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[综合交流] ABCluster 2.0 版发布 (新功能:施加电场,跨节点并行等)

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发表于 2018-7-31 12:44:45 | 显示全部楼层 |阅读模式

ABCluster是一款强大方便高效的用于搜索团簇全局和局部极小点的软件,自推出以来已成功地应用于多个研究工作。现在(2018年8月1日)ABCluster推出大更新2.0版,这版有很多重大更新:

  • 对于rigidmol-optimizer, ABCluster 可以为分子团簇施加外加电场
  • 对于isomer和lego,初始结构的产生算法有了大大改进,例如移除原子碰撞,粗略优化等。搜索效率有了质的提升
  • isomer和lego可以跨节点并行
  • 对于isomer和lego,提供了DMol3的接口。(感谢Mr. Kai Wang).

下载地址: http://www.zhjun-sci.com/software-abcluster-download.php


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发表于 2018-8-1 01:13:25 | 显示全部楼层
雪中送炭啊

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真 掘墓者

发表于 2018-8-1 16:51:03 | 显示全部楼层
冷大姐威武
圣诞刨坟忙

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发表于 2018-8-1 19:14:21 | 显示全部楼层
对于离子簇 给某个方向上加电场真的是复印!!!!!!!

给张老师鞠躬!

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发表于 2018-8-2 23:49:47 | 显示全部楼层
谢谢!
要是有在服务器上如何安装使用的详细教程就好了。。
1.5.1的版本尝试用了,但花了两个星期没有在服务器上运行成功(原谅小白边学脚本边尝试调用服务器上的g09或g16计算。。。)

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 楼主| 发表于 2018-8-4 12:31:43 | 显示全部楼层
laomalao 发表于 2018-8-2 23:49
谢谢!
要是有在服务器上如何安装使用的详细教程就好了。。
1.5.1的版本尝试用了,但花了两个星期没有在 ...

什么样的服务器?

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发表于 2018-8-6 06:33:12 | 显示全部楼层
coolrainbow 发表于 2018-8-4 12:31
什么样的服务器?

学校的计算平台,CentOS 7
上面装好了高斯G09,G16,orca等。

1. 我自己的地址是 /work/...
2.调用G09的脚本是:
#!/bin/tcsh
#$ -cwd
#$ -N NAMEofJOB
#$ -pe mp 2
#$ -j y
#$ -l h_rt=198:00:00
#$ -l mem_free=8G
#Gaussian
module load g16
setenv GAUSS_SCRDIR $TMPDIR
#
g16 < NAMEofJOB.gjf > NAMEofJOB.log
#



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 楼主| 发表于 2018-8-7 11:30:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 coolrainbow 于 2018-8-7 11:32 编辑
laomalao 发表于 2018-8-6 06:33
学校的计算平台,CentOS 7
上面装好了高斯G09,G16,orca等。

可以试试这个方法。脚本写成:

文件名:submit.pbs
#!/bin/tcsh
#$ -cwd
#$ -N NAMEofJOB
#$ -pe mp 2
#$ -j y
#$ -l h_rt=198:00:00
#$ -l mem_free=8G
#Gaussian
module load g16
setenv GAUSS_SCRDIR $TMPDIR
#
fn=filename
g16 < ${fn}.gjf > ${fn}.log
#



文件名:jobhold.sh
#!/bin/bash

# Submit and get job ID.
me=`whoami`
jobid=`qsub submit.pbs | tail -n 1`

# Detect if the job is finished.
sleep_time=10 # in second
jobstate="Q"
while [ -n "${jobstate}" ]
do
    sleep ${sleep_time}
    jobstate=`qstat -u ${me} | grep ${jobid}`
done

你的inp中的>>>>写为:
>>>>
xyz2gaussian optfile $inp$ > $xxx$.gjf
sed -i '12c fn=$xxx$' submit.pbs
./jobhold.sh
gaussian2xyz $xxx$.log > $out$
rm $xxx$.gjf $xxx$.log
>>>>

然后就可以通过PBS调用Gaussian了。不过具体脚本可能需要根据你的作业系统的表现来修改。以上脚本在我这里的作业系统通过。

具体解释可以参见:http://www.zhjun-sci.com/docs/abcluster/ABCluster-pbs-ZH.pdf

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发表于 2018-8-8 17:17:48 | 显示全部楼层
很有意思的程序,能否简单介绍下外加电场的原理呢?Gaussian中的field关键词可以做类似的工作,但体系在加了电场优化以后,分子构型不会发生很大变化。
尝试寻找ABCluster 的原始文献未遂。谢谢~

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发表于 2018-8-9 02:21:30 | 显示全部楼层
coolrainbow 发表于 2018-8-7 11:30
可以试试这个方法。脚本写成:

文件名:submit.pbs

非常感谢!这两天我又尝试了下使用,还是遇到了问题。

1.isomer mol.inp > mol.out出现了这个错误:
isomer: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by isomer)
2. isomer中所有的“GLIBCXX_3.4.21”替换为’GLIBCXX_3.4.19‘
3.运行isomer mol.inp > mol.out出现新的错误:VT102VT102
-bash: VT102VT102: command not found


请问还有救不

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发表于 2018-8-9 06:51:26 | 显示全部楼层
smooth85 发表于 2018-8-8 17:17
很有意思的程序,能否简单介绍下外加电场的原理呢?Gaussian中的field关键词可以做类似的工作,但体系在加 ...

电场影响的是势能面形状。由于优化只会优化到初猜结构附近的极小点,电场不太大的话,对极小点结构影响往往也不大。如果你加电场做个动力学,由于热运动能够跨越势垒,往往就会明显看到电场对团簇结构的影响。
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 楼主| 发表于 2018-8-14 21:34:06 | 显示全部楼层
laomalao 发表于 2018-8-9 02:21
非常感谢!这两天我又尝试了下使用,还是遇到了问题。

1.isomer mol.inp > mol.out出现了这个错误:

你是怎么“替换的”?把isomer二进制文件里的字符串改了?这可不行。你需要安装最新版本的GCC,这样新版本的libstdc++.so.6就包含GLIBCXX_3.4.21了

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 楼主| 发表于 2018-8-14 21:39:10 | 显示全部楼层
smooth85 发表于 2018-8-8 17:17
很有意思的程序,能否简单介绍下外加电场的原理呢?Gaussian中的field关键词可以做类似的工作,但体系在加 ...

这个功能是2018年7月底加的, 原始文献里面没有。具体来是就是势能面里加了一个能量项。以下公式来自手册2.0:
x.png

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发表于 2018-10-10 16:38:34 | 显示全部楼层
本帖最后由 局部的人 于 2018-10-10 16:43 编辑

张老师 有几个问题咨询一下:
1. 在abcluster2.0-ppt.pdf P48中强调了 如果使用外加电场作构型搜索,体系中不可以存在带电成分,即便总体系电荷为0也不可以 请问这个原因是什么?
2. emmmmm之前咨询其他老师的时候提到 如果根据这个势能面的添加项看,阴离子并不会影响外加电场,所以我跑来再问一下张老师 是不是阴离子也不能使用这个功能。。。
3. 张老师准备继续开发2.1版本。。。允许对带电体系的优化么

谢谢!!!

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 楼主| 发表于 2018-10-11 01:31:48 | 显示全部楼层
局部的人 发表于 2018-10-10 16:38
张老师 有几个问题咨询一下:
1. 在abcluster2.0-ppt.pdf P48中强调了 如果使用外加电场作构型搜索,体系 ...

对于量子化学计算,只要整体电荷为0,电场下的优化就能稳定,因为电荷可以在不同的片段间分布。

对于分子力学计算,比如rigidmol-optimizer,因为电荷不能在分子片间分布,所以存在电场时,单独带电荷的东西会跑到无穷远降低能量,所以会被拆散。

“阴离子并不会影响外加电场”这个话我没有明白是什么意思。

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