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[Material Studio] forcite的NPT错误,请问

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发表于 2018-7-9 12:29:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
我现在进行矿物和药剂之间作用机理。可是继续发生错误。请帮我!
Forcite
-------
Task             : Dynamics
Version          : 8.0
Build date       : Dec  5 2014
Host             : ZX-201805222241
Threads          : Parallel 2
Operating system : Windows
Task started     : Sun Jul 08 21:28:27 2018

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                        : NPT
Temperature                     : 298.00 K
  Control method                : NHL
  Q ratio                       : 0.1000000
  Decay constant                : 1.0000000 ps
Pressure                        : 1.01325e-005 GPa
  Control method                : Andersen
  Cell time constant            : 0.1000000 ps
Timestep                        : 0.10 fs
Number of steps                 : 100000
Duration                        : 10 ps
Initial velocities              : Random
Random number seed              : 1531056507

---- Energy parameters ----

Forcefield                      : Universal
Charges                         : Use current
Electrostatic terms:
  Summation method              : Group based
  Cutoff distance               : 20 A
  Spline width                  : 1 A
  Buffer width                  : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method              : Group based
  Cutoff distance               : 20 A
  Spline width                  : 1 A
  Long range correction         : YES
  Buffer width                  : 0.5 A


---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 384.625 kcal/mol*ps^2


Dynamics calculation - Aborting dynamics.
An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these.




Task terminated               : Sun Jul 08 21:28:29 2018
Total CPU time used by Forcite: 2 seconds (1.98s)

Termination status : Error

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公社社长

发表于 2018-7-9 12:55:45 | 显示全部楼层
MD之前先对结构做能量极小化,如果还不行,让温度从0K慢慢升上去,别一下子就298K
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发表于 2018-7-9 14:22:31 | 显示全部楼层
为什么用UFF力场啊,感觉你的体系用charmm或者ms自带的compass力场不是很好吗。截断半径20是怎么考虑的?截断半径要小于盒子的一半,防止周期性带来的影响。另外,如果建立的是周期性岩石表面代表矿物,不能采用npt系综,因为,两个方向尺寸无法变化,应该采用NPzT系综

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 楼主| 发表于 2018-7-11 00:53:55 | 显示全部楼层
sobereva老师,hdmd老师,您们的回答感谢!
可是几次做过,可是每次发生同样的error。别的办法没有吗?
再来告诉我。谢谢

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Level 5 (御坂)

发表于 2018-7-11 02:59:40 | 显示全部楼层
阁下是日本人?说话老是谓语放最后。

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发表于 2018-7-11 09:40:35 | 显示全部楼层
本帖最后由 hdmd 于 2018-7-11 15:43 编辑
kut_jks 发表于 2018-7-11 00:53
sobereva老师,hdmd老师,您们的回答感谢!
可是几次做过,可是每次发生同样的error。别的办法没有吗?
...

体系方便截图看一下吗,另外我上面说的,是不是周期表面?盒子尺寸?等等考虑了吗
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