【作业帖】双路2686v4+1080Ti计算节点的装机和简单评测

steven · 发表于 Post on 2018-6-19 03:33:24

tomwong4253 发表于 2018-6-18 13:34
CPU不是全新的，全新的就得一万好几千了，而且全新没必要。挑的成色好的测试没毛病就行。
好久没装机了 ...

谢谢啦！

霜晨月 · 发表于 Post on 2018-6-20 16:50:20

“AMBER核心的pmemd部分有不少fortran代码，据社长等大佬测试，使用Intel编译器编译比使用gnu里的gfortran编译出来的pmemd模拟速度要快。”记得社长大人说的是AMBER14，ifort编译的amber比gfortran编译的快七倍。不过，我最近同时用gnu和intel 2015编译了AMBER18，实测pmemd.cuda两个版本的速度看不出有明显差别。sander和MPI版没测。仅供参考。

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-20 17:21:11

霜晨月发表于 2018-6-20 16:50
“AMBER核心的pmemd部分有不少fortran代码，据社长等大佬测试，使用Intel编译器编译比使用gnu里的gfortran ...

不同amber版本用的优化选项不同
我测的是很老的版本了
比如如果ifort用-O2，gfortran用-O0，那么必然前者吊打后者
反正有ifort尽量用ifort

savorw · 发表于 Post on 2018-7-19 12:17:04

tomwong4253 发表于 2018-6-15 22:52
对，预算限制没配128G，只配了64G，而且128G目前也没啥必要。
但内存一定要配够八条，这样CPU才都能开四 ...

四通道相对双通道对做Amber有明显提升和必要吗？本网那个测试是对用高斯QM计算而言的吧。如果内存带宽够大，双通道的，也能比CPU带宽高了,好象再上四通道也不一定就有计算性能的明显增长。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2018-9-3 09:52:29

savorw 发表于 2018-7-19 12:17
四通道相对双通道对做Amber有明显提升和必要吗？本网那个测试是对用高斯QM计算而言的吧。如果内存带宽够 ...

公社里确实没有人测过MD计算中双通道和四通道的影响。我自己主要有两方面考虑：第一是这个机器以后可能会算Gaussian，第二就是我个人理解即使AMBER计算也有2-3G的内存消耗的，内存性能对计算也是有影响的，四通道本身比双通道就是在带宽方面的明显优势，计算速度应该也会优于双通道。

granvia · 发表于 Post on 2018-9-3 13:53:59

tomwong4253 发表于 2018-9-3 09:52
公社里确实没有人测过MD计算中双通道和四通道的影响。我自己主要有两方面考虑：第一是这个机器以后可能会 ...

我准备进一套服务器，商家给双路cpu配的是4个32G的内存条，我跟他提起为什么不配8*16G的，他说“现在的内存技术不一样了，带纠错的成对就行。” 你看这么说靠谱吗？

savorw · 发表于 Post on 2018-9-14 11:12:12

tomwong4253 发表于 2018-9-3 09:52
公社里确实没有人测过MD计算中双通道和四通道的影响。我自己主要有两方面考虑：第一是这个机器以后可能会 ...

个人觉得带宽够大的话，再加也不见得有什么改善了。最近暑期也配了台双路服务器，测下来的结果是本网流传那个一定要加8根内存条并不见得就适用各种软件，甚至于对高斯各版本也不是这样，四通道和双通道有一定差距的主要是G16A03AUX2，对G09E01则相差不大。四通道计算速度并非优于双通道太多，更多可能是一种心理直觉吧。而对lammps这样程序，我们测了基本无差别，lammps主要依测于CPU数目。对于经费不足的话情况，可能双通道也就行了，个人觉得。对于不差钱经费充足，倒是无所谓可以多配些内存。不过就事论事，四通道未必就快很多。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2018-9-18 16:27:32

savorw 发表于 2018-9-14 11:12
个人觉得带宽够大的话，再加也不见得有什么改善了。最近暑期也配了台双路服务器，测下来的结果是本网流传 ...

感谢测试，其实这个双通道or四通道确实还是看计算所用的软件和计算任务。
我自己这边因为是小地方小学校，做计算的全校可能也就我一个，不是以前一个学校一堆课题组，分做QM做MD做其他的计算方向分的那么细致。我们这有时候指不定一个什么别的比如生物信息，大数据之类的计算任务就得用我这台机器，因此我就预先把该有的诸如四通道之类的东西弄好，省得后面麻烦了。公社里有些老师同学如果只从事某一类计算，那么应该按照自己特定的计算任务进行充分测试，来决定是否采用四通道or其它什么天花乱坠的计算设备。。。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2018-9-18 16:30:23

granvia 发表于 2018-9-3 13:53
我准备进一套服务器，商家给双路cpu配的是4个32G的内存条，我跟他提起为什么不配8*16G的，他说“现在的内 ...

可能服务器内存找16G的相对比较麻烦，也可能商家就是想从你这多hao点。参考上面的回答，建议你先用4×32G或8×16G跑你要做的计算测试性能，来决定怎么配内存。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2018-9-26 17:41:58

2686比之2690和2680如何？

abdoman · 发表于 Post on 2018-10-14 21:09:29

不知道GPU1080的噪音如何？

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-1-6 21:47:48

ChaosChiao 发表于 2018-9-26 17:41
2686比之2690和2680如何？

不太确定你说的参数，给个简单的判断：做并行化程度好的计算，看主频乘以核数的乘积，多核且主频高的是最好的，相应的也贵。如果有些不能并行或者并行程度低的计算，直接看主频就好。

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-1-6 21:48:17

abdoman 发表于 2018-10-14 21:09
不知道GPU1080的噪音如何？

GPU没啥噪音，一般来说这种跑作业的机器找个角落塞进去就够了

ltt_cfd · 发表于 Post on 2022-11-18 03:43:34

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