将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

PESPES · 发表于 Post on 2023-7-23 16:06:51

sobereva 发表于 2023-7-21 22:03
不用管
用unset命令去掉KMP_STACKSIZE环境变量的定义也可以

在xtb.sh 中添加了unset KMP_STACKSIZE语句，OMP: Warning #182: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_STACKSIZE has been defined这行不显示了，但是normal termination of xtb依旧在屏幕上循环输出，这个该怎么解决呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-23 23:48:21

PESPES 发表于 2023-7-23 16:06
在xtb.sh 中添加了unset KMP_STACKSIZE语句，OMP: Warning #182: OMP_STACKSIZE: ignored because KMP_ST ...

自己改脚本，把xtb显示的这种信息重定向到/dev/null里避免显示

PESPES · 发表于 Post on 2023-7-24 15:21:16

sobereva 发表于 2023-7-23 23:48
自己改脚本，把xtb显示的这种信息重定向到/dev/null里避免显示

xtb mol.xyz --chrg $charge --uhf $uhf --hess --grad > xtbout 2>&1 进行了如下修改，程序运行后在屏幕上不显示了。谢谢sob老师

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2023-11-26 11:26:40

请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 200_Fe3O4.xyz --gfn 1 --opt tight -c 0 -u 5

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-26 20:12:09

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 11:26
请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 20 ...

xtb又不会自动给你优化里面每一帧的结构，当然得用molclus调用xtb

snljty2 · 发表于 Post on 2023-11-26 21:16:30

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 11:26
请问我用genmer产生了200个团簇构象，再用xtb优化，但是只优化一个结构就结束了怎么回事呀？
命令：xtb 20 ...

看卢老师博文《使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索》

技巧：利用crest程序节约xtb批量优化大量结构阶段的耗时

在前面文章中我们看到，Molclus结合xtb可以快速对xyz文件里记录的大批量结构进行快速优化。实际上这个阶段还可以明显节约时间，也就是利用crest程序。crest可执行程序在xtb的github页面上就能下载到。Molclus调用xtb时是对traj.xyz文件里的结构一个接一个来优化的，xtb在执行时是用OMP_NUM_THREADS环境变量指定的线程数做并行计算。而crest调用xtb来优化时，会同时启动OMP_NUM_THREADS个xtb程序同时对输入的xyz里的结构进行批量优化，每个xtb都只用单线程。crest这种方式调用xtb做批量优化的总耗时明显更低。

具体来说，运行以下命令就可以在GFN0-xTB级别下用normal几何优化收敛限（这是xtb默认的收敛限）对traj.xyz里所有结构进行优化：
/sob/crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -niceprint
其中/sob/crest是crest可执行文件路径，-niceprint代表计算过程中显示进度条。还可以用-chrg指定体系净电荷数，-uhf指定自旋，-g [溶剂名]指定溶剂模型。

计算完毕后在当前目录下得到了crest_ensemble.xyz文件，记录了优化后每一帧的结构和能量。从Molclus 1.9.3版开始，自带的isostat工具也能处理这个文件，当发现文件名里面有crest字样的时候就会自动以crest_ensemble.xyz文件的格式来读取内容，然后进行去重、排序并得到cluster.xyz。

用此做法对本文例子里高温MD跑完后的2000个结构用此方法优化，在笔者的Intel 36核机子上只花了11分钟，比起用Molclus调用xtb优化的时间节约了一个数量级。类似地，之后用GFN2-xTB在水模型下批量优化的那个阶段也可以借用crest来显著降低耗时。

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2023-11-26 22:34:16

sobereva 发表于 2023-11-26 20:12
xtb又不会自动给你优化里面每一帧的结构，当然得用molclus调用xtb

好的，老师，谢谢您。还有个问题我想请教一下您，我是在做单个四氧化三铁团簇的构象搜索，用的是Fe.xyz和O.xyz，分别为3和4个。但是genmer产生的结构质量很差，用molclus调用xtb去优化由于结构过于离谱优化100来个程序就崩溃了。请问在用genmer产生初始的结构时有什么建议吗？要做一些什么约束呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-27 02:14:08

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-26 22:34
好的，老师，谢谢您。还有个问题我想请教一下您，我是在做单个四氧化三铁团簇的构象搜索，用的是Fe.xyz和 ...

说清楚什么程序崩溃
molclus调用xtb优化，在优化过程中不收敛，不可能导致molclus崩溃

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2023-11-27 10:38:36

本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2023-11-27 10:50 编辑

sobereva 发表于 2023-11-27 02:14
说清楚什么程序崩溃
molclus调用xtb优化，在优化过程中不收敛，不可能导致molclus崩溃

xtb。您翻到s开头的附件后面有很多的 Error: Cannot find .xtboptok file! The task is failed! 文本末尾显示srun: error: g0503: tasks 0-11,13-23: Killed
我在论坛里搜了一下这个问题，看了环境配置都是对的，xtb.out也没看出来啥问题。我跑了您在一个文章中的6个Li的团簇搜索，完全没问题。麻烦您看看我这个是啥问题。

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-27 23:29:03

WOOOOWOOOO 发表于 2023-11-27 10:38
xtb。您翻到s开头的附件后面有很多的 Error: Cannot find .xtboptok file! The task is failed! 文本末尾 ...

                     *** Configuration    4  ***
Current date: 2023-11-27 Time: 10:13:57
Loading geometry       4 from the inputted trajectory file
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    6 s
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    5 s

                     *** Configuration    3  ***
Generating xtb.xyz file...
                     *** Configuration    4  ***

诸如以上信息都是错乱的，明显并行方式不当，肯定是同时运行了多个molclus进程，输出信息搅合在一起，结果能正常就怪了，运行效率不巨低就怪了

maximos · 发表于 Post on 2024-9-4 18:51:10

Is it possible to use the generated checkpoint file from optimisation (mol.chk) to run a DFT calculation (at B3LYP for ex) ? (I mean read geometry and wave function),
because i tried and didn't work.

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 11:02:28

maximos 发表于 2024-9-4 18:51
Is it possible to use the generated checkpoint file from optimisation (mol.chk) to run a DFT calcula ...

The chk file produced by this Gaussian+xtb running may be used to provide geometry for subsequent DFT calculation, but this running cannot provide wavefunction as initial guess for subsequent DFT calculation.

zako · 发表于 Post on 2024-9-5 20:04:08

Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gaussview "ex scrf=(solvent=thf)", or add solvent to xtb code using --gbsa ? what's best

imasen · 发表于 Post on 2024-9-5 22:31:25

zako 发表于 2024-9-5 20:04
Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gauss ...

It should be the latter. During the calculation process, Gaussian only acts as an optimizer, and all energy-related calculations are performed by the external program pointed to by the external keyword, so the energy-related settings are also external.

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-6 00:08:08

zako 发表于 2024-9-5 20:04
Dear Professor,
If we want to consider the solvent, what should we do ? add the solvent using Gauss ...

You should add option for xtb code like that you mentioned.

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[xtb] 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析