单个金属离子的优化问题

renlangfen · 发表于 Post on 2018-7-17 22:21:41

大家好，最近在研究物质对金属离子的吸附能，E（吸附能）=E(吸附产物)-E(底物)-E（金属离子），每次算出来的结果都很大，达到负的几百kcal/mol，金属离子是不是直接用高斯进行优化的，只要注意电荷和自旋就可以了吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-17 23:39:40

单个原子不可能优化，能优化啥？
至少得有俩原子才能优化

renlangfen · 发表于 Post on 2018-7-18 08:26:07

老师您好，那单个金属离子的能量怎么才能得到呢？问题有点傻，希望老师指点迷津。

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-18 09:01:09

renlangfen 发表于 2018-7-18 08:26
老师您好，那单个金属离子的能量怎么才能得到呢？问题有点傻，希望老师指点迷津。

直接算单点就完了
如果要算热力学数据（此体系的平动运动会对热力学数据产生贡献），再加个freq

renlangfen · 发表于 Post on 2018-7-18 12:40:25

感谢老师

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2019-8-17 10:42:27

sobereva 发表于 2018-7-18 09:01
直接算单点就完了
如果要算热力学数据（此体系的平动运动会对热力学数据产生贡献），再加个freq

那老师我想问一下，采用高斯计算，li,Na,K这样金属的单点能，那么选择什么样的泛函和基组比较合适呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-17 15:28:59

Jaydu1996 发表于 2019-8-17 10:42
那老师我想问一下，采用高斯计算，li,Na,K这样金属的单点能，那么选择什么样的泛函和基组比较合适呢？

如果要求极高精度，甭用DFT，用CCSD(T)。基组cc-pVQZ（对于K此基组没定义，用cc-pVQZ-PP或def2-QZVP）或更高

Jaydu1996 · 发表于 Post on 2019-8-19 21:48:29

sobereva 发表于 2019-8-17 15:28
如果要求极高精度，甭用DFT，用CCSD(T)。基组cc-pVQZ（对于K此基组没定义，用cc-pVQZ-PP或def2-QZVP）或 ...

谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较合适

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-20 22:22:37

Jaydu1996 发表于 2019-8-19 21:48
谢谢老师，目前我用的是b3lyp，要求倒也不是很高吧，就是想考察它的溶剂化能的时候算单点能看看什么比较 ...

M06-2X就够了

csu-77 · 发表于 Post on 2022-10-31 22:54:05

看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2+的自旋多重度计算为4、6、3

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-10-31 23:58:10

csu-77 发表于 2022-10-31 15:54
看了上面sob老师说的，单个金属原子直接算单点能就好，下面是我的计算文件，想问下合理不？Co2+、Mn2+、Ni2 ...

到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算过渡金属体系，参见http://sobereva.com/272

csu-77 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:09:05

本帖最后由 csu-77 于 2022-11-1 14:26 编辑

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem=64GB
%nproc=64
%chk=P204-Ni-P204.chk
# opt b3lyp/tzvp em=gd3 formcheck

P204-Ni-P204

0 3
P                -2.95349700 -0.11592200 -1.08893400
O                -1.71817900 0.30700100 -1.91741200
O                -2.44197900 -0.21999500 0.37624500
Ni             -0.56617600 0.13017100 -0.26357900
。
。
。

参考的一篇文章https://doi.org/10.1016/j.seppur.2019.116325，用的是B3LYP，所以就直接用了，感谢老师提醒，我看下您推荐的文章

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:40:02

csu-77 发表于 2022-11-1 07:09
那麻烦再问下老师，对金属配合物（萃取二价金属离子得到的）进行几何优化时，需要将电荷改成2嘛？
%mem= ...

按配合物的总电荷判断

csu-77 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:44:26

wzkchem5 发表于 2022-11-1 14:40
按配合物的总电荷判断

中性，那就是0了，多谢老师

csu-77 · 发表于 Post on 2022-11-9 10:40:49

本帖最后由 csu-77 于 2022-11-9 14:40 编辑

wzkchem5 发表于 2022-10-31 23:58
到底要算离子还是原子？你这些输入文件算的都是中性原子，要算离子得把电荷改成2
以及B3LYP不是太适合算 ...

麻烦再问下老师，我看了您推荐的基组选择文章和一些人的建议，PBE0更适合Gaussian中过渡金属体系的计算，由于首次用这个基组，提交任务时一直报错，提示是关键词写入错误，还望老师指正错误

%mem=64GB
%nproc=64
%chk=MAP-Co-MAP.chk
# opt freq pbe0/tpssh em=gd3 formcheck

MAP-Co-MAP

0 4
P                -2.14138700 -1.31109400 -0.10498100
O                -1.78178000 -0.02616000 -1.08496700
O                -0.77137700 -1.32809800 0.80099600
Co             -0.04905500 0.27198900 -0.14750000
O                0.68061700 1.87347000 -1.09254700
O                1.68676200 0.55379600 0.78321700
P                2.05913300 1.83398200 -0.19910100
O                2.45620500 3.23997200 0.64927600
O                3.41476000 1.66805600 -1.17248800
C                4.74381500 1.39737200 -0.70979700
C                4.99653500 0.41750200 0.26270100
C                6.33007400 0.15085700 0.60815200

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