CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题

youyno · 发表于 Post on 2019-10-16 11:18:21

liujodan 发表于 2019-10-16 09:15
youyno老师您好，请问向我这个文件夹中，没有找到graph.popt,是不是没有编译上呢？还请指点，谢谢

graph.popt应该在和cp2k.popt所在的同一个文件夹内

liujodan · 发表于 Post on 2019-10-16 14:57:14

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

youyno老师您好,graph.pop 文件问题已经解决，请问自由能单位a.u.是 Ha吗？

youyno · 发表于 Post on 2019-10-16 20:19:58

liujodan 发表于 2019-10-16 14:57
youyno老师您好,graph.pop 文件问题已经解决，请问自由能单位a.u.是 Ha吗？

是的！

liujodan · 发表于 Post on 2019-10-17 08:35:01

youyno 发表于 2019-10-16 20:19
是的！

感谢回复，另外想请教一下，使用restart输出文件中的 -1.rastart 文件和-2000.restart （2000步输出）文件有什么区别吗? 从结果上看好像比较相似。

highlight · 发表于 Post on 2019-10-17 08:59:00

liujodan 发表于 2019-10-17 08:35
感谢回复，另外想请教一下，使用restart输出文件中的 -1.rastart 文件和-2000.restart （2000步输出）文 ...

当然不一样，你到第 2000 步和到最后一步，加过的 hills 数量肯定不一样吧，高斯展开出来的结果能完全一样才奇了怪了。

liujodan · 发表于 Post on 2019-10-19 20:49:55

highlight 发表于 2019-10-17 08:59
当然不一样，你到第 2000 步和到最后一步，加过的 hills 数量肯定不一样吧，高斯展开出来的结果能完全一 ...

感谢

，初学METAD 请多指教

liujodan · 发表于 Post on 2019-10-19 20:54:45

youyno 发表于 2019-10-16 20:19
是的！

谢谢 youyno 老师，另外，还有一个问题想请教，我在做METAD时，设置了6 个 COLVAR，跑完后，想通过graph.popt进行FES分析，graph。popt最多能输入 CV个数为2，当CV大于2时就出错，还请请教是什么原因

youyno · 发表于 Post on 2019-10-28 10:01:24

liujodan 发表于 2019-10-19 20:54
谢谢 youyno 老师，另外，还有一个问题想请教，我在做METAD时，设置了6 个 COLVAR，跑完后，想通过graph ...

你打开COLVAR.log和HILLs.Log文件看看是不是有6个CV

413 · 发表于 Post on 2019-10-30 14:42:47

youyno 发表于 2019-10-16 11:18
graph.popt应该在和cp2k.popt所在的同一个文件夹内

您好，请教一个问题哈。
我现在在跑一个分子的metadynamics，variable是两个键长，我设置了数值为正的scale之后发现两个键长均往较大的方向变化。请问scale的正负是否代表了键长变化的方向？或者怎么处理才能使键长只往减小的方向变化？

youyno · 发表于 Post on 2019-10-30 15:22:50

413 发表于 2019-10-30 14:42
您好，请教一个问题哈。
我现在在跑一个分子的metadynamics，variable是两个键长，我设置了数值为正的sc ...

调节R0控制键长变化趋势，如果两个原子已经成键需要断掉就把R0设置成比当前键长大的距离，如C-C键1.5埃，需要断掉就设置成2.1埃，相反，两个没有成键的原子需要成键就可以将R0设置成成键键长。

413 · 发表于 Post on 2019-10-30 20:42:56

youyno 发表于 2019-10-30 15:22
调节R0控制键长变化趋势，如果两个原子已经成键需要断掉就把R0设置成比当前键长大的距离，如C-C键1.5埃， ...

调节R0？就是初始结构的意思吗？
还有别的方法吗？

highlight · 发表于 Post on 2019-10-30 20:59:52

本帖最后由 highlight 于 2019-10-31 08:03 编辑

413 发表于 2019-10-30 20:42
调节R0？就是初始结构的意思吗？
还有别的方法吗？

他说的应该是使用配位数作 CV 的情况：

https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/COLVAR/COORDINATION.html

你的情况或许是使用了键长作 CV，所以没有 R0。
至于通过 SCALE 的正负影响键长的想法，我认为从理论上看就不可能。
如果你确实需要限制 CV 的变化范围，WALL 关键词可能会有点用。

https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/MOTION/FREE_ENERGY/METADYN/METAVAR/WALL.html

413 · 发表于 Post on 2019-10-30 22:21:00

highlight 发表于 2019-10-30 20:59
他说的应该是使用配位数作 CV 的情况：

你的情况或许是使用了键长作 CV，所以没有 R0。

请问WALL里面，POSITION指的是什么坐标？x？y？z？

highlight · 发表于 Post on 2019-10-31 08:09:19

413 发表于 2019-10-30 22:21
请问WALL里面，POSITION指的是什么坐标？x？y？z？

413 · 发表于 Post on 2019-10-31 09:12:50

highlight 发表于 2019-10-31 08:09
CV，先看看这里吧
https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1

谢谢您提供的链接。想请教下比如2000步的fes结果和3000步的fes结果，是不是3000步的fes一定会比2000步的合理？

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