NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-12 17:20:09

xcandy 发表于 2019-5-11 22:00
请问老师，您这个图是拿什么软件做的，很养眼啊

结构图是vmd，自由能图是origin

xcandy · 发表于 Post on 2019-5-18 15:24:33

fhh2626 发表于 2019-5-12 17:20
结构图是vmd，自由能图是origin

谢谢老师，我想算一节DNA的自由能（就是这个物质的能量），之前是用炼金术做的，做forward跟backward，一个体系得跑10来天，不知道能不能用meta-eABF。看了ABF的说明书，理解的不是很清楚，是要在Z轴上加牵引力吗

xcandy · 发表于 Post on 2019-5-22 09:55:56

xcandy 发表于 2019-5-18 15:24
谢谢老师，我想算一节DNA的自由能（就是这个物质的能量），之前是用炼金术做的，做forward跟backward，一 ...

已解决，自己摸索很多坑，看您之前说想总结教程，水平很菜，需要苦力我可以帮忙

朝歌夜弦 · 发表于 Post on 2019-5-27 16:59:24

请问fu博士，您好：我在跑完namd模拟之后，得到日志、坐标、轨迹文件，如何利用这些计算体系的结合自由能，体系是用namd和vmd完成的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-28 13:12:52

朝歌夜弦发表于 2019-5-27 16:59
请问fu博士，您好：我在跑完namd模拟之后，得到日志、坐标、轨迹文件，如何利用这些计算体系的结合自由能， ...

结合自由能就比较麻烦了，你具体是什么体系？一般来说有MMPBSA、FEP和PMF计算三种途径

朝歌夜弦 · 发表于 Post on 2019-5-28 19:35:35

fhh2626 发表于 2019-5-28 13:12
结合自由能就比较麻烦了，你具体是什么体系？一般来说有MMPBSA、FEP和PMF计算三种途径

您好，我做的是一个用VMD建立的一个全原子给予外部环境下某蛋白质体系分子动力学模拟，namd计算的，我可以通过什么方式计算它的结合能呢

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-5-29 16:41:55

朝歌夜弦发表于 2019-5-28 19:35
您好，我做的是一个用VMD建立的一个全原子给予外部环境下某蛋白质体系分子动力学模拟，namd计算的，我可 ...

要看你具体的体系，比如小分子大小

robin · 发表于 Post on 2019-7-25 16:40:03

不好意思想請教一下
如果要用NAMD QM/MM 計算蛋白質反應機制
目前想採用的是二維SMD將反應座標取出日後做Umbrella sampling
然而當我想對其中一個維度的距離固定時
發現到NAMD restraint.constraint的指令無法使用在QM區域的原子
請問我該怎麼做呢?

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-7-25 20:45:50

robin 发表于 2019-7-25 16:40
不好意思想請教一下
如果要用NAMD QM/MM 計算蛋白質反應機制
目前想採用的是二維SMD將反應座標取出日後做 ...

用colvars做约束是有效的，另外我觉得受限于模拟的时间，QM/MM+US不太可能做出好的自由能曲线

xcandy · 发表于 Post on 2019-8-26 11:26:14

老师，我看你的conf文件里，rigidbonds 设置的是 all；说明书里是 none。请问这两个值对结果有影响吗

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-26 14:00:39

xcandy 发表于 2019-8-26 11:26
老师，我看你的conf文件里，rigidbonds 设置的是 all；说明书里是 none。请问这两个值对结果有影响吗

rigidbonds all表示用SHAKE/RATTLE和SETTLE算法限制氢原子的长度，否则氢原子振动频率过快，不能使用2fs的时间步长

xcandy · 发表于 Post on 2019-8-26 14:13:39

fhh2626 发表于 2019-8-26 14:00
rigidbonds all表示用SHAKE/RATTLE和SETTLE算法限制氢原子的长度，否则氢原子振动频率过快，不能使用2fs ...

ABF说明书里有一句："be fully decoupled from any other constrained degrees of freedom",因为我自己的体系算出来PMF值很小（不正常的小）而且也加了SHAKE算法，所以想会不会是这个影响的

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-26 14:39:09

xcandy 发表于 2019-8-26 14:13
ABF说明书里有一句："be fully decoupled from any other constrained degrees of freedom",因为我自己的 ...

把完整的句子发出来我才能看懂是什么意思

不建议用ABF，ABF对反应坐标的要求比较tricky，如果你用了SHAKE/RATTLE的话，选择反应坐标时需要包含所有对应的氢原子，建议用eABF，不会出现这些问题

xcandy · 发表于 Post on 2019-8-26 14:55:16

本帖最后由 xcandy 于 2019-8-26 14:57 编辑

sorry..
"The ABF scheme assumes that the reaction coordinate, ξ, is fully unconstrained.The concept of unconstrained reaction coordinate imposes that ξ be fully decoupled from any other constrained degrees of freedom — viz. by means of the SHAKE or RATTLE algorithm."
上面所提到的反应坐标的限制只针对于ABF吗？eABF跟 meta-eABF不受影响吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-26 17:50:54

xcandy 发表于 2019-8-26 14:55
sorry..
"The ABF scheme assumes that the reaction coordinate, ξ, is fully unconstrained.The concep ...

ABF要计算沿反应坐标的力场力，要求反应坐标方向上不能有其他相互干扰的力（constraints, restraints, 其他维度的偏置力等等）

eABF和meta-eABF添加了扩展自由度，并且计算的时扩展自由度上的受力，所以没有这个问题

另外，伞状采样方法是一个基于histogram的方法，也不存在这个问题

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[NAMD] NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算