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[Gaussian/gview] 观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法

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发表于 2015-5-10 20:36:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法

文/Sobereva @北京科音   2015-May-10


众所周知,用gview打开Gaussian优化任务的输出文件时,只要选了Read Intermediate Geometries复选框后再打开文件,就可以看到几何优化的轨迹,对于了解优化过程中结构是怎么变化的非常重要。但是,经常在播放优化轨迹时会看到结构突然跳变,比如瞬间发生大幅翻转然后又变回去,给考察结构变化带来了很大不便。比如下图是优化丙烷阳离子的过程,可见优化过程中分子发生了数次左右翻转,令人不悦

1.gif

出现这类情况的原因是因为Gaussian默认情况下会把每一步的结构旋转平移成标准朝向(Standard orientation)所致的,有的时候优化过程中结构稍微变化一点,由于巧合,被弄到标准朝向后和上一步的坐标可能看上去朝向变化甚巨,即出现跳变。虽然用nosymm关闭对称性,也就不会被Gaussian自动搞到标准朝向了(弄到标准朝向的本意就是为了能够利用对称性),优化轨迹看上去也就变得连续了,但是这样的话就没法利用对称性加速计算了,显然不是什么好法子。
2017-Jul-1补充:G16已经解决了此文示例的180度翻转的问题。但是由于相同原因导致突变比如90度,笔者发现G16起码A.03还是没能解决。

实际上,优化过程的每一步中,不仅输出Standard orientation坐标,还输出Input orientation坐标,这个是相对于初始输入文件里的朝向的坐标。gview对优化过程读取的是Standard orientation的坐标,这是可能出现跳变的,只要让gview改成读取Input orientation坐标,就可以避免优化轨迹出现跳变。

不过gview并没有提供选项来读取Input orientation坐标,我们只要自行修改输出文件,骗过gview,让gview在读取Standard orientation坐标时读取的是Input orientation坐标即可。具体做法是,打开优化任务的输出文件,把所有"Standard orientation:"替换成随意的什么字符让gview认不出来,然后把所有"Input orientation:"替换成"Standard orientation:"。之后用gview播放优化轨迹,就完全连续了,如下所示:

2.gif

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发表于 2015-5-10 21:41:19 来自手机 | 显示全部楼层
是说用word打开然ctrl++

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发表于 2015-5-10 21:42:12 来自手机 | 显示全部楼层
ctrl+f这种方法吗?有更简洁的方法改通篇的某个词吗?

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发表于 2015-5-10 22:27:34 | 显示全部楼层
可在输出文件的命令模式下使用如下命令1,$s/Input orientation/Standard orientation/g 来替换所有的Input orientation为Strandard orientation
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发表于 2015-5-10 22:30:12 | 显示全部楼层
lastzealot 发表于 2015-5-10 21:42
ctrl+f这种方法吗?有更简洁的方法改通篇的某个词吗?

ctrl+H,记事本或word替换的快捷键都是这个,直接全部替换即可。
近期忙。

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 楼主| 发表于 2015-5-10 22:55:46 | 显示全部楼层
大多数文本编辑器都是Ctrl+H来全篇替换字符串。Ultraedit用户用Ctrl+R
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发表于 2015-5-10 23:09:44 | 显示全部楼层
试了一下,Standard orientation中orientation第一个“o”需要小写,大写gview不识别。
还有就是,我改完了后用gview观察optimization发现依然震荡的厉害。

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 楼主| 发表于 2015-5-10 23:48:47 | 显示全部楼层
lastzealot 发表于 2015-5-10 23:09
试了一下,Standard orientation中orientation第一个“o”需要小写,大写gview不识别。
还有就是,我改完 ...

震荡没关系,毕竟优化过程不会总是平滑的,关键是避免瞬间大幅旋转,影响观看优化趋势。
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发表于 2015-5-11 07:58:53 来自手机 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-5-10 23:48
震荡没关系,毕竟优化过程不会总是平滑的,关键是避免瞬间大幅旋转,影响观看优化趋势。

哦 谢谢大神

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发表于 2015-5-11 08:07:56 | 显示全部楼层
非常实用的tips,收藏了。多谢!

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发表于 2015-5-13 10:54:58 | 显示全部楼层
, 有一种玩弄gview于股掌之间的感觉啊
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