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[NAMD] 最新版NAMD的编译安装

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发表于 2018-9-5 16:29:11 | 显示全部楼层 |阅读模式
上次发了教程,坛友@pyscf 问我哪个NAMD版本可以用,其实我也不知道。。汗。。。总之最新版的NAMD肯定可以用,NAMD2.12及以前的版本真不好说,最近内部代码改动不少。

不过NAMD的编译还比较麻烦,对于不了解的人要自己编译成功还挺难的,这里我说一下我的编译过程:

在这里下载NAMD Nightly version
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

在这里下载最新版colvars模块
http://colvars.github.io/

下载本文提供的NAMDlib.zip附件

然后解压NAMD和Colvars模块
tar xvf NAMD_Git-2018-08-23_Source.tar.gz
tar xvf colvars-master.tar.gz

更新NAMD中的Colvars

sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh-f ./NAMD_Git-2018-08-23_Source

解压NAMD需要的libraries

mv NAMDlib.zip NAMD_Git-2018-08-23_Source
cd NAMD_Git-2018-08-23_Source/
unzip NAMDlib.zip

解压编译charm并行模块

tar xvf charm-6.8.2.tar
cd charm-6.8.2
./build
编译时会问几个问题,按照实际情况回答,我是塔式服务器,仅供参考

Are you building to run just on the localmachine, and not across multiple nodes? [y/N] (Y)
Do you want to specify a compiler? [y/N] (N)
Do you want to specify any Charm++ buildoptions, such as fortran compilers? [y/N] (N)
Choose a set of compiler flags [1-5] (3)
       1) none
       2) debug mode                       -g -O0
       3) production build [default]       --with-production
       4) production build w/ projections  --with-production --enable-tracing
       5) custom
What do you want to build? (1)
       1) Charm++ [default] (choose this if you are building NAMD)
       2) Charm++ and AMPI
       3) Charm++, AMPI, ParFUM, FEM and other libraries
Do you want to compile in parallel? (5)
       1) No
       2) Build with -j2
       3) Build with -j4
       4) Build with -j8
       5) Build with -j16 [default]
       6) Build with -j32
       7) Build with –j
Do you want to start the build now? [Y/n] (Y)

然后配置NAMD

cd ..
没有GPU的话就去掉--with-cuda和后面的部分
./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --cuda-prefix/usr/local/cuda
cd Linux-x86_64-g++/
修改配置文件,加入CHARM的绝对路径
nano Make.config
在里面找到:

CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)
把=后面的部分改成绝对路径,如
/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

最后编译

make –j16


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发表于 2018-10-1 10:38:05 | 显示全部楼层
LZ好,看了帖子,想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天,没找到。能给点提示不,还上没upload上。

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 楼主| 发表于 2018-10-4 14:30:13 | 显示全部楼层
meatball1982 发表于 2018-10-1 10:38
LZ好,看了帖子,想尝试一下。
文中写的“下载本文提供的NAMDlib.zip附件”
找了半天,没找到。能给点提 ...

NAMDlib.zip (6.64 MB, 下载次数: 44)

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发表于 2018-10-7 10:08:51 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2018-10-4 14:30
之前忘了。。尴尬

谢谢LZ。

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发表于 2019-4-17 16:52:11 | 显示全部楼层
本帖最后由 ene 于 2019-4-17 16:54 编辑

貌似编译NAMD要依赖FFTW,sFFTW和tcl8.5,没有的话可能需要安装一下

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 楼主| 发表于 2019-4-17 16:57:29 | 显示全部楼层
ene 发表于 2019-4-17 16:52
貌似编译NAMD要依赖FFTW,sFFTW和tcl8.5,没有的话可能需要安装一下

是的,附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西,直接解压到源代码目录就可以了,省事

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发表于 2019-4-17 17:13:12 | 显示全部楼层
fhh2626 发表于 2019-4-17 16:57
是的,附件里面提供的NAMDlib就是这两个东西,直接解压到源代码目录就可以了,省事

原来如此,没仔细看NAMDlib里面有什么
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