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[Gaussian/gview] 高斯多步任务计算输入文件书写格式求助

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发表于 2018-7-18 02:43:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师,您好!
抱歉我这次没有去试过,我在手册上看到高斯运算的多步文件的书写格式,所以猜想是否可以这样书写,想麻烦老师您指点一下,
高斯手册中多步任务的书写如图1,于是我仿造写了TS和IRC两个任务计算的文件,如图2,请问这样写是否正确呢?(我比高斯手册例子少写了Geom=Check,是不是要把Geom=Check Guess=Read都写进去呢? )TS和IRC计算有一定先后顺序(计算完TS,根据TS所找到的过渡态结构计算对应的IRC),请问如果这两个任务并没有关联性,例如优化A分子,在优化B分子,这时,多步任务的书写是否是这样的呢?如图3
可以在冒昧的问一下,Geom=Check Guess=Read的分别是什么意思吗?,

图1

图1

图2

图2

图3

图3

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发表于 2018-7-18 06:35:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-7-18 12:15 编辑

“抱歉没有试过”为什么不试?有打那么多字的时间(以及拿画笔一行一行涂那半天)换个小分子的任务及过渡态早就试完了,分文件运行和多步计算的输出文件一对比马上就知道。都有人一字一句把手册翻译成中文给你了,是还要把Geom=Check Guess=Read的含义复制粘贴过来才看?

用--link1--和分成两个任务先后连续运行没有区别。

(你的大部分信息根本没盖住,都知道是什么字体,一个字符漏俩像素出来就匹配个差不多。涂这半天看着都累还没什么用。。。用黑方块多好?以及说实话你就7个原子,都是“一般元素”,个人着实不认为有任何保密的必要)

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发表于 2018-7-18 08:28:48 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2018-7-18 06:35
“抱歉没有试过”为什么不试?有打那么多字的时间(以及拿画笔一行一行涂那半天)换个小分子的任务及过渡态 ...

N系列orS系列的工作,得保密~~

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 楼主| 发表于 2018-7-18 21:39:01 | 显示全部楼层
本帖最后由 风飞 于 2018-7-18 21:40 编辑
liyuanhe211 发表于 2018-7-18 06:35
“抱歉没有试过”为什么不试?有打那么多字的时间(以及拿画笔一行一行涂那半天)换个小分子的任务及过渡态 ...

我不是一个伸手党,我的4核笔记本正在进行计算,以经开了两个高斯了(我长时间没不在身边,想多利用时间,),再算一个,我感觉我的电脑会卡死了,我正好在看高斯,想到了多步计算,于是就问了,由于特殊原因,我一天白天基本不能做计算,只能晚上回来看看,至于关键词guess=read,Geom=Check和我在高斯手册中搜索过,说实话,我觉得看的不是很明白,但是接触了一段时间的计算化学,我猜想是第个是是读取波函数的初始猜测,第二个是读取check文件中结构,但是想确认一下,刚回来,我计算一下,

我刚刚试了一下,输入文件如下,发现不能进行多任务计算,只有opt。chk文件,没有freq的chk文件。也就是发现只进行了第一个计算
opt+freq.png
请问可能的原因是?

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发表于 2018-7-18 21:56:05 | 显示全部楼层
风飞 发表于 2018-7-18 21:39
我不是一个伸手党,我的4核笔记本正在进行计算,以经开了两个高斯了(我长时间没不在身边,想多利用时间 ...

1.

Snap2.png

2. (这与你不能进行多步任务无关,但现在的输入真启动了多步任务会报错)上贴说了,--link1--等价于先后运行两个文件。你运行你的link1之后的命令时是一个新的chk文件,显然这样没有任何信息可以联系到你前一步的结果。


P.S. 与其说是条件问题,不如说是态度问题。见得多了。


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 楼主| 发表于 2018-7-19 06:19:55 | 显示全部楼层
liyuanhe211 发表于 2018-7-18 21:56
1.

2. (这与你不能进行多步任务无关,但现在的输入真启动了多步任务会报错)上贴说了,--link1--等价 ...


那您的意思是说,我这样的写法,高斯不能算完一个任务后,自动的切换到下一个任务

我在百度上搜索到如下写法,发现加上去以后还是不能让高斯算完上一个任务后,自动切换到下一个任务
小木虫.png opt+freq.png
怎样写才能让高斯算完一个任务后自动切换到下一个任务呢?

您说--link1-不能实现任务的自动切换到下一个任务,那高斯手册中的多步任务,是怎么回事呢?

再次感谢!


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发表于 2018-7-19 09:55:55 | 显示全部楼层
1.png 2.png

PS:看里面对百度的评价
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北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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发表于 2018-7-19 10:30:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 dreamyeye 于 2018-7-19 10:39 编辑
风飞 发表于 2018-7-19 06:19
那您的意思是说,我这样的写法,高斯不能算完一个任务后,自动的切换到下一个任务

我在百度上搜索到 ...

您Link前面写了两条横线,为什么后面还只是一条横线呢?无论是您搜到的网上的例子还是帖子中其他人给您的例子(5楼1.后面的大图显示得很清楚)都是两条横线,您就是复制过去,也是两条横线,可您只有一条。

P.S. 把优化过渡态和算IRC放在一起计算没有必要,如果过渡态优化错了,那IRC也没有必要算了。而且算两个任务,指形成一个输出文件,找第一个任务的输出信息,有时候还不方便。如果第一个任务出错,第二个也不会继续算了。不如用批处理。

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埋進雨裡聽海的呼吸

发表于 2018-7-19 15:52:14 | 显示全部楼层
本帖最后由 Shine剪水 于 2018-7-19 15:53 编辑
让你变成回忆 发表于 2018-7-18 08:28
N系列orS系列的工作,得保密~~

N or S 的话应该找专业的理论与计算化学课题组合作 随便算算有些对自己论文结论不负责吧 建议找合作来负责计算部分的内容
奔跑吧 驕傲的少年

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 楼主| 发表于 2018-7-19 20:08:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 风飞 于 2018-7-19 20:10 编辑
dreamyeye 发表于 2018-7-19 10:30
您Link前面写了两条横线,为什么后面还只是一条横线呢?无论是您搜到的网上的例子还是帖子中其他人给您的 ...
嗯,好的,谢谢,横线我是按照手册中的复制过来的,而且在接下来的计算过程中我也尝试改变,结果还是一样的,只计算了第一步
,其实主要原因是我现在经常不在电脑身边,想算完了,就继续算,希望能多利用时间,所以才想着自动算的,我这边算TS之前已经用相对的小基组处理过了,并且也成功跑过了IRC,现在是用大基组进行再次精确,所以想这样做

再次感谢

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发表于 2018-7-19 20:15:20 | 显示全部楼层
风飞 发表于 2018-7-19 20:08
嗯,好的,谢谢,横线我是按照手册中的复制过来的,而且在接下来的计算过程中我也尝试改变,结 ...

两条横线应该可以了。

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 楼主| 发表于 2018-7-19 20:30:26 | 显示全部楼层
本帖最后由 风飞 于 2018-7-19 20:32 编辑
sobereva 发表于 2018-7-19 09:55
PS:看里面对百度的评价
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355

老师:您好!已经看完,谢谢老师,说实话我以前刚开始学高斯得时候,是受了百度得毒害,解决502.和999等错误,很多时候都是按照上面加关键词,但是不知道为什么,弄得做计算特别得迷茫和无力感,自从加了您的公社群,进了你得这个论坛,我真得学到了很多东西,谢谢您!但是我也得澄清一下,其实基本上每次问的时候,我基本上都去先去论坛上搜索,是真的没有搜到,我才发帖问的,以前我有固定电脑时,有问题,我还会去搜索群里得聊天记录,但是现在我手里得电脑不是我的,只是暂时用来计算一下,所以也没有去把您的群记录下载下来看(其实我记得您之前在群里也回答过相同得问题)。其实真的感觉这样做了,也许也不会弄得这么狼狈
再次感谢

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 楼主| 发表于 2018-7-19 20:35:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 风飞 于 2018-7-19 20:52 编辑
dreamyeye 发表于 2018-7-19 20:15
两条横线应该可以了。

好的,我再试试,谢谢您

我重新算了,发现可以了,但是感觉之前似乎改过这个问题,可能是我用了百度上错误方法改的,结果还是出错了,我现在可以了,突然感觉就跟魔术一样,谢谢!

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发表于 2019-6-12 09:44:35 | 显示全部楼层
让你变成回忆 发表于 2018-7-18 08:28
N系列orS系列的工作,得保密~~

来自小白的好奇请教,N系列和S系列指啥工作呀。。。

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发表于 2019-6-12 20:07:39 | 显示全部楼层
胡桃木 发表于 2019-6-12 09:44
来自小白的好奇请教,N系列和S系列指啥工作呀。。。

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