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[NAMD] 最新版NAMD的编译安装

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发表于 Post on 2018-9-5 16:29:11 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 fhh2626 于 2022-11-18 18:21 编辑

2022-11-18,按照最新版NAMD修改了教程


在这里下载NAMD Nightly version,建议下载devel branch
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd

懒得申请权限的可以在这里下载,不过版本较老:
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

在这里下载最新版colvars模块
http://colvars.github.io/

在这里下载OpenMM(2022-11-18:目前建议下载7.7.0)
https://github.com/openmm/openmm


下载本文提供的NAMDlib.zip附件

然后解压NAMD、Colvars和OpenMM
tar xvf NAMD_Git-2018-08-23_Source.tar.gz
tar xvf colvars-master.tar.gz
tar xvf openmm-7.7.0.tar.gz

更新NAMD中的Colvars,注意编译Colvars还需要OpenMM中的Lepton
export OPENMM_SOURCE=xxxxxxxxxxxxxxxxxxx
sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./NAMD_Git-2018-08-23_Source

解压NAMD需要的libraries

mv NAMDlib.zip NAMD_Git-2018-08-23_Source
cd NAMD_Git-2018-08-23_Source/
unzip NAMDlib.zip

解压编译charm并行模块

tar xvf charm-6.8.2.tar
cd charm-6.8.2
./build
编译时会问几个问题,按照实际情况回答,我是塔式服务器,仅供参考

Are you building to run just on the localmachine, and not across multiple nodes? [y/N] (Y)
Do you want to specify a compiler? [y/N] (N)
Do you want to specify any Charm++ buildoptions, such as fortran compilers? [y/N] (N)
Choose a set of compiler flags [1-5] (3)
       1) none
       2) debug mode                       -g -O0
       3) production build [default]       --with-production
       4) production build w/ projections  --with-production --enable-tracing
       5) custom
What do you want to build? (1)
       1) Charm++ [default] (choose this if you are building NAMD)
       2) Charm++ and AMPI
       3) Charm++, AMPI, ParFUM, FEM and other libraries
Do you want to compile in parallel? (5)
       1) No
       2) Build with -j2
       3) Build with -j4
       4) Build with -j8
       5) Build with -j16 [default]
       6) Build with -j32
       7) Build with –j
Do you want to start the build now? [Y/n] (Y)

然后配置NAMD

cd ..
没有GPU的话就去掉--with-cuda和后面的部分
./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda
cd Linux-x86_64-g++/

修改配置文件,加入CHARM的绝对路径
nano Make.config
在里面找到:
CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)
把=后面的部分改成绝对路径,如
/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

对于Ubuntu用户,可能需要在编译选项中加入-no-pie
nano ../arch/Linux-x86_64-g++.arch
找到CXXOPTS = -O3 -fexpensive-optimizations -ffast-math,在后面加上-no-pie


最后编译
make depends
make –j16


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发表于 Post on 2018-10-1 10:38:05 | 显示全部楼层 Show all
LZ好,看了帖子,想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天,没找到。能给点提示不,还上没upload上。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-4 14:30:13 | 显示全部楼层 Show all
meatball1982 发表于 2018-10-1 10:38
LZ好,看了帖子,想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天,没找到。能给点提 ...

NAMDlib.zip (6.64 MB, 下载次数 Times of downloads: 728)
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发表于 Post on 2018-10-7 10:08:51 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2018-10-4 14:30
之前忘了。。尴尬

谢谢LZ。

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发表于 Post on 2019-4-17 16:52:11 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 ene 于 2019-4-17 16:54 编辑

貌似编译NAMD要依赖FFTW,sFFTW和tcl8.5,没有的话可能需要安装一下
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-17 16:57:29 | 显示全部楼层 Show all
ene 发表于 2019-4-17 16:52
貌似编译NAMD要依赖FFTW,sFFTW和tcl8.5,没有的话可能需要安装一下

是的,附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西,直接解压到源代码目录就可以了,省事
穷了,试试接论文润色+修改建议,直接私信

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发表于 Post on 2019-4-17 17:13:12 | 显示全部楼层 Show all
fhh2626 发表于 2019-4-17 16:57
是的,附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西,直接解压到源代码目录就可以了,省事

原来如此,没仔细看NAMDlib里面有什么
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2019-5-14 14:54:56 | 显示全部楼层 Show all
谢谢!编译成功。可以试试不同arch。

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发表于 Post on 2019-8-16 17:40:40 | 显示全部楼层 Show all
./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --cuda-prefix/usr/local/cuda

请问,当前目录是?

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发表于 Post on 2019-8-18 08:55:09 | 显示全部楼层 Show all
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

跟着楼主走,最后一步出现了错误,make: *** [Makefile:473: namd2] Error 1

难道需要单独安装namd2么?谢谢

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Level 2 能力者

发表于 Post on 2019-8-18 10:04:20 | 显示全部楼层 Show all
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html

请问大家安装的是2.13,2.13b1还是2.13b2呢?谢谢

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发表于 Post on 2019-10-19 21:36:05 | 显示全部楼层 Show all
cadz 发表于 2019-5-14 14:54
谢谢!编译成功。可以试试不同arch。

编译成功 会反馈什么信息呢 ?

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发表于 Post on 2019-10-21 21:04:05 | 显示全部楼层 Show all
cadz 发表于 2019-5-14 14:54
谢谢!编译成功。可以试试不同arch。

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发表于 Post on 2019-10-23 01:24:46 | 显示全部楼层 Show all
编译正常结束就可以了。

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发表于 Post on 2019-11-19 09:32:39 | 显示全部楼层 Show all
make: /home/Downloads/NAMD_Git-2019-11-18_Source/charm-6.10.0-pre/bin/charmc: Command not found
Makefile:666: recipe for target 'inc/Node.decl.h' failed
make: *** [inc/Node.decl.h] Error 127

请问最后make之后这样报错是为什么呢?我安装的是nightly version的最新版本。

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