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[Multiwfn资源与经验] 使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

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发表于 2018-6-3 12:57:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-3

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在图像中表现原子电荷分布、原子自旋布居的时候通常都是将数值标在原子上面,但当原子很多的时候,就会导致图像上的数字密密麻麻,难以辨认,而且也不好直观去考察。有一种做法可以解决这个问题,就是通过原子的颜色来表现其原子电荷、自旋布居等属性的正负和大小,这样非常直观。在VMD程序中支持这种着色方式,在笔者之前一个文章中也利用过这种做法,见《将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法》(http://sobereva.com/365)。在笔者的《通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用》(http://sobereva.com/407)一文中也利用了原子着色方法,表现了各个原子对指定的弱相互作用的贡献。

Multiwfn程序主功能7在计算完原子电荷后可以导出记录原子坐标和原子电荷的.chg格式的文件,它和常见的.xyz格式的唯一区别是每个原子后面增加了一列,用于记录原子电荷。对于2018年6月3日及以后更新的Multiwfn程序,如果以这种.chg文件作为输入文件,那么在主功能100的子功能2当中可以导出.pqr格式。pqr格式和pdb格式关键差异在于多增加了两列,一列记录原子电荷,另一列记录原子半径。.pqr是可以直接载入到VMD程序中的,而且载入后可以直接根据原子的电荷值来着色。本文就举几个例子完整说一下操作,并且把这种做法用于展示原子自旋布居、原子电荷的变化、简缩福井函数上。

Multiwfn可以在其主页http://sobereva.com/multiwfn上免费下载,本文用的是2018年6月3日更新的3.6(dev)版。如果对Multiwfn不了解,看《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)和《Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途》(http://sobereva.com/184)。如果不了解原子电荷,看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)。本文用的VMD是1.9.3版,可以在http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/免费下载。

本文涉及到的各种文件可以在这里下载: file.rar (6.45 MB, 下载次数: 28)

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发表于 2018-6-20 14:03:13 | 显示全部楼层
sobereva老师,您好,我按照您说的方法将.chg文件转换成.pqr文件,我转换的是C4H8,都是按照您这个步骤下来的,但我转换成.pqr文件后,打开我自己转换的.pqr文件和您转换的.pqr文件比较,发现不一样,自旋布居那列显示都是为1,请问下老师我是哪里错了吗?我上传了我转换的C4H8.pqr的截图。
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 楼主| 发表于 2018-6-20 17:18:53 | 显示全部楼层
陈丢丢 发表于 2018-6-20 14:03
sobereva老师,您好,我按照您说的方法将.chg文件转换成.pqr文件,我转换的是C4H8,都是按照您这个步骤下来 ...


8成是你用的Multiwfn太老
最新版本在读入.chg后,用那个选项导出的才是.pqr,老版本导出的是pdb
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发表于 2018-6-20 21:10:43 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-6-20 17:18
8成是你用的Multiwfn太老
最新版本在读入.chg后,用那个选项导出的才是.pqr,老版本导出的是pdb

谢谢sobereva老师,我去官网下载了最新版本的Multiwfn,问题已解决。
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