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楼主 Author: sobereva
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[VMD] 在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-24 16:35:04 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2020-6-23 16:15
老师,我想引用一下RMSD计算公式,但也没找到您写的这个,有参考可以提供一下吗?

不用引用。都是众所周知的东西
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发表于 Post on 2021-12-23 16:33:36 | 只看该作者 Only view this author
请问如何将重叠之后的导出为图片格式呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-23 17:06:14 | 只看该作者 Only view this author
wangxm 发表于 2021-12-23 16:33
请问如何将重叠之后的导出为图片格式呢?

看此文里关于保存图像的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html
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发表于 Post on 2021-12-23 17:21:02 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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发表于 Post on 2022-3-25 16:37:25 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问md中一般大于多少原子数或者分子量后需要看rmsd来判断是否平衡呢,最近在模拟低聚物,大约1500分子量,遇到了这方面疑问,谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-25 19:37:03 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2022-3-25 16:37
老师,请问md中一般大于多少原子数或者分子量后需要看rmsd来判断是否平衡呢,最近在模拟低聚物,大约1500分 ...

跟原子数没关系,取决于体系
不同体系判断平衡方式不同,此文说得很充分了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-26 10:46:14 | 只看该作者 Only view this author
在pymol中 可以使用 pair_fit 命令 轻松实现任意两个分子的叠合以及rmsd计算
大致的语法为 pair_fit a_1,b_1,a_2,b_2
https://pymolwiki.org/index.php/Pair_fit

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发表于 Post on 2023-5-29 10:37:53 | 只看该作者 Only view this author
请问用VMD 计算出的RMSD值为多少才说明这两个结构相近?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-29 10:40:00 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2023-5-29 10:37
请问用VMD 计算出的RMSD值为多少才说明这两个结构相近?

没一刀切的标准。结合叠合的图像凭直觉判断最靠谱
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发表于 Post on 2023-5-29 10:46:12 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2023-5-29 10:37
请问用VMD 计算出的RMSD值为多少才说明这两个结构相近?

说说你的体系多少个原子,你比较的是所有原子还是部分原子
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2023-7-20 17:32:33 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,用molclus调动高斯计算筛选低能构象,结合VMD align, RMSD值为多少时说明结构相近?进而需要isostat重新归簇。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-20 19:22:32 | 只看该作者 Only view this author
qcn1211 发表于 2023-7-20 17:32
请问sob老师,用molclus调动高斯计算筛选低能构象,结合VMD align, RMSD值为多少时说明结构相近?进而需要i ...

用isostat默认的结构偏离标准就够了,没必要结合VMD
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发表于 Post on 2023-7-20 20:12:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-20 19:22
用isostat默认的结构偏离标准就够了,没必要结合VMD

谢谢sob老师的指点

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发表于 Post on 2023-10-2 10:04:17 | 只看该作者 Only view this author
求教一下:如果两个结构的原子排列顺序不一致,有没有不手动而完全自动化计算RMSD的算法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-3 14:12:29 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2023-10-2 10:04
求教一下:如果两个结构的原子排列顺序不一致,有没有不手动而完全自动化计算RMSD的算法?

可以通过距离矩阵对比差异
molclus的isostat比较结构差异的时候就是基于距离矩阵对比的
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