有啥软件或工具可以实现将多个基团任意组合接到苯分子上？

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-9-4 09:24:41

本帖最后由赵云跳槽于 2018-9-4 09:26 编辑

现有一苯分子，上面6个H都可以被一系列基团取代：
01 −−CH3,
02 −−H,
03 −−CN,
04 −−F,
05 −−Cl,
06 −−Br,
07 −−I,
08 −−OH,
……

现在想将上面的基团随机组合取代这六个H，有啥软件或工具可以实现？
比如说03号基团取代Ben_1H，05号基团取代Ben_2H，……，这样按编号随机组合后就可以实现了
最好能够导出取代后的坐标文件

Accelerator · 发表于 Post on 2018-9-4 09:27:52

自己用Python什么的写一个就好了x
根据苯环中心点和取代的碳原子的坐标确定位置然后计算原子坐标

greatzdk · 发表于 Post on 2018-9-5 08:14:52

rxn, 在chemoffice的excel插件里面的reactions 应该可以实现

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-9-5 08:52:29

Accelerator 发表于 2018-9-4 09:27
自己用Python什么的写一个就好了x
根据苯环中心点和取代的碳原子的坐标确定位置然后计算原子坐标

实际上这个问题说起来简单
如果都是单个原子取代，直接将H换成取代原子即可，最多只是键长不合理而已
但这里涉及到多原子基团取代，取代后涉及到坐标的旋转问题，这个就有点复杂了

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-9-5 09:02:03

greatzdk 发表于 2018-9-5 08:14
rxn, 在chemoffice的excel插件里面的reactions 应该可以实现

没让Chemoffice关联到Excel上，不知道能不能实现

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-5 09:11:06

自己写个小程序，基于smile字符串构建，然后让openbabel批量产生三维结构

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-9-5 14:33:23

sobereva 发表于 2018-9-5 09:11
自己写个小程序，基于smile字符串构建，然后让openbabel批量产生三维结构

这个是帮老板问了，老板看后说 simile字符串比较靠谱，只是Sob老师你能不能具体点？

masker · 发表于 Post on 2018-9-5 16:59:08

python的os + numpy 能基本解决你的问题。os用于对gaussian 输入文件的读取和自动写入，坐标部分用numpy计算，本人亲自实践过，可行。重要提示：可以考虑利用虚原子帮助自己确定添加方向

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-6 00:01:34

赵云跳槽发表于 2018-9-5 14:33
这个是帮老板问了，老板看后说 simile字符串比较靠谱，只是Sob老师你能不能具体点？

smile字符串的资料大把，你看看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)，里面有详细介绍。

剩下的就是你去看openbabel手册了，用起来还是相当容易的。建议先从这个页面开始入手https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/Command-line_tools/babel.html

对于你的问题，用其它做法我认为都不会更加简单。（否则至少还得考虑基团朝向问题）

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-6 04:10:13

对此问题专门写了个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-9-6 08:55:50

大赞Sob老师，真是太牛了，还专门写了个帖子回复

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