半经典分子动力学程序PROGDYN使用教程

baobaoxiaoqizi

Accelerator 发表于 2023-3-30 22:09
只需一个。初始速度和初始结构是自动生成的

十分感谢您的回复，理解了。
还有一个问题，我尝试您的算例跑动力学，但是发现总是报错，看了log文件的输出信息，发现内存不够:
Out-of-memory error in routine RdGeom-AllZAt (IEnd=      21250090 MxCore=      20000000)
Use %mem=23MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /data/home/baoly/soft/g16/l101.exe at Mon Apr 10 20:09:43 2023.

而且命令行:
%nproc=1
Will use up to    1 processors via shared memory.
%mem=20000000，
这与progdyn.conf文件所设置的内存数和核数不一致，不知道是哪里出现的问题，想向您请教。
[网盘链接：https://pan.baidu.com/s/17_3u5n1NzAG_qpXc1UAeqA  提取码：i43t]

youxx189

Accelerator 发表于 2019-3-21 13:29
抱歉才看到，网盘链接已经在ls更新

您好  请问现在有安装包嘛？求！

黑胡桃

楼主好，我最近用到这个程序，但是出现了报错。我看了一下，应该是初始的构象读取出错了，所有原子都在一个位置。但是我看了freqinHP文件是没有问题的，所有的路径应该也是对的不知道哪里出问题了