如何找含15个氨基酸的多肽在gas phase中最稳定构象

IIIO_OIII

如题所述，我需要找到含有15个氨基酸的多肽在气态中最稳定的构象 。多肽中有四个酸性氨基酸，五个碱性氨基酸，多肽整体上携带一个正电荷。请问有前辈做过类似的吗，什么样的步骤最合理？
我现在做的方式是：用软件MOE建好直链的多肽，让它整体上有一个正电荷。然后用NAMD在真空中跑MD，每一步0.5fs，总共20ns。然后取能量最低的十个构象用PM6优化。然后再用DFT优化。
这个过程中我有些问题。整体上一个正电荷，可以：五个碱性的和N端都加氢，四个酸性的和C端都掉氢 （全带电），最简单。也可以让某些氨基酸带电，某些不带电，整体一个正电荷。排列组合起来有很多种情况。所以不知道各位有什么建议？
另外，如果让一些氨基酸不带电，比如精氨酸或天冬氨酸，拓扑文件里，它们默认是带电的，给每一个原子加上partial charge。不带电的氨基酸，我是不是需要编辑过的拓扑文件？
半经验法优化的时候，我有些犹豫是用AM1，PM3还是PM6. 这篇文献：https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ct4003916，里说AM1能最好的预测Gas Phase Acidity，（参考 Table 4），所以也请各位前辈指点。多谢！

sobereva

模拟步长没必要那么小。最小到1fs也足够用了
气相时候氨基酸肯定不带电，否则极度不稳定，必须设成中性状态的结构和电荷。

你的情况应当跑模拟退火，每一轮对应0K的结构提出来用于之后的量化优化

PM6根本不能像样地描述弱相互作用，该用什么看
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
这年头用AM1和PM3算这个根本没法用，肯定被审稿人要求重算。十几年前用这个可能还算勉强能接受。

IIIO_OIII

sobereva 发表于 2018-8-7 07:37
模拟步长没必要那么小。最小到1fs也足够用了
气相时候氨基酸肯定不带电，否则极度不稳定，必须设成中性状 ...

多谢社长指点！带电不带电，其实我很困惑。有您这句话，心里踏实多了。

IIIO_OIII

社长好，我刚接触分子模拟不久，摸索了一周才写出一个可以运行的模拟退火命令。我把它附在这里了，能麻烦您帮我看看有什么问题吗？

我是这样设计的：步长 1fs，初始结构是长链展开的，先优化结构 10ps，然后进入温度变化。 温度从298K开始，以1K/ps的速度升温200度到498K，再以同样的速度降回到298K，得到的结构优化10ps，然后输出。接着进入下一个升降温过程，重复一千遍，得到1000个构象。

然后取这1000个中能量最低的二十个作半经验优化。

非常感谢！！

sobereva

IIIO_OIII 发表于 2018-8-11 06:02
社长好，我刚接触分子模拟不久，摸索了一周才写出一个可以运行的模拟退火命令。我把它附在这里了，能麻烦 ...

看不到你的图或者文件，怎么贴图或上传文件看置顶的新人必读贴

我不用NAMD，具体命令我不清楚。随便找个小体系用当前设定跑跑，监控下温度变化就知道是否正常

结构优化是没有时间的概念的。
到了498K的时候，最好保持几百ps，让结构能在高温下跑一跑，再逐渐降回298K。升温可以快一点来省时间，但降温建议慢一点，这样有更大几率回到最小点附近结构。

别只取20个做半经验优化，为稳妥最好取50~100个。

IIIO_OIII

sobereva 发表于 2018-8-11 07:04
看不到你的图或者文件，怎么贴图或上传文件看置顶的新人必读贴

我不用NAMD，具体命令我不清楚。随便找 ...

多谢社长指导。上一个回复我也已经改正，能看到附件了。