NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

minishotgun · 发表于 Post on 2021-12-4 18:44:13

天黑打烊发表于 2021-11-29 10:20
老师，请问您的问题解决了吗？把Hillwidth设成了0.5对结果有影响吗？

影响不大，hillwidth小了收敛得比较慢一些

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-4 22:14:25

上善若水发表于 2021-12-4 17:37
请问付老师，使用NAMD软件中的FEP可以找出晶变的最小自由能变化路径吗？我没有找到类似的论文。

我觉得不行，FEP不是用来做这个事情的

davidfir3 · 发表于 Post on 2021-12-6 11:00:53

付博士您好，我目前在研究一个晶核在溶液中沿Z方向迁移的自由能。我发现我用meta-eabf方法进行模拟采样大部分都集中在harmonic wall附近是为什么呢？我的采样范围是60-95，墙设在65-90

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-7 10:08:09

davidfir3 发表于 2021-12-6 11:00
付博士您好，我目前在研究一个晶核在溶液中沿Z方向迁移的自由能。我发现我用meta-eabf方法进行模拟采样大部 ...

你是用plumed吗？用colvars的话最好别这么设

现在plumed和colvars都有了reflecting boundary这个功能，完全避免了这个问题，可能我该更新这个教程了

davidfir3 · 发表于 Post on 2021-12-8 09:51:49

本帖最后由 davidfir3 于 2021-12-8 10:08 编辑

fhh2626 发表于 2021-12-7 10:08
你是用plumed吗？用colvars的话最好别这么设

现在plumed和colvars都有了reflecting boundary这个功能 ...

感谢回复！我用的是lammps+colvars，似乎没找到reflecting boundary的功能啊或者我可以直接使用lammps里的fix wall/reflect命令吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-9 13:21:52

davidfir3 发表于 2021-12-8 09:51
感谢回复！我用的是lammps+colvars，似乎没找到reflecting boundary的功能啊或者我可以直接使用lammps里 ...

文档里面应该还没有写，关键词就是reflectingBoundary on

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-9 14:50:44

davidfir3 发表于 2021-12-8 09:51
感谢回复！我用的是lammps+colvars，似乎没找到reflecting boundary的功能啊或者我可以直接使用lammps里 ...

顺便说一下，在Colvars中墙和采样范围永远保持相同，Plumed那种做法属于怪癖

davidfir3 · 发表于 Post on 2021-12-9 15:57:03

fhh2626 发表于 2021-12-9 13:21
文档里面应该还没有写，关键词就是reflectingBoundary on

非常感谢！但是reflectingBoundary好像还没有，我在Colvars输出里找到了关键词
colvars: # reflectingLowerBoundary = on
colvars: # reflectingUpperBoundary = on

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-10 14:03:50

davidfir3 发表于 2021-12-9 15:57
非常感谢！但是reflectingBoundary好像还没有，我在Colvars输出里找到了关键词
colvars: # reflecting ...

嗯，就是这个，我记错了

上善若水 · 发表于 Post on 2021-12-17 18:45:28

付老师您好，我想请教您：参考您的教程完成了计算，通过计算得出的自由能图像是NANMA分子具体变化的自由能图像呢（沿着输入文件里的确定方向），通过寻找的自由能路径是由初始构象变化为哪个构象的呢？官方ABF的例子中是计算离子配位的自由能计算，我不懂您的教程中可以明确沿自由能变化的最终构象吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-17 23:05:05

上善若水发表于 2021-12-17 18:45
付老师您好，我想请教您：参考您的教程完成了计算，通过计算得出的自由能图像是NANMA分子具体变化的自由能 ...

什么叫沿自由能变化的初始构象和最终构象？自由能面就是沿N个几何坐标的自由能变化

yang001 · 发表于 Post on 2022-1-19 15:17:55

本帖最后由 yang001 于 2022-1-19 15:28 编辑

请问meta-eABF和FEP，TI相比，有哪些优势呢？这三种方法都需要知道准确的binding mode吗？或者meta-eABF更适合计算绝对自由能吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-1-19 16:29:29

yang001 发表于 2022-1-19 15:17
请问meta-eABF和FEP，TI相比，有哪些优势呢？这三种方法都需要知道准确的binding mode吗？或者meta-eABF更 ...

完全不是一回事情

ABF，US，MtD等等是计算体系沿一套几何变量（反应坐标）变化的自由能变化的方法

FEP和TI是计算两个状态自由能差的方法

beyond · 发表于 Post on 2022-3-29 21:51:25

想请教一下付博士，如果使用eABF 或者meta-eABF 联用QMMM模拟化学反应，
模拟的时间尺度肯定没法与经典力学的MD相比，但如果在短时间内～10-100 ps，
取样可以recross TS，这时得到的反应势垒有多可靠呢？谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-3-31 09:23:36

beyond 发表于 2022-3-29 21:51
想请教一下付博士，如果使用eABF 或者meta-eABF 联用QMMM模拟化学反应，
模拟的时间尺度肯定没法与经典力 ...

肯定不算特别可靠，但也很多人这样做，也没有更好的办法了

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