半经典分子动力学程序PROGDYN使用教程

ccq · 发表于 Post on 2020-10-19 10:28:42

Accelerator 发表于 2020-10-14 18:01
progdyn.conf里有注释相应的解决办法，在关键字里加上iop(3/124=3)，使得对于较大的分子输出文件的格式统 ...

收到！谢谢老师！老师我还有一个问题想请教您，我的程序无法跑到starting proggen这一步骤，在diagnostics中显示只停留在了第二步的starting prog2ndpoint，是否也是因为原子坐标的问题呢？

ccq · 发表于 Post on 2020-10-19 10:50:38

Daniel_Arndt 发表于 2020-10-15 01:35
我之前用过的一个办法是将“scf=nosymm”改成“Symmetry=None”，当时解决了这个问题。但具体是什么原因 ...

谢谢老师！我尝试用了geom=printinputorient关键词解决了以上问题！

zwy2020 · 发表于 Post on 2021-8-6 15:42:57

请问这个程序的公开链接在哪？好想找不到了
网盘链接也失效了。。。。,在个人专栏也找不到噶

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2021-8-7 12:29:59

zwy2020 发表于 2021-8-6 15:42
请问这个程序的公开链接在哪？好想找不到了
网盘链接也失效了。。。。,在个人专栏也找不到噶

程序作者Daniel A. Singleton的使用了progdyn的文章里面会在Supporting Information部分附上代码。

zwy2020 · 发表于 Post on 2021-8-7 19:02:03

Daniel_Arndt 发表于 2021-8-7 12:29
程序作者Daniel A. Singleton的使用了progdyn的文章里面会在Supporting Information部分附上代码。

嗯嗯，找到了，还有一些问题，希望请教您

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-8-10 19:14:03

有PROGDYN编译后的安装包吗？

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-8-10 19:20:48

本帖最后由星斗如盘于 2021-8-10 19:35 编辑

sobereva 发表于 2020-4-16 13:49
其实用Gaussian的BOMD也可以做同样的准经典动力学模拟，感觉用起来更清爽和省事。只需通过shell循环就可以 ...

这个具体怎么操作呢？我使用ADMP，通过shell循环了100次，结果100次的结果都一样。

以前尝试过用xtb跑动力学，循环100次是可以得到不同的结果，不过使用xtb不能更改计算水平。现在想在b3lyp-D3/6-31g(d)水平下跑一下过渡态

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-10 19:34:25

星斗如盘发表于 2021-8-10 19:20
这个具体怎么操作呢？我使用ADMP，通过shell循环了100次，结果100次的结果都一样。

ADMP和BOMD的情况完全不同，我前面说的是BOMD
Gaussian里的ADMP没法等效地实现

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-8-10 19:43:37

sobereva 发表于 2021-8-10 19:34
ADMP和BOMD的情况完全不同，我前面说的是BOMD
Gaussian里的ADMP没法等效地实现

使用IOp(1/44=N)，N设置为多少比较合适呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-11 02:43:02

星斗如盘发表于 2021-8-10 19:43
使用IOp(1/44=N)，N设置为多少比较合适呢？

随意
这只是个随机数种子，不懂什么叫随机数种子的话google一下便知

Kikyou · 发表于 Post on 2022-5-16 18:46:06

求一下软件的下载链接

Accelerator · 发表于 Post on 2022-5-18 17:11:45

本帖最后由 Accelerator 于 2022-5-18 17:16 编辑

Kikyou 发表于 2022-5-16 18:46
求一下软件的下载链接

Kikyou · 发表于 Post on 2022-5-18 17:48:42

Accelerator 发表于 2022-5-18 17:11
链接: https://pan.baidu.com/s/10sUwJgdqZ4v1tUxaP2ogiQ?pwd=munm 提取码: munm

收到，谢谢老师！

baobaoxiaoqizi · 发表于 Post on 2023-3-30 20:19:10

想请教一下，初始的freqinHP频率文件是只包含了一个结构吗？还是要先给过渡态不同的初始速度，生成多个起始结构呢？这部分是怎么操作的呢？

Accelerator · 发表于 Post on 2023-3-30 22:09:10

baobaoxiaoqizi 发表于 2023-3-30 20:19
想请教一下，初始的freqinHP频率文件是只包含了一个结构吗？还是要先给过渡态不同的初始速度，生成多个起始 ...

只需一个。初始速度和初始结构是自动生成的

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