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[辅助/分析程序] 有啥软件或工具可以实现将多个基团任意组合接到苯分子上?

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发表于 2018-9-4 09:24:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 赵云跳槽 于 2018-9-4 09:26 编辑

现有一苯分子,上面6个H都可以被一系列基团取代:
01 −−CH3,
02 −−H,
03 −−CN,
04 −−F,
05 −−Cl,
06 −−Br,
07 −−I,
08 −−OH,
……

现在想将上面的基团随机组合取代这六个H,有啥软件或工具可以实现?
比如说03号基团取代Ben_1H,05号基团取代Ben_2H,……,这样按编号随机组合后就可以实现了
最好能够导出取代后的坐标文件

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发表于 2018-9-4 09:27:52 | 显示全部楼层
自己用Python什么的写一个就好了x
根据苯环中心点和取代的碳原子的坐标确定位置 然后计算原子坐标

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发表于 2018-9-5 08:14:52 | 显示全部楼层
rxn, 在chemoffice的excel插件里面的reactions 应该可以实现

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 楼主| 发表于 2018-9-5 08:52:29 | 显示全部楼层
Accelerator 发表于 2018-9-4 09:27
自己用Python什么的写一个就好了x
根据苯环中心点和取代的碳原子的坐标确定位置 然后计算原子坐标

实际上这个问题说起来简单
如果都是单个原子取代,直接将H换成取代原子即可,最多只是键长不合理而已
但这里涉及到多原子基团取代,取代后涉及到坐标的旋转问题,这个就有点复杂了

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 楼主| 发表于 2018-9-5 09:02:03 | 显示全部楼层
greatzdk 发表于 2018-9-5 08:14
rxn, 在chemoffice的excel插件里面的reactions 应该可以实现

没让Chemoffice关联到Excel上,不知道能不能实现

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发表于 2018-9-5 09:11:06 | 显示全部楼层
自己写个小程序,基于smile字符串构建,然后让openbabel批量产生三维结构
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 楼主| 发表于 2018-9-5 14:33:23 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2018-9-5 09:11
自己写个小程序,基于smile字符串构建,然后让openbabel批量产生三维结构

这个是帮老板问了,老板看后说 simile字符串比较靠谱,只是Sob老师你能不能具体点?

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发表于 2018-9-5 16:59:08 | 显示全部楼层
python的os + numpy 能基本解决你的问题。os用于对gaussian 输入文件的读取和自动写入,坐标部分用numpy计算,本人亲自实践过,可行。重要提示:可以考虑利用虚原子帮助自己确定添加方向

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发表于 2018-9-6 00:01:34 | 显示全部楼层
赵云跳槽 发表于 2018-9-5 14:33
这个是帮老板问了,老板看后说 simile字符串比较靠谱,只是Sob老师你能不能具体点?

smile字符串的资料大把,你看看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.),里面有详细介绍。

剩下的就是你去看openbabel手册了,用起来还是相当容易的。建议先从这个页面开始入手https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/Command-line_tools/babel.html

对于你的问题,用其它做法我认为都不会更加简单。(否则至少还得考虑基团朝向问题)
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发表于 2018-9-6 04:10:13 | 显示全部楼层
对此问题专门写了个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html
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 楼主| 发表于 2018-9-6 08:55:50 | 显示全部楼层
大赞Sob老师,真是太牛了,还专门写了个帖子回复
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