关于gromacs的top文件的问题？

虔诚的人

大家好，我有这样一个疑问：
      比如，我的体系有10片石墨烯，我的top文件中的键角参数等只需要写1片石墨烯的参数就行，然后分子数目为10；那么如果我将10片石墨烯分子的键角等参数以同样的方式写入top文件，那么分子数目设为1即可。使用一样的模拟方法，模拟体系能量的变化曲线，几乎重合。
      我想问，后者方法是想把10片石墨稀当做一个石墨分子处理。
请问这位老师，朋友，这样做合理吗？

xiaowu759

我觉得这样做是合理的

虔诚的人

xiaowu759 发表于 2018-8-24 15:24
我觉得这样做是合理的

谢谢

sobereva

有N个相同分子的情况，最佳做法是在[moleculetype]里定义一个分子的信息，然后top里把这种分子数设为N，而不是把所有N个分子写在一个moleculetype里，而top里把这个”分子“设为1
两种做法虽然结果相同，但前者优雅得多，而且[moleculetype]里信息量较少，改起来也方便

虔诚的人

sobereva 发表于 2018-8-24 16:34
有N个相同分子的情况，最佳做法是在[moleculetype]里定义一个分子的信息，然后top里把这种分子数设为N，而 ...

是的，sob老师。谢谢老师提点。