AIM分析bond path显示问题

whtu · 发表于 Post on 2018-6-5 19:46:19

今天用Multiwfn做AIM分析，步骤如下：载入.fch文件->2->2->3->8->0，图形显示有一个bond path是连接着2个BCP点和一个原子(图中蓝色箭头指出)，请问：1）这样的情况是允许的吗？
2）在这种情况下，中间蓝色箭头所指的BCP点能否可以作为O23和H10之间的BCP点来分析？

谢谢。

whtu · 发表于 Post on 2018-6-5 21:59:01

还有一个类似的情况([C2MIm][BF4]离子液体)，按优化出来的结构，初步判断(从两原子间距离判断，两原子间距离~2.6 A)23号F原子和17/18号H原子应该会形成氢键，可是用Multiwfn进行AIM分析，结果却显示这些原子间并没有出现BCP点，请问我这个时候又如何判断23号F原子和17/18号H原子间是否存在氢键呢？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-6 04:00:53

1 这是可以存在的，类似于势能面二分的那种情况

2 分析这个BCP没什么意义，原子间离得太远，从化学直觉上就知道不会有什么显著的相互作用。对这种缺乏化学意义的BCP的存在性不应过度解释

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-6 04:02:20

whtu 发表于 2018-6-5 21:59
还有一个类似的情况([C2MIm]离子液体)，按优化出来的结构，初步判断(从两原子间距离判断，两原子间 ...

用RDG或IGM分析会好得多，见
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

很多明明存在不可忽视的弱相互作用的情况往往缺乏对应的BCP，所以不要把BCP太当回事，此文最后也说到了这点
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414

whtu · 发表于 Post on 2018-6-6 08:48:48

sobereva 发表于 2018-6-6 04:02
用RDG或IGM分析会好得多，见
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

好的，谢谢sob老师

whtu · 发表于 Post on 2018-6-8 09:53:13

sobereva 发表于 2018-6-6 04:02
用RDG或IGM分析会好得多，见
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407

sob老师您好。1. 我做了[C2MIm][BF4]离子液体的RDG分析，其散点图中显示spike对应的Sign(lambda2)*rho (即Function 1) ，而在http://sobereva.com/68这篇博文提到过，rho(r)的值是否小于0.005作为判断相互作用是否属于范德华作用的标准。从[C2MIm][BF4]的RDG填色图看，我感兴趣的原子间(2F...5H, 2F...3H, 1F...3H)等值面显示的是绿色，结合spike的Sign(lambda2)*rho我否可以说这些原子间有弱的氢键作用？

2. 另外我还做了[C2MIm][Tf2N]离子液体分析，但是从散点图上看，除了圈出来的两个spike较为明显一点，其他的分布感觉区分spike不是特别明显，那么从RDG填色图中我又怎么准确的区分我所敢兴趣的原子间(1F...3H, 2O...3H)的相互作用类型？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-9 03:52:04

whtu 发表于 2018-6-8 09:53
sob老师您好。1. 我做了[C2MIm]离子液体的RDG分析，其散点图中显示spike对应的Sign(lambda2)*rho (即Func ...

建议作图时候把depth cueing关掉，否则太朦胧

1 不好说是氢键，本身H带的电荷量就很少（碳的电负性不大），而且从C-H...F键角来看，键角也太大了，已经超过常规的键角判断标准（一般要求>150或>140度）

2 没必要太在意散点图。直接从填色图的颜色上就已经体现出sign(lambda2)rho大小了。

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