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[波函数分析求助] Gaussian 09w Revision-A.02 能不能安装NBO 5 进去?

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最近想用NBO5 计算,不知道能不能在windows系统的G09里面安装进NBO 5 或 6?请高手指教,感激不尽!!

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发表于 Post on 2015-5-6 13:45:52 | 只看该作者 Only view this author
可以先生成 .47 文件,然后用NBO5导入.47文件计算就好了,
生成.47文件的方法如下:
#p b3lyp/3-21g pop=nboread

Title Card Required

0 1
O                 -0.06557377   -0.47540983    0.00000000
H                  0.89442623   -0.47540983    0.00000000
H                 -0.38602836    0.42952600    0.00000000

$NBO ARCHIVE FILE=H2ONBO47 $END

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-6 14:35:12 | 只看该作者 Only view this author
diaolanxinyu 发表于 2015-5-6 13:45
可以先生成 .47 文件,然后用NBO5导入.47文件计算就好了,
生成.47文件的方法如下:
#p b3lyp/3-21g pop= ...

谢谢你的回复,计算完47文件,然后GENNBO要怎么设置呢?直接导入计算就行吗?我是想看看分子的轨道,不知道能不能用GV看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-6 14:40:30 | 只看该作者 Only view this author
我添加了47文件出现下面错误呢,这个47,文件正常计算完也会得到log文件吗?怎么看结果呢?

QQ图片20150506154120.jpg (78.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

QQ图片20150506154120.jpg

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发表于 Post on 2015-5-6 17:17:54 | 只看该作者 Only view this author
xiemin821 发表于 2015-5-6 14:35
谢谢你的回复,计算完47文件,然后GENNBO要怎么设置呢?直接导入计算就行吗?我是想看看分子的轨道,不知 ...

看分子轨道和NBO完全无关,gview载入chk文件后直接就能看,也可以用Multiwfn看,见《使用Multiwfn观看分子轨道》(http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=462
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2015-5-6 17:19:04 | 只看该作者 Only view this author
xiemin821 发表于 2015-5-6 14:40
我添加了47文件出现下面错误呢,这个47,文件正常计算完也会得到log文件吗?怎么看结果呢?

你的.47文件有毛病。
算完了会产生后缀为.nbo的文件,用文本编辑器打开即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-7 09:31:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-6 17:19
你的.47文件有毛病。
算完了会产生后缀为.nbo的文件,用文本编辑器打开即可。

谢谢sob老师的回复,我计算的是己烷的离子,不知道怎么搞的老是有问题,sob老师能帮我看看吗?谢谢!!

%chk=l6_nbo.chk
%mem=200MW
%nprocshared=2
#p opt pop=nboread uPBE1PBE/6-31+g(d) Density=Current

THF1

1 2
C                 -2.49520156    0.68138195    0.00000000
H                 -2.13854713   -0.32742805    0.00000000
H                 -2.13852872    1.18578014    0.87365150
H                 -2.13852872    1.18578014   -0.87365150
C                 -4.03520156    0.68140092    0.00000000
H                 -4.39185548    1.69021109    0.00019557
H                 -4.39187412    0.17717157   -0.87374908
C                 -4.54854411   -0.04479925    1.25726399
H                 -4.19189671   -1.05361172    1.25706409
H                 -4.19186448    0.45942539    2.13101289
C                 -6.08854411   -0.04476991    1.25726998
H                 -6.44519123    0.96404260    1.25766488
H                 -6.44522397   -0.54882497    0.38342332
C                 -6.60188594   -0.77121393    2.51439338
H                 -6.24516668   -0.26718644    3.38823985
H                 -6.24527759   -1.78004014    2.51397430
C                 -8.14188594   -0.77112498    2.51443381
H                 -8.49860434   -1.27515087    1.64058606
H                 -8.49855850   -1.27586337    3.38788893
H                 -8.49849451    0.23770114    2.51485454

$NBO ARCHIVE FILE=l6 $END

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发表于 Post on 2015-5-7 10:32:07 | 只看该作者 Only view this author
xiemin821 发表于 2015-5-7 09:31
谢谢sob老师的回复,我计算的是己烷的离子,不知道怎么搞的老是有问题,sob老师能帮我看看吗?谢谢!!
...


把优化任务最后一个结构写成单点输入文件再生成.47文件。如果还不行,再把那个单点输入文件贴出来。
density=current是多余的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-7 12:01:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-7 10:32
把优化任务最后一个结构写成单点输入文件再生成.47文件。如果还不行,再把那个单点输入文件贴出来。
d ...

还是错误呢
Structure accepted: RESONANCE keyword permits strongly delocalized structure

           --- Apparent excited state configuration ---
The following "inverted" NBO labels reflect the actual hybrid overlap:

                 NBO 135 has been relabelled BD

Unable to label the NBOs properly:  25 unstarred orbitals
                                     24 occupied orbitals
Error
Error termination via Lnk1e in /usr/local/intel/g03/l607.exe at Thu May  7 12:47:18 2015.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 47.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     28 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

输入文件

%mem=200MW
%nprocshared=2
#p pop=nboread ub3lyp/6-31+g(d)

THF1

1 2
C                 -3.10195600   -0.24174000   -0.00011100
H                 -3.19935100   -0.85926800    0.89571500
H                 -3.19895400   -0.85951300   -0.89580900
H                 -3.92259400    0.50083100   -0.00038900
C                 -1.82703200    0.62327300    0.00005000
H                 -1.75688200    1.24782400   -0.89260100
H                 -1.75708100    1.24777200    0.89275300
C                 -0.62455800   -0.45225000    0.00014200
H                 -0.69420100   -1.07243300    0.89535000
H                 -0.69423300   -1.07262500   -0.89493000
C                  0.62455800    0.45225100    0.00002000
H                  0.69414900    1.07249800   -0.89514600
H                  0.69428500    1.07256000    0.89513400
C                  1.82703200   -0.62327300   -0.00002000
H                  1.75695400   -1.24780300   -0.89269100
H                  1.75700800   -1.24779300    0.89266300
C                  3.10195600    0.24174000   -0.00005700
H                  3.19918700    0.85937400    0.89571200
H                  3.92259400   -0.50083100   -0.00010100
H                  3.19911700    0.85940600   -0.89581200

$NBO ARCHIVE FILE=L5NBO47 $END

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发表于 Post on 2015-5-7 17:20:34 | 只看该作者 Only view this author
已测试,NBO5也处理不了,但是NBO6能正常分析。NBO6地址:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=489

先用此输入文件产生.47文件。SKIPBO用来跳过NBO分析部分免得直接就报错了

  1. #p pop=nboread ub3lyp/6-31+g(d)

  2. THF1

  3. 1 2
  4. C -3.10195600 -0.24174000 -0.00011100
  5. H -3.19935100 -0.85926800 0.89571500
  6. H -3.19895400 -0.85951300 -0.89580900
  7. H -3.92259400 0.50083100 -0.00038900
  8. C -1.82703200 0.62327300 0.00005000
  9. H -1.75688200 1.24782400 -0.89260100
  10. H -1.75708100 1.24777200 0.89275300
  11. C -0.62455800 -0.45225000 0.00014200
  12. H -0.69420100 -1.07243300 0.89535000
  13. H -0.69423300 -1.07262500 -0.89493000
  14. C 0.62455800 0.45225100 0.00002000
  15. H 0.69414900 1.07249800 -0.89514600
  16. H 0.69428500 1.07256000 0.89513400
  17. C 1.82703200 -0.62327300 -0.00002000
  18. H 1.75695400 -1.24780300 -0.89269100
  19. H 1.75700800 -1.24779300 0.89266300
  20. C 3.10195600 0.24174000 -0.00005700
  21. H 3.19918700 0.85937400 0.89571200
  22. H 3.92259400 -0.50083100 -0.00010100
  23. H 3.19911700 0.85940600 -0.89581200

  24. $NBO SKIPBO ARCHIVE FILE=c:\L5NBO47 $END
复制代码

这是结果

L5NBO47.out (172.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-7 18:25:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-7 17:20
已测试,NBO5也处理不了,但是NBO6能正常分析。NBO6地址:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthrea ...

好的 谢谢,但是我对于out文件有些问题,请指教,感激不尽
1.   Population inversion found on atom  C  1
     Population inversion found on atom  C  5
     Population inversion found on atom  C  8
     Population inversion found on atom  C 11
     Population inversion found on atom  C 14
     Population inversion found on atom  C 17
这个是什么意思呢?

2. 为什么我计算的是一个分子,他分析给分成三段了呢?为啥分成这三段呢?

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发表于 Post on 2015-5-7 18:54:57 | 只看该作者 Only view this author
xiemin821 发表于 2015-5-7 18:25
好的 谢谢,但是我对于out文件有些问题,请指教,感激不尽
1.   Population inversion found on atom  C ...

1 并不代表结果错误。它说明占据数高低顺序与能量高低顺序不符。如果是低阶里德堡轨道占据数稍微大了一点点而导致的,那没关系,如果是里德堡轨道有较高占据数,说明此时的密度是激发态密度。
2 NBO根据BD划分unit,被BD相连的原子都当成同一个unit。NBO判断是否存在BD本来就有很大局限性,超过占据数阈值则有否则则没有。所以不要太把NBO当回事。很多人过高估计NBO的合理性和用处了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-8 08:32:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-7 18:54
1 并不代表结果错误。它说明占据数高低顺序与能量高低顺序不符。如果是低阶里德堡轨道占据数稍微大了一点 ...

懂了一点,多谢指点

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-5-27 15:16:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-5-7 17:20
已测试,NBO5也处理不了,但是NBO6能正常分析。NBO6地址:http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthrea ...

Sob老师 不好意思,我想问下NBO5.9能算我的这个吗?因为在国外,不好意思叫他们用盗版的

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发表于 Post on 2015-5-27 23:05:42 | 只看该作者 Only view this author
可以
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