上次发了教程，坛友@pyscf 问我哪个NAMD版本可以用，其实我也不知道。。汗。。。总之最新版的NAMD肯定可以用，NAMD2.12及以前的版本真不好说，最近内部代码改动不少。
不过NAMD的编译还比较麻烦，对于不了解的人要自己编译成功还挺难的，这里我说一下我的编译过程：
在这里下载NAMD Nightly version
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
在这里下载最新版colvars模块
http://colvars.github.io/
下载本文提供的NAMDlib.zip附件
然后解压NAMD和Colvars模块
tar xvf NAMD_Git-2018-08-23_Source.tar.gz tar xvf colvars-master.tar.gz
更新NAMD中的Colvars
sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh-f ./NAMD_Git-2018-08-23_Source
解压NAMD需要的libraries
mv NAMDlib.zip NAMD_Git-2018-08-23_Source cd NAMD_Git-2018-08-23_Source/ unzip NAMDlib.zip
解压编译charm并行模块
tar xvf charm-6.8.2.tar cd charm-6.8.2 ./build 编译时会问几个问题，按照实际情况回答，我是塔式服务器，仅供参考
Are you building to run just on the localmachine, and not across multiple nodes? [y/N] （Y)
Do you want to specify a compiler? [y/N] (N)
Do you want to specify any Charm++ buildoptions, such as fortran compilers? [y/N] (N)
Choose a set of compiler flags [1-5] (3)
1) none 2) debug mode -g -O0 3) production build [default] --with-production 4) production build w/ projections --with-production --enable-tracing 5) custom What do you want to build? (1)
1) Charm++ [default] (choose this if you are building NAMD) 2) Charm++ and AMPI 3) Charm++, AMPI, ParFUM, FEM and other libraries Do you want to compile in parallel? (5)
1) No 2) Build with -j2 3) Build with -j4 4) Build with -j8 5) Build with -j16 [default] 6) Build with -j32 7) Build with –j Do you want to start the build now? [Y/n] (Y)
然后配置NAMD
cd .. 没有GPU的话就去掉--with-cuda和后面的部分
./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --cuda-prefix/usr/local/cuda cd Linux-x86_64-g++/ 修改配置文件，加入CHARM的绝对路径
nano Make.config 在里面找到：
CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH) 把=后面的部分改成绝对路径，如
/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2
最后编译
make –j16
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发表于 2018-9-5 16:29:11
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