NAMD自由能计算教程—1、用eABF和WTM-eABF进行多维自由能计算

Peng14

已解决，感谢各位老师的帮助

kaiyuan

Lecly 发表于 2025-5-22 12:45
不好意思，回复较晚。暂时没有找到好的解决方法。

感觉可能是第二个CV的问题，我是参考了MARTINI力场做小分子参数化的方法，这个两个分子之间的torsion可能太不稳定了，跑其他类型的体系暂时还没碰到这个问题。

kaiyuan

付老师你好，我在尝试用wtm-eabf采样一个聚合物穿过COF膜的过程（colvars+gromacs 2025.1），cv设置为某一膜孔中心周围原子的质心和聚合物质心之间距离的z轴分量，用圆柱势在xy方向上限制聚合物在膜孔附近，upperwalls和lowerwalls限制聚合物不要穿越z方向上的边界
width    0.05
lowerboundary    -6
upperboundary    6
reflectingLowerBoundary    on

reflectingUpperBoundary    on
upperwalls跟lowerwalls分别为6,-6
先运行了200ns做测试，发现聚合物从膜上方靠近膜，穿过膜后到达下方溶液中，再靠近膜穿过膜到上方溶液中，然后一直待在upperwall的附近
我看了一下输出的三个pmf数据，发现abf1.pmf跟abf1.czar.pmf相似，但跟mtd的区别很大，看上去abf1/abf1.czar的值非常高，是因为我这个体系采样不充分吗

fhh2626

kaiyuan 发表于 2025-9-22 17:29
付老师你好，我在尝试用wtm-eabf采样一个聚合物穿过COF膜的过程（colvars+gromacs 2025.1），cv设置为某一 ...

用abf1.czar.pmf。但是你这个过程比较复杂，要充分采样才能收敛

thor

fhh2626 发表于 2025-7-22 13:39
这个好像问题不大，只是没有收敛，再跑跑应该能平

付老师，我延长模拟好像并没有解决这个问题，重复模拟有时候跑出来两边差距更大，这个有什么解决办法吗

yh123

付老师你好，我在使用eABF的方法计算反应坐标为键长、二面角的自由能面，这是我的zcount里的采样结果，有很多地方采样都为0，这个该怎么解决呢？我试了把反应时间从10ns提升到50ns，但收效甚微。

fhh2626

yh123 发表于 2025-11-26 21:01
付老师你好，我在使用eABF的方法计算反应坐标为键长、二面角的自由能面，这是我的zcount里的采样结果，有很 ...

你采样空间的格点数是多少？

yh123

fhh2626 发表于 2025-11-27 13:21
你采样空间的格点数是多少？

这是我的colvars.in文件，格点数是14*36=504
colvarsTrajFrequency    10000
colvarsRestartFrequency 1000000

colvar {
  name r
  width 0.05
  lowerBoundary 1.5
  upperBoundary 2.2

  extendedlagrangian   on
  extendedFluctuation  0.05
  extendedTimeConstant   200
  extendedTemp 298.15

  distance {
    group1 { atomNumbers 12 }
    group2 { atomNumbers 17 }
  }
}

colvar {
  name theta
  width 5
  lowerBoundary 0
  upperBoundary 180

  extendedlagrangian   on
  extendedFluctuation  5.0
  extendedTimeConstant   200
  extendedTemp 298.15

  dihedral {
    group1 {atomNumbers 12 }
    group2 {atomNumbers 16 }
    group3 {atomNumbers 27 }
    group4 {atomNumbers 30 }
  }
}
harmonicWalls {
name abf_pmf
colvars r
lowerWalls 1.5
upperWalls 2.2
lowerWallConstant 1.0
upperWallConstant 1.0
}
abf {
  colvars r theta
  fullSamples 500
  outputFreq 10000
  historyFreq 10000
  writeCZARwindowFile
}

fhh2626

yh123 发表于 2025-11-27 19:25
这是我的colvars.in文件，格点数是14*36=504
colvarsTrajFrequency    10000
colvarsRestartFrequency  ...

theta有可能超出这个范围？你看看colvars.traj文件里面采样落到哪个范围了