out文件的截图）：

请问老师，该怎么处理，还是G16版本无法联用？

鱿鱼起司 · 发表于 Post on 2021-11-9 16:47:21

本帖最后由鱿鱼起司于 2021-11-10 08:47 编辑

鱿鱼起司发表于 2021-11-9 16:36
老师，我在联用时出现了l402报错，具体细节如下。
高斯版本为G16 B.01，gau_xtb为在centos系统上直接下载 ...

老师，解决了，之前报错是因为没给几个文件加权限。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-9 17:33:32

鱿鱼起司发表于 2021-11-9 16:47
老师，解决了，之前报错是因为没给几个文献加权限。

6.4.1不行吧，6.3.3是可以的

鱿鱼起司 · 发表于 Post on 2021-11-9 20:52:04

喵星大佬发表于 2021-11-9 17:33
6.4.1不行吧，6.3.3是可以的

我这用着没报错

zako · 发表于 Post on 2022-1-23 04:33:33

I would like to read the mentioned articles in this post, what's their DOI ?

vitalys · 发表于 Post on 2022-1-25 02:59:08

本帖最后由 vitalys 于 2022-1-25 03:00 编辑

thank you very much for the wonderful tutorial, but the process doesn't work in Windows OS, despite I'm using Cygwin, and I get the following error:

How can I solve this issue ?

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-26 01:32:55

vitalys 发表于 2022-1-25 02:59
thank you very much for the wonderful tutorial, but the process doesn't work in Windows OS, despite ...

Please use Linux, or install Linux guest system under VMware

nianbin · 发表于 Post on 2022-4-7 15:49:27

请问卢老师，这个接口可以做大分子体系使其中一部分使用xtb去算，另外重要的部分使用b3lyp/def2tzvp这样的组合去算吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-7 22:45:01

nianbin 发表于 2022-4-7 15:49
请问卢老师，这个接口可以做大分子体系使其中一部分使用xtb去算，另外重要的部分使用b3lyp/def2tzvp这样的 ...

不能
记得论坛里有个Gaussian的ONIOM结合xtb的脚本也许适合你

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析